More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1942 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1942  hypothetical protein  100 
 
 
218 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000035991  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2238  hypothetical protein  99.08 
 
 
218 aa  447  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000304661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1999  hypothetical protein  89.91 
 
 
218 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00012789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2004  hypothetical protein  87.61 
 
 
218 aa  407  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.394178  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2753  hypothetical protein  85.78 
 
 
218 aa  401  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000267242  hitchhiker  0.000114559 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2118  hypothetical protein  83.03 
 
 
218 aa  390  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0891763  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2395  hypothetical protein  83.03 
 
 
218 aa  390  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0911799  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2007  hypothetical protein  83.03 
 
 
218 aa  390  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0101882  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1321  hypothetical protein  76.26 
 
 
219 aa  358  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114215  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1951  hypothetical protein  75.8 
 
 
219 aa  355  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.391481  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1505  hypothetical protein  75.8 
 
 
219 aa  355  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474935  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1954  hypothetical protein  75.8 
 
 
219 aa  355  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0707644  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2011  hypothetical protein  75.8 
 
 
219 aa  355  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.517468  normal  0.203097 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01155  predicted isomerase/hydrolase  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00189492  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1335  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00641682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1324  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000369423  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1280  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000019251  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2445  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000248355  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01165  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0013679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1666  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  351  5e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000638137  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1969  hypothetical protein  74.89 
 
 
219 aa  350  8e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000105527  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2468  5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase  74.43 
 
 
219 aa  349  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0015022  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2369  hypothetical protein  72.6 
 
 
219 aa  344  5e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000473957  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2800  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  49.32 
 
 
219 aa  236  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9861  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2815  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  50.24 
 
 
220 aa  222  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01142  putative fumarylacetoacetate hydrolase family protein  49.25 
 
 
222 aa  220  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04150  hypothetical protein  47.49 
 
 
221 aa  215  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5060  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  50.49 
 
 
221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5153  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  50.49 
 
 
221 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479206  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0411  hypothetical protein  46.12 
 
 
221 aa  210  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5206  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  49.52 
 
 
221 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.640418  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2937  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  50.51 
 
 
218 aa  207  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000218618 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0585  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  50 
 
 
218 aa  206  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5292  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  45.41 
 
 
221 aa  205  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.754976  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4850  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  46.7 
 
 
221 aa  205  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0312  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  48.06 
 
 
221 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.163162 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4230  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  45.21 
 
 
232 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5385  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  48.54 
 
 
221 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.02221 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3666  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  49.74 
 
 
218 aa  201  8e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0202115  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48300  Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family protein  45.93 
 
 
233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3591  5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase  47.92 
 
 
218 aa  194  6e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000122928  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0663  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  45.81 
 
 
218 aa  192  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8085999999999997e-26 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2939  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  46.43 
 
 
203 aa  192  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.494423  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0603  FAA hydrolase family protein  46.77 
 
 
217 aa  192  5e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000290593  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0979  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  47.47 
 
 
212 aa  191  7e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.202477  normal  0.468073 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0543  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  46.77 
 
 
225 aa  191  7e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0262694  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0650  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  46.04 
 
 
218 aa  191  8e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1114  5-oxopent-3-ene-1,2,5- tricarboxylatedecarboxylas e  46.94 
 
 
219 aa  184  8e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1185  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  45.69 
 
 
219 aa  177  1e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0330  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  39.71 
 
 
238 aa  176  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1891  2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate isomerase  42.42 
 
 
203 aa  172  5e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00665763 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4986  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  42.86 
 
 
203 aa  171  5.999999999999999e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0299  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  37.75 
 
 
238 aa  170  1e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0332  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase  41.55 
 
 
233 aa  169  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1389  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  43.56 
 
 
234 aa  169  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.025067  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0429  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  43.56 
 
 
234 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.843936  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1190  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  43.56 
 
 
234 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.264121  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0012  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  43.56 
 
 
234 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.416391  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0151  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  43.56 
 
 
234 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1409  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  43.56 
 
 
234 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.607879  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1149  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  43.56 
 
 
234 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.180256  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1495  2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  43.07 
 
 
234 aa  168  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.336195  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0383  hypothetical protein  43.07 
 
 
233 aa  168  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.588829 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3854  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  43.65 
 
 
232 aa  167  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.684929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4514  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  43.65 
 
 
232 aa  167  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0703423  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4140  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  43.65 
 
 
232 aa  167  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0134832 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1536  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  39.8 
 
 
203 aa  164  6.9999999999999995e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80437  fumarylacetoacetate hydralase  43.75 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0346038  normal  0.482803 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0882  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  41.18 
 
 
203 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308706 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3042  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  42.35 
 
 
228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0279  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  39.61 
 
 
266 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.559934  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1336  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  42.64 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.392784 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1692  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  43.35 
 
 
228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455285  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0239  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  40.58 
 
 
233 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.443827  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0260  5-oxopent-3-ene-1,2,5-tricarboxylate decarboxylase  40.58 
 
 
233 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3945  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  42.64 
 
 
232 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.58292  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0213  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  41.33 
 
 
228 aa  160  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.508726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4408  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  42.64 
 
 
232 aa  161  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.212446 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0677  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  41.4 
 
 
234 aa  160  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1562  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  41.33 
 
 
228 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3697  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  42.19 
 
 
233 aa  159  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0063  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  41.38 
 
 
229 aa  158  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1321  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  41.33 
 
 
230 aa  158  5e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.45067  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13578  putative hydrolase  40.1 
 
 
204 aa  158  5e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.503047  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0062  fumarylacetoacetate hydrolase family protein  41.38 
 
 
229 aa  158  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190554  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01832  fumarylacetoacetate hydrolase  40.29 
 
 
237 aa  158  6e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.856311  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0423  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  41.21 
 
 
256 aa  158  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.661948  normal  0.403519 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10990  2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1,7-dioic acid hydratase  44.62 
 
 
261 aa  158  6e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0073  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  39.44 
 
 
229 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01210  mitochondrion protein, putative  44.15 
 
 
228 aa  156  2e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.490082  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3776  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconateDelta- isomerase  41.38 
 
 
256 aa  155  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5790  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  43.15 
 
 
232 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0054  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  38.34 
 
 
232 aa  154  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.620406  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2018  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.5 
 
 
233 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699876  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0173  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  39.7 
 
 
236 aa  154  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2816  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.67 
 
 
231 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.721008  hitchhiker  0.0000024017 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4230  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  43.35 
 
 
262 aa  153  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.270063 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0201  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase  44.5 
 
 
242 aa  153  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2909  5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase  40 
 
 
230 aa  153  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.332948 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1170  fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase  40.61 
 
 
228 aa  153  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.454656  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>