174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1655 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1655  endonuclease IV  100 
 
 		 281 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0156974  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1927  endonuclease IV  95.02 
 
 		 281 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0277  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2421  endonuclease IV  84.53 
 
 		 283 aa  502  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2326  endonuclease IV  85.25 
 
 		 288 aa  502  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1532  endonuclease IV  82.5 
 
 		 285 aa  490  9.999999999999999e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0212021  normal  0.133835 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2756  endonuclease IV  82.5 
 
 		 285 aa  490  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0855606  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02088  endonuclease IV  83.81 
 
 		 285 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0380549  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1499  apurinic endonuclease Apn1  83.45 
 
 		 285 aa  487  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02047  hypothetical protein  83.81 
 
 		 285 aa  488  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3295  endonuclease IV  83.45 
 
 		 285 aa  487  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.11698  normal  0.148014 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2675  endonuclease IV  81.79 
 
 		 285 aa  488  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2295  endonuclease IV  83.81 
 
 		 285 aa  489  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2456  endonuclease IV  83.81 
 
 		 285 aa  489  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1489  endonuclease IV  83.81 
 
 		 285 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000729188  normal  0.0153717 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2306  endonuclease IV  83.81 
 
 		 285 aa  489  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013882 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3227  endonuclease IV  80.94 
 
 		 279 aa  484  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476079 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0807  endonuclease IV  83.45 
 
 		 285 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2442  endonuclease IV  80.94 
 
 		 285 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.155245  normal  0.685993 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2439  endonuclease IV  81.29 
 
 		 285 aa  475  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26562  hitchhiker  0.00122179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2395  endonuclease IV  80.94 
 
 		 285 aa  474  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.881879  hitchhiker  0.00046987 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2351  endonuclease IV  80.58 
 
 		 285 aa  471  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000082686  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2553  endonuclease IV  80.58 
 
 		 285 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.764772  hitchhiker  0.000695113 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2760  endonuclease IV  79.5 
 
 		 285 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2552  endonuclease IV  69.93 
 
 		 282 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0392  endonuclease IV  66.91 
 
 		 292 aa  411  1e-114  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.907321  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004452  endonuclease IV  69.82 
 
 		 295 aa  404  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.034826  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1939  endonuclease IV  70.18 
 
 		 286 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00102323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00944  endonuclease IV  68.84 
 
 		 295 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1274  apurinic endonuclease Apn1  67.03 
 
 		 289 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1179  deoxyribonuclease IV (phage-T(4)-induced)  65.94 
 
 		 286 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1083  apurinic endonuclease Apn1  65.47 
 
 		 283 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0228384  normal  0.0872132 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0528  endonuclease IV  63.7 
 
 		 282 aa  367  1e-100  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000000858771  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1835  endonuclease IV  63.04 
 
 		 281 aa  364  1e-99  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1936  endonuclease IV  62.18 
 
 		 282 aa  363  2e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.904759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1704  endonuclease IV  63.64 
 
 		 283 aa  358  4e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1880  apurinic endonuclease Apn1  64 
 
 		 283 aa  357  9e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1070  apurinic endonuclease Apn1  63.18 
 
 		 284 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.858381  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2282  endonuclease IV  61.45 
 
 		 280 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000448343  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0134  apurinic endonuclease Apn1  60.65 
 
 		 280 aa  347  1e-94  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0245  endonuclease IV  59.57 
 
 		 282 aa  338  7e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1882  endonuclease IV  58.51 
 
 		 284 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101436 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0428  endonuclease IV  59.64 
 
 		 279 aa  335  5.999999999999999e-91  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0173393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1487  endonuclease IV  59.57 
 
 		 283 aa  334  1e-90  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000253859  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1670  endonuclease IV  57.04 
 
 		 282 aa  332  3e-90  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1768  endonuclease IV  58.55 
 
 		 290 aa  332  5e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0578127  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1981  endonuclease IV  58.12 
 
 		 284 aa  328  5.0000000000000004e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2204  apurinic endonuclease Apn1  56.32 
 
 		 281 aa  328  5.0000000000000004e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30161  predicted protein  48.46 
 
 		 379 aa  256  2e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1744  apurinic endonuclease Apn1  45.42 
 
 		 282 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0098767  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH01280  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, putative  45.64 
 
 		 463 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.328575  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2551  apurinic endonuclease Apn1  45.39 
 
 		 286 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1735  endonuclease IV  46.79 
 
 		 296 aa  235  7e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3071  endonuclease IV  47.33 
 
 		 282 aa  230  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000208028  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03947  major apurinic/apyrimidinic endonuclease (Eurofung)  43.42 
 
 		 544 aa  229  5e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0549  apurinic endonuclease Apn1  43.88 
 
 		 289 aa  227  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0614  apurinic endonuclease Apn1  43.88 
 
 		 293 aa  226  3e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.820419  normal  0.0550538 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0659  apurinic endonuclease Apn1  43.94 
 
 		 326 aa  225  5.0000000000000005e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1627  apurinic endonuclease Apn1  46.15 
 
 		 293 aa  225  6e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00209687  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0914  endonuclease IV  41.52 
 
 		 288 aa  221  9e-57  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1668  endonuclease IV  43.66 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1100  apurinic endonuclease Apn1  43.84 
 
 		 280 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3914  apurinic endonuclease Apn1  42.91 
 
 		 282 aa  215  7e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1286  apurinic endonuclease Apn1  42.8 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.218784  normal  0.414124 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0529  endonuclease IV  42.48 
 
 		 296 aa  208  7e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.143061  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2994  endonuclease IV  39.64 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.097029  normal  0.446678 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0064  apurinic endonuclease Apn1  42.08 
 
 		 279 aa  205  6e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.751168 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0383  apurinic endonuclease Apn1  40.91 
 
 		 289 aa  203  2e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.469557  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1050  endonuclease IV  41.98 
 
 		 275 aa  202  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1106  apurinic endonuclease Apn1  41.98 
 
 		 275 aa  201  8e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0453  apurinic endonuclease Apn1  40.07 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00920847  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1177  apurinic endonuclease Apn1  41.98 
 
 		 275 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0337  apurinic endonuclease Apn1  40.43 
 
 		 283 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75145e-30 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3584  apurinic endonuclease Apn1  39.85 
 
 		 281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0211601  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0356  apurinic endonuclease Apn1  40.51 
 
 		 283 aa  199  6e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0248399  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0654  apurinic endonuclease Apn1  40.38 
 
 		 281 aa  191  1e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1402  apurinic endonuclease Apn1  36.26 
 
 		 283 aa  188  8e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.21791  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2402  endonuclease IV  40.46 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0690778  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0406  apurinic endonuclease Apn1  37.6 
 
 		 291 aa  182  7e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0163374  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0638  apurinic endonuclease Apn1  38.87 
 
 		 282 aa  180  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.920931  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1814  apurinic endonuclease Apn1  35.82 
 
 		 287 aa  181  2e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.602458  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07910  apurinic endonuclease Apn1  38.85 
 
 		 278 aa  179  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0570  apurinic endonuclease Apn1  36.26 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0947  apurinic endonuclease Apn1  33.45 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00857924  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21620  apurinic endonuclease APN1  38.52 
 
 		 280 aa  175  9e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.483925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  34.35 
 
 		 287 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0735  apurinic endonuclease Apn1  35.02 
 
 		 283 aa  172  5.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.320014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1968  apurinic endonuclease Apn1  37.22 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.163854 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1834  apurinic endonuclease Apn1  37.69 
 
 		 282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0300993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2483  apurinic endonuclease Apn1  35.61 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.590577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0835  apurinic endonuclease Apn1  35.79 
 
 		 277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.995182  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01100  apurinic endonuclease APN1  36.05 
 
 		 260 aa  160  2e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0845  apurinic endonuclease Apn1  32.85 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.220183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1687  apurinic endonuclease Apn1  32.73 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0897  apurinic endonuclease Apn1  36.33 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00175083 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1017  apurinic endonuclease Apn1  35.38 
 
 		 282 aa  155  5.0000000000000005e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2857  apurinic endonuclease Apn1  35.61 
 
 		 277 aa  155  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0486  endonuclease IV  33.33 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.631384  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0531  apurinic endonuclease Apn1  35.31 
 
 		 291 aa  155  1e-36  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.888127 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3605  apurinic endonuclease Apn1  36.73 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.637243 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1782  apurinic endonuclease (APN1)  34.69 
 
 		 286 aa  152  4e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>