110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1598 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1598  integrase family protein  100 
 
 		 396 aa  825    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527181  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2902  phage integrase family protein  52.12 
 
 		 400 aa  396  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0328  Phage integrase  38.99 
 
 		 394 aa  285  7e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.915662  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1697  integrase family protein  39.05 
 
 		 401 aa  257  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1126  phage integrase family protein  34.73 
 
 		 396 aa  230  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0515  integrase family protein  31.86 
 
 		 428 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2951  integrase family protein  34.4 
 
 		 407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.165288  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3234  integrase family protein  26.95 
 
 		 399 aa  143  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4011  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.189192 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4063  integrase family protein  26.21 
 
 		 441 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2289  integrase family protein  27.58 
 
 		 412 aa  113  7.000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2175  phage integrase family protein  25.51 
 
 		 440 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0317  phage integrase  26.26 
 
 		 398 aa  100  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4603  site-specific recombinase, phage integrase family  23.21 
 
 		 421 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.218061  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0088  Phage integrase  31.19 
 
 		 427 aa  94.4  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2310  phage integrase family protein  25.75 
 
 		 428 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0557  phage integrase family protein  24.52 
 
 		 440 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.584699  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0582  integrase family protein  24.52 
 
 		 440 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.790715  normal  0.0110983 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0588  integrase family protein  24.52 
 
 		 440 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0311  integrase family protein  24.53 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02977  integrase  33.33 
 
 		 147 aa  69.7  0.00000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1369  phage integrase  24.2 
 
 		 462 aa  64.3  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.6 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.6 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.6 
 
 		 299 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  23.27 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02971  integrase  32 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.45 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.53 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.88 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 299 aa  56.2  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 299 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 299 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 299 aa  55.1  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  27.74 
 
 		 173 aa  55.5  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  21.28 
 
 		 309 aa  54.7  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.16 
 
 		 300 aa  53.5  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0776  hypothetical protein  26.9 
 
 		 188 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.371446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0839  DNA recombinase HbiF  26.9 
 
 		 188 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000821916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0873  HbiF  26.9 
 
 		 188 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.102979  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.16 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0067  integrase family protein  32.17 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.952097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1934  phage integrase  25.62 
 
 		 388 aa  51.6  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3970  phage integrase family protein  25.62 
 
 		 388 aa  51.6  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3803  phage integrase family protein  25.62 
 
 		 388 aa  51.6  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.704516  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  28.15 
 
 		 361 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  24.18 
 
 		 322 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  26.9 
 
 		 307 aa  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  30.28 
 
 		 303 aa  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 295 aa  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  25.64 
 
 		 309 aa  49.7  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  27.61 
 
 		 344 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  27.61 
 
 		 364 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  27.61 
 
 		 364 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0261  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.37 
 
 		 361 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06590  site-specific recombinase, integrase family  29.31 
 
 		 312 aa  49.3  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0527476  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  21.89 
 
 		 384 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.85 
 
 		 322 aa  48.9  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0278  hypothetical protein  33.73 
 
 		 141 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.981271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0311  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.37 
 
 		 361 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  29.31 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0200  site-specific tyrosine recombinase XerS  28.37 
 
 		 361 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  9.249629999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  28.03 
 
 		 367 aa  47.4  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  23.59 
 
 		 298 aa  47  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  23.59 
 
 		 298 aa  47  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  29.2 
 
 		 209 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  26.84 
 
 		 299 aa  47  0.0007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  21.94 
 
 		 295 aa  46.6  0.0008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1426  phage integrase family protein  24.24 
 
 		 401 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  21.54 
 
 		 327 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  44.9 
 
 		 319 aa  45.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4538  tyrosine recombinase  26.9 
 
 		 200 aa  45.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000945122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1555  tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 290 aa  45.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5818  tyrosine recombinase  26.9 
 
 		 200 aa  45.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.855252 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04141  hypothetical protein  27.06 
 
 		 159 aa  45.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.941036  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  19.14 
 
 		 336 aa  44.3  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  23.86 
 
 		 298 aa  44.7  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4838  tyrosine recombinase  25.15 
 
 		 200 aa  44.7  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0136  site-specific tyrosine recombinase XerS  25 
 
 		 361 aa  44.7  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.293476  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  23.7 
 
 		 291 aa  44.7  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.68 
 
 		 299 aa  44.7  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3686  integrase family protein  26.32 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.73173  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  24.86 
 
 		 307 aa  44.3  0.004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  25 
 
 		 300 aa  44.3  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  21.3 
 
 		 303 aa  44.3  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11170  site-specific recombinase XerD  19.05 
 
 		 336 aa  44.3  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0225756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  21.3 
 
 		 303 aa  44.3  0.004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  42.86 
 
 		 319 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  19.63 
 
 		 298 aa  43.9  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4492  integrase family protein  26.12 
 
 		 422 aa  43.5  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  20.43 
 
 		 306 aa  43.5  0.006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5530  site-specific tyrosine recombinase XerS  27.59 
 
 		 357 aa  43.5  0.007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.267916  hitchhiker  0.00142122 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>