More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1546 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0067  aminotransferase class-III  80.27 
 
 
447 aa  749    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2916  aminotransferase class-III  95.31 
 
 
448 aa  882    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0048  aminotransferase class-III  79.82 
 
 
458 aa  743    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1546  aminotransferase class-III  100 
 
 
448 aa  917    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.634671  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2403  aminotransferase class-III  84.12 
 
 
447 aa  774    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.634591  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2498  aminotransferase class-III  85.26 
 
 
446 aa  779    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5225  aminotransferase class-III  51.77 
 
 
427 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.502422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1796  aminotransferase class-III  51.49 
 
 
436 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.904494  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0414  aminotransferase  52.06 
 
 
416 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5426  aminotransferase class-III  52.74 
 
 
442 aa  451  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341099  normal  0.107268 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2224  aminotransferase class-III  52.36 
 
 
434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5905  aminotransferase class-III  51.38 
 
 
465 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3214  aminotransferase class-III  53.48 
 
 
433 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2538  aminotransferase class-III  51.31 
 
 
434 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.043195  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3009  aminotransferase  48.85 
 
 
443 aa  412  1e-114  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1272  aminotransferase class-III  47.75 
 
 
424 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1957  aminotransferase class-III  49.54 
 
 
436 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.796788  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0982  aminotransferase class-III  51.8 
 
 
436 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1165  aminotransferase, class III  47.29 
 
 
427 aa  385  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0312  aminotransferase  49.31 
 
 
436 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4438  aminotransferase class-III  45.86 
 
 
427 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0985724  normal  0.717239 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1377  aminotransferase  44.66 
 
 
429 aa  365  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427783  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4354  aminotransferase  42.96 
 
 
427 aa  363  2e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2246  aminotransferase class-III  43.83 
 
 
978 aa  332  1e-89  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256947  normal  0.907649 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1405  hypothetical protein  41.63 
 
 
1016 aa  323  5e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920355  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0949  hypothetical protein  41.71 
 
 
1023 aa  320  3e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0891  hypothetical protein  41.47 
 
 
1049 aa  318  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3343  aminotransferase class-III  42.34 
 
 
413 aa  315  9e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.65062 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3361  hypothetical protein  40.71 
 
 
1015 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2578  hypothetical protein  42.37 
 
 
1018 aa  310  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.54149  normal  0.14969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2397  hypothetical protein  40.95 
 
 
1015 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.584295  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2601  hypothetical protein  40.95 
 
 
1015 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.338016  normal  0.0406059 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2711  hypothetical protein  42.51 
 
 
994 aa  301  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0583099  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4943  hypothetical protein  36.85 
 
 
966 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.870078  hitchhiker  0.0000072077 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4205  hypothetical protein  36.71 
 
 
973 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4154  hypothetical protein  36.47 
 
 
910 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4495  hypothetical protein  36.41 
 
 
973 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1713  hypothetical protein  36.24 
 
 
976 aa  282  9e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3387  hypothetical protein  36.43 
 
 
1003 aa  281  2e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276595  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4610  hypothetical protein  36.58 
 
 
977 aa  279  6e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.102283  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3725  hypothetical protein  36 
 
 
976 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4321  hypothetical protein  36.43 
 
 
981 aa  276  7e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.212999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4934  hypothetical protein  35.45 
 
 
970 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_52110  hypothetical protein  40 
 
 
427 aa  275  2.0000000000000002e-72  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4091  hypothetical protein  36.43 
 
 
981 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.565558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4167  hypothetical protein  36.43 
 
 
981 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.989146  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0622  aminotransferase class-III  37.47 
 
 
448 aa  274  3e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.570795  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5395  aminotransferase, class III  35.29 
 
 
970 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6010  hypothetical protein  36.12 
 
 
974 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0290  hypothetical protein  34.04 
 
 
970 aa  263  4e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2580  hypothetical protein  34.49 
 
 
975 aa  259  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.458682 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2095  hypothetical protein  34.72 
 
 
967 aa  259  8e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.174405 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14780  4-aminobutyrate aminotransferase  33.95 
 
 
437 aa  243  3.9999999999999997e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0220  aminotransferase  34.03 
 
 
436 aa  225  1e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0941  aminotransferase class-III  31.94 
 
 
431 aa  205  1e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.224071  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4970  aminotransferase class-III  32.14 
 
 
431 aa  193  6e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.260445  normal  0.117498 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0357  4-aminobutyrate aminotransferase  27.13 
 
 
478 aa  192  7e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0310  4-aminobutyrate aminotransferase  27.19 
 
 
454 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0293  4-aminobutyrate aminotransferase  27.19 
 
 
454 aa  191  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0325  4-aminobutyrate aminotransferase  27.19 
 
 
454 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0297  4-aminobutyrate aminotransferase  26.81 
 
 
454 aa  190  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0354  4-aminobutyrate aminotransferase  26.91 
 
 
468 aa  190  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0305  4-aminobutyrate aminotransferase  28.48 
 
 
454 aa  189  8e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0399  4-aminobutyrate aminotransferase  27.47 
 
 
454 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0326575  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2104  aminotransferase class-III  31.64 
 
 
430 aa  186  6e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939975  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0371  4-aminobutyrate aminotransferase  27.83 
 
 
479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1532  aminotransferase  30.05 
 
 
436 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0566  4-aminobutyrate aminotransferase  31.07 
 
 
428 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4936  aminotransferase class-III  29.34 
 
 
433 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4418  aminotransferase class-III  29.34 
 
 
433 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0107565 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2913  4-aminobutyrate aminotransferase  30.63 
 
 
434 aa  183  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.976227 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4758  Acetylornithine transaminase  33.58 
 
 
418 aa  183  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.569005 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0592  4-aminobutyrate aminotransferase  30.93 
 
 
432 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4949  4-aminobutyrate aminotransferase  27.61 
 
 
454 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2675  aminotransferase  30.17 
 
 
433 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2668  aminotransferase  33.11 
 
 
457 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0665  aminotransferase  29.83 
 
 
433 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.459907 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2400  4-aminobutyrate aminotransferase  30.73 
 
 
430 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.681516  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0146  4-aminobutyrate aminotransferase  30.9 
 
 
434 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5803  aminotransferase class-III  30.41 
 
 
433 aa  179  8e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.413013  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5089  aminotransferase class-III  30.9 
 
 
451 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.447769  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4229  4-aminobutyrate aminotransferase  30.5 
 
 
428 aa  178  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.94603  normal  0.717078 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2630  4-aminobutyrate aminotransferase  31.36 
 
 
430 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3215  aminotransferase class-III  31.91 
 
 
436 aa  177  3e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.26914  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3362  aminotransferase class-III  29.17 
 
 
433 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5005  aminotransferase class-III  29.17 
 
 
433 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2993  aminotransferase class-III  32.94 
 
 
436 aa  177  3e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0259  4-aminobutyrate aminotransferase  32.04 
 
 
434 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5114  aminotransferase class-III  30.92 
 
 
436 aa  176  7e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.128293 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5282  aminotransferase class-III  28.85 
 
 
433 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.596714  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4825  aminotransferase class-III  30.15 
 
 
446 aa  175  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00475157  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2245  4-aminobutyrate aminotransferase  27.49 
 
 
441 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.120834  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2081  4-aminobutyrate aminotransferase  31.48 
 
 
439 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.703939  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0322  ornithine aminotransferase  32.47 
 
 
403 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2755  4-aminobutyrate aminotransferase  26.81 
 
 
448 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0274  acetylornithine aminotransferase  30.54 
 
 
396 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.110157  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0303  4-aminobutyrate aminotransferase  28.64 
 
 
454 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3070  4-aminobutyrate aminotransferase  31.71 
 
 
433 aa  173  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0281034 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2046  aminotransferase class-III  29.1 
 
 
433 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000254153 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2754  4-aminobutyrate aminotransferase  29.56 
 
 
445 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>