153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1567 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1567  ferredoxin (2Fe-2S)  100 
 
 
98 aa  202  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.703067  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0181  (2Fe-2S) ferredoxin  53.68 
 
 
99 aa  93.6  9e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_37765  predicted protein  51.16 
 
 
123 aa  93.6  9e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.699954  normal  0.0237321 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1490  ferredoxin (2Fe-2S)  51.14 
 
 
94 aa  93.2  1e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.404225  normal  0.317474 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2303  ferredoxin (2Fe-2S)  52.17 
 
 
268 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0830078  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1882  ferredoxin (2Fe-2S)  50 
 
 
103 aa  91.7  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.185492  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05261  ferredoxin  52.38 
 
 
99 aa  90.5  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0529  ferredoxin (2Fe-2S)  51.19 
 
 
99 aa  90.1  9e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0163346  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2148  ferredoxin (2Fe-2S)  51.19 
 
 
99 aa  90.1  9e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.943243  normal  0.214433 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0915  ferredoxin (2Fe-2S)  45.83 
 
 
100 aa  88.2  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1499  ferredoxin (2Fe-2S)  50 
 
 
99 aa  87  7e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1234  ferredoxin (2Fe-2S)  51.19 
 
 
99 aa  87  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.128018  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1205  ferredoxin (2Fe-2S)  54.55 
 
 
99 aa  86.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0882  ferredoxin (2Fe-2S)  50.65 
 
 
99 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.869731  hitchhiker  0.00155176 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0916  ferredoxin (2Fe-2S)  45.88 
 
 
98 aa  85.5  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1772  ferredoxin (2Fe-2S)  48.81 
 
 
99 aa  85.9  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2296  ferredoxin (2Fe-2S)  49 
 
 
112 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1450  ferredoxin (2Fe-2S)  51.19 
 
 
99 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.463453  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15531  ferredoxin  51.19 
 
 
99 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.443097  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15381  ferredoxin  51.19 
 
 
99 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.911769  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1008  ferredoxin (2Fe-2S)  43.82 
 
 
94 aa  84.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.418665  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14071  ferredoxin  50 
 
 
99 aa  84.3  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.116031  normal  0.0535794 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15131  ferredoxin  50 
 
 
99 aa  84  7e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0756  ferredoxin (2Fe-2S)  50.65 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0999  ferredoxin (2Fe-2S)  47.5 
 
 
98 aa  80.1  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0221545  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0914  ferredoxin (2Fe-2S)  48.75 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4145  ferredoxin (2Fe-2S)  43.9 
 
 
104 aa  77.8  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0924  ferredoxin (2Fe-2S), plant  46.75 
 
 
99 aa  76.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2108  ferredoxin (2Fe-2S)  45.12 
 
 
104 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000588176 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17801  ferredoxin  46.75 
 
 
99 aa  76.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.198374  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1060  ferredoxin (2Fe-2S)  43.68 
 
 
102 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000352883 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4509  ferredoxin (2Fe-2S)  39.18 
 
 
97 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.567791  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4804  ferredoxin (2Fe-2S)  45 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.863091 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1580  ferredoxin (2Fe-2S)  44.44 
 
 
88 aa  74.3  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.66831  normal  0.0183824 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1342  (2Fe-2S) ferredoxin  42.47 
 
 
99 aa  71.6  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.584075  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1796  ferredoxin (2Fe-2S)  36.59 
 
 
104 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1824  ferredoxin (2Fe-2S)  36.59 
 
 
104 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1533  ferredoxin (2Fe-2S)  38.96 
 
 
106 aa  62.4  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.68916 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3940  ferredoxin (2Fe-2S)  42.47 
 
 
99 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00995267 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4258  ferredoxin (2Fe-2S)  41.1 
 
 
99 aa  60.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3322  ferredoxin (2Fe-2S)  38.96 
 
 
105 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.466379 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2779  ferredoxin (2Fe-2S)  38.96 
 
 
105 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1874  (2Fe-2S) ferredoxin  32.93 
 
 
106 aa  58.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1089  ferredoxin (2Fe-2S)  37.08 
 
 
111 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.441829 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2581  ferredoxin (2Fe-2S)  36.25 
 
 
122 aa  56.2  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0491  ferredoxin (2Fe-2S)  32.22 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.963567  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3903  ferredoxin (2Fe-2S)  34.34 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.832402  normal  0.566054 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0754  ferredoxin (2Fe-2S)  38.82 
 
 
122 aa  54.3  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3274  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  40.62 
 
 
358 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.60541  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2485  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  40.62 
 
 
358 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.960936  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2622  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  39.13 
 
 
358 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.367598 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2635  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  37.68 
 
 
358 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.0570519 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0568  ferredoxin (2Fe-2S)  32.93 
 
 
104 aa  51.6  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0229344  normal  0.149468 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0338  ferredoxin (2Fe-2S)  30.93 
 
 
105 aa  52  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.154262  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0435  ferredoxin  31.4 
 
 
89 aa  51.6  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4458  ferredoxin (2Fe-2S)  38.46 
 
 
107 aa  51.6  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3794  ferredoxin (2Fe-2S)  35.11 
 
 
105 aa  51.2  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.511657 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0814  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  37.84 
 
 
365 aa  51.6  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.382172  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0554  ferredoxin (2Fe-2S)  37.66 
 
 
122 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.569886  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0537  ferredoxin (2Fe-2S)  37.66 
 
 
122 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0991  putative ring-hydroxylation complex protein 4  40.58 
 
 
361 aa  50.8  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153237  normal 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_10664  predicted protein  35.06 
 
 
93 aa  51.2  0.000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00108435  normal  0.864403 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0404  oxidoreductase, NAD/FAD/2Fe-2S iron-sulfur cluster binding protein  48.08 
 
 
373 aa  50.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363299  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2185  ferredoxin (2Fe-2S)  31.11 
 
 
109 aa  50.8  0.000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.558504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1231  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  39.13 
 
 
364 aa  50.8  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16391  ferredoxin  33.71 
 
 
108 aa  50.4  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.342589  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1194  ferredoxin  32.47 
 
 
101 aa  50.1  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4176  ferredoxin  37.88 
 
 
94 aa  49.7  0.00001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.19775  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16511  ferredoxin  33.71 
 
 
108 aa  49.7  0.00001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3091  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  39.06 
 
 
357 aa  50.1  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.255521  hitchhiker  0.000372207 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4539  ferredoxin (2Fe-2S)  33.73 
 
 
111 aa  49.3  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.250574 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4724  (2Fe-2S) ferredoxin  33.73 
 
 
106 aa  49.3  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0890  (2Fe-2S) ferredoxin  35.8 
 
 
122 aa  49.3  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00054006  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1542  ferredoxin (2Fe-2S)  35.71 
 
 
108 aa  48.5  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.847794  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3728  ferredoxin  35.94 
 
 
356 aa  48.1  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.600358 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2780  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.25 
 
 
362 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0478602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0326  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.25 
 
 
362 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0981  ferredoxin (2Fe-2S)  35.06 
 
 
122 aa  47  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000166855  normal  0.987662 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0254  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.25 
 
 
362 aa  47.4  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0292434  normal  0.0307686 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0245  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.25 
 
 
362 aa  47.4  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1860  iron-sulfur cluster-binding protein  33.77 
 
 
379 aa  47  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0512  ferredoxin (2Fe-2S)  36.36 
 
 
122 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3076  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  36.76 
 
 
352 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.163455 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0306  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.25 
 
 
362 aa  47  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.144813  hitchhiker  0.000507312 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3666  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.35 
 
 
362 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100364  hitchhiker  0.000000384073 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0291  phenylacetic acid degradation NADH oxidoreductase PaaE  32.35 
 
 
362 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3569  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  36.11 
 
 
362 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0228  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.25 
 
 
362 aa  46.2  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0180747  hitchhiker  0.0014836 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3295  oxidoreductase FAD-binding subunit  31.4 
 
 
385 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3425  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.88 
 
 
362 aa  45.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0901107  normal  0.882381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2710  Oxidoreductase FAD-binding domain protein  37.8 
 
 
382 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2116  iron-sulfur cluster-binding protein  35.71 
 
 
381 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2893  ferredoxin  39.68 
 
 
347 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.200106  normal  0.439628 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3949  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  34.41 
 
 
361 aa  45.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.413475 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0836  putative ferredoxin, 2Fe-2S  35.71 
 
 
380 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0748  putative ferredoxin, 2Fe-2S  30.59 
 
 
380 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3238  oxidoreductase FAD-binding subunit  32.88 
 
 
338 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.408698  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0011  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.35 
 
 
362 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1088  ferredoxin (2Fe-2S)  34.62 
 
 
106 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.835463 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3840  phenylacetate-CoA oxygenase/reductase, PaaK subunit  32.35 
 
 
362 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>