75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1588 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1588  outer membrane protein X  100 
 
 		 171 aa  346  8e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000727095  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2874  outer membrane protein X  95.91 
 
 		 171 aa  332  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0156851  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1484  outer membrane protein X  76.16 
 
 		 172 aa  261  4.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2389  outer membrane protein X  72.51 
 
 		 171 aa  251  3e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0983  outer membrane protein X  70.11 
 
 		 171 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0871  outer membrane protein X  70.11 
 
 		 171 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.676559  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0962  outer membrane protein X  70.11 
 
 		 171 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0899  outer membrane protein X  70.11 
 
 		 171 aa  237  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0929  outer membrane protein X  69.54 
 
 		 171 aa  235  3e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00781  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2534  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0526917  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0963  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00475804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0838  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.202918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2829  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00798  hypothetical protein  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2828  virulence-related outer membrane protein  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.166158  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0871  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00356643  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0884  outer membrane protein X  67.24 
 
 		 171 aa  226  9e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00860999  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2485  outer membrane protein X  69.01 
 
 		 170 aa  222  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.114339  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1501  outer membrane protein X  65.52 
 
 		 174 aa  219  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.02654e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1767  outer membrane protein X  65.52 
 
 		 174 aa  219  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000237049  normal  0.012422 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1606  outer membrane protein X  65.52 
 
 		 174 aa  219  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0413281  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1301  outer membrane protein X  69.19 
 
 		 172 aa  214  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0373252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0444  attachment invasion locus protein  38.67 
 
 		 179 aa  119  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000196272  hitchhiker  0.00000073955 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1268  virulence-related outer membrane protein  38.67 
 
 		 179 aa  118  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000113528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1160  attachment invasion locus protein  38.67 
 
 		 179 aa  118  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.92969e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2061  virulence-related outer membrane protein  39.88 
 
 		 179 aa  114  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.906515  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1951  Ail/Lom family protein  39.88 
 
 		 179 aa  114  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2152  attachment invasion locus protein precursor  39.26 
 
 		 179 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.224676  normal  0.023578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1936  virulence membrane protein PagC  37.43 
 
 		 185 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.336016  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4206  virulence-related outer membrane protein  38.55 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1333  outer membrane invasion protein  37.43 
 
 		 185 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.670538 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1349  virulence membrane protein PagC  36.9 
 
 		 185 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0661499 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2120  virulence membrane protein PagC  36.9 
 
 		 185 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00119055 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1363  virulence membrane protein PagC  36.9 
 
 		 185 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232924  normal  0.546382 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3136  virulence-related outer membrane protein  38.74 
 
 		 187 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0377  attachment invasion locus protein  40 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.857663  hitchhiker  0.00813108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0386  attachment invasion locus protein  40 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0188056  hitchhiker  0.00070272 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0379  attachment invasion locus protein  40 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00107279  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0399  attachment invasion locus protein  40 
 
 		 174 aa  101  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0017153  hitchhiker  0.0000619073 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4278  outer membrane invasion protein  38.76 
 
 		 177 aa  101  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0643904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4489  virulence-related outer membrane protein  36.76 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0439  attachment invasion locus protein  38.18 
 
 		 174 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000617037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2360  virulence-related outer membrane protein  30 
 
 		 183 aa  99.4  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2257  Ail/Lom family protein  30 
 
 		 183 aa  97.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00208525  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2048  attachment invasion locus protein  29.47 
 
 		 183 aa  97.1  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0054596  hitchhiker  0.00421914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1204  Ail/Lom family protein  32.34 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0613402 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2110  virulence-related outer membrane protein  33.66 
 
 		 199 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00018608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0914  Ail/Lom family protein  34.65 
 
 		 199 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1475  Ail/Lom family protein  33.17 
 
 		 199 aa  95.5  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1153  attachment/invasion protein  31.28 
 
 		 174 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1638  Ail/Lom family protein  32.67 
 
 		 199 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1202  Ail/Lom family protein  32.34 
 
 		 199 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1639  Ail/Lom family protein  32.67 
 
 		 199 aa  92  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5541  Ail/Lom family protein  33.17 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2872  Ail/Lom family protein  33.17 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.015622 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2761  Ail/Lom family protein  33.17 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.308137  normal  0.377433 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2231  Ail/Lom family protein  33.17 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2166  Ail/Lom family protein  33.17 
 
 		 199 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.469806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0879  Ail/Lom family protein  30 
 
 		 199 aa  86.7  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3119  Ail/Lom family protein  29.5 
 
 		 199 aa  84  9e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.116259 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1879  Ail/Lom family protein  31.34 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0581032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3187  Ail/Lom family protein  31.34 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000477 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1803  Ail/Lom family protein  29 
 
 		 199 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.021538 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1418  attachment/invasion protein  29.38 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0141818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3201  outer membrane protein  29.12 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.823229  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10055  outer host membrane  27.42 
 
 		 206 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782687  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00751  hypothetical protein  27.42 
 
 		 206 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.871793  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3366  outer membrane protein  29.12 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.617319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3265  outer membrane protein  29.12 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45758 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3187  outer membrane protein  28.8 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3250  outer membrane protein  29.12 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0628701  normal  0.157037 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3500  outer membrane protein Lom  27.75 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.755187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1095  putative Ail/Lom protein  36.9 
 
 		 84 aa  47.4  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1282  putative entero Ail/Lom protein  35.59 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.372416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>