287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1585 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1585  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  100 
 
 		 167 aa  340  5.999999999999999e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0156974  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2877  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  97.6 
 
 		 167 aa  333  7.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000573167  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1771  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  76.65 
 
 		 167 aa  276  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000026009  normal  0.0516528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1602  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  76.65 
 
 		 167 aa  276  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1497  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  76.65 
 
 		 167 aa  276  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000580086  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2487  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  77.25 
 
 		 167 aa  270  5.000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.321878  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1299  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  76.65 
 
 		 167 aa  270  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.465743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1481  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  268  2.9999999999999997e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00779  DNA protection during starvation conditions  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2830  Ferritin Dps family protein  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.11817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0881  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000444626  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0836  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0126376  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00796  hypothetical protein  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0961  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00256764  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2831  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2536  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000397049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0868  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  75.45 
 
 		 167 aa  267  4e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000196372  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0959  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  73.65 
 
 		 167 aa  263  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0868  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  73.65 
 
 		 167 aa  263  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.558858  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0980  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  73.65 
 
 		 167 aa  263  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0896  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  73.65 
 
 		 167 aa  263  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.686485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0926  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  73.65 
 
 		 167 aa  263  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.589813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2062  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  59.01 
 
 		 165 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.334508  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2149  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  60.39 
 
 		 165 aa  181  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0762  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  59.74 
 
 		 165 aa  180  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.654997  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4966  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  46.75 
 
 		 181 aa  154  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.933657  hitchhiker  0.0000112331 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0322  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  46.75 
 
 		 178 aa  150  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0430  Ferritin Dps family protein  39.13 
 
 		 176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00669774  hitchhiker  0.00115538 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3484  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  41.56 
 
 		 163 aa  128  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2476  Ferritin Dps family protein  44.16 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.225873  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0703  Ferritin Dps family protein  44.3 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1767  Ferritin, Dps family protein  46 
 
 		 157 aa  125  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0800  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  41.61 
 
 		 163 aa  124  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388043 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2510  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  38.69 
 
 		 177 aa  123  9e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7797  DNA protection during starvation protein (DNA-binding ferritin-like protein)  43.18 
 
 		 137 aa  120  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0735  Ferritin and Dps  40.54 
 
 		 165 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.714613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4423  DNA starvation/stationary phase protection protein Dps  36.48 
 
 		 188 aa  118  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3912  Ferritin Dps family protein  39.33 
 
 		 160 aa  116  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.530114 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02269  stress response DNA-binding protein Dps  40 
 
 		 169 aa  108  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2890  Ferritin Dps family protein  31.13 
 
 		 158 aa  93.2  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.18015  normal  0.244288 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5451  Ferritin, Dps family protein  32.05 
 
 		 179 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5072  Ferritin and Dps  32.05 
 
 		 179 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5160  Ferritin, Dps family protein  32.05 
 
 		 179 aa  87.4  8e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.221838  normal  0.23346 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0013  ferritin-like protein  32.91 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000373945 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1112  Ferritin, Dps family protein  33.12 
 
 		 182 aa  87  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.998293 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1410  DNA-binding ferritin-like protein  33.12 
 
 		 159 aa  85.9  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5700  Ferritin, Dps family protein  33.12 
 
 		 182 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.963789 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0218  Ferritin Dps family protein  32.47 
 
 		 182 aa  85.1  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1791  Ferritin Dps family protein  35.22 
 
 		 185 aa  85.1  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.384711  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03560  DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant)  34.81 
 
 		 163 aa  80.5  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1904  Ferritin Dps family protein  31.17 
 
 		 190 aa  79  0.00000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1159  Ferritin Dps family protein  32.26 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.385489  normal  0.0464368 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1650  Ferritin, Dps family protein  27.78 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0224  Ferritin Dps family protein  29.25 
 
 		 158 aa  76.3  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18630  DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant)  35.16 
 
 		 191 aa  73.9  0.0000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284161  normal  0.442827 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6797  putative DNA-binding stress protein (oxydative damage protectant)  32.12 
 
 		 175 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.226915 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0799  hypothetical protein  31.76 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.597246  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2520  ferritin  29.32 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0470  Ferritin Dps family protein  33.78 
 
 		 159 aa  72.4  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2868  Ferritin and Dps  27.15 
 
 		 179 aa  70.9  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18820  DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant)  34.44 
 
 		 216 aa  70.1  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000855963  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3741  putative DNA protection during starvation or oxydative stress transcription regulator protein  32.61 
 
 		 165 aa  70.1  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81724  normal  0.0592077 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36300  DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant)  30 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0369  Ferritin Dps family protein  31.16 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0735152  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0902  Ferritin Dps family protein  33.59 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3577  Ferritin, Dps family protein  32.85 
 
 		 167 aa  70.1  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0321644 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2838  Ferritin, Dps family protein  33.82 
 
 		 167 aa  70.1  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.232041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0378  Ferritin, Dps family protein  31.16 
 
 		 172 aa  70.1  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.291476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0334  Ferritin, Dps family protein  31.82 
 
 		 159 aa  69.3  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1333  Ferritin Dps family protein  28.57 
 
 		 178 aa  68.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0377707  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0943  ferritin Dps family protein  27.81 
 
 		 169 aa  68.6  0.00000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.230406  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0767  peroxide resistance protein,non-heme iron-containing ferritin  29.17 
 
 		 173 aa  68.2  0.00000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00169224  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2007  Ferritin, Dps family protein  29.63 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.779211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1076  Ferritin Dps family protein  28.17 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.320757 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2768  Ferritin Dps family protein  29.34 
 
 		 165 aa  67.4  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0223754 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1750  DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant)  27.01 
 
 		 160 aa  67.4  0.00000000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0595  Ferritin, Dps family protein  31.16 
 
 		 174 aa  67.4  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3044  Ferritin, Dps family protein  32.35 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0512892  normal  0.232541 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3028  Ferritin and Dps  34.31 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.129513  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3087  Ferritin, Dps family protein  34.31 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0395756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0878  Ferritin Dps family protein  30.3 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2692  ferritin Dps family protein  28 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.119491  normal  0.477908 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1014  Ferritin Dps family protein  31.16 
 
 		 201 aa  64.7  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1729  Ferritin Dps family protein  29.85 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.910338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1283  Ferritin and Dps  30.3 
 
 		 175 aa  64.3  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0545  Ferritin Dps family protein  32.19 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2779  Ferritin, Dps family protein  29.38 
 
 		 166 aa  63.9  0.0000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.427628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1431  Ferritin Dps family protein  27.13 
 
 		 178 aa  63.9  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103908  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1520  Ferritin Dps family protein  26.76 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.907687  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1209  Ferritin Dps family protein  28.48 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0172498  normal  0.393424 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0554  DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant)  23.13 
 
 		 155 aa  63.5  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.38419e-16 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1535  Ferritin Dps family protein  30.19 
 
 		 171 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.146726  normal  0.305527 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5065  Ferritin Dps family protein  28.99 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.667805  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2076  starvation-inducible DNA-binding protein  25.9 
 
 		 151 aa  63.2  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0602156  normal  0.30115 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2015  DNA protection during starvation protein 1  26.76 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3294  DNA protection during starvation protein 1  26.76 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.623838 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2311  non-heme iron-binding ferritin  28.17 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0371434  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0554  Ferritin Dps family protein  31.06 
 
 		 159 aa  62  0.000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3834  Ferritin and Dps  29.7 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.183846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0761  Ferritin, Dps family protein  28.79 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.208639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>