More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1394 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1394  transcriptional regulator CysB-like protein  100 
 
 		 317 aa  654    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1792  transcriptional regulator CysB-like protein  96.53 
 
 		 317 aa  610  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2917  transcriptional regulator CysB-like protein  81.7 
 
 		 317 aa  517  1e-146  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2705  transcriptional regulator CysB-like protein  81.7 
 
 		 317 aa  514  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1289  transcriptional regulator CysB-like protein  78.86 
 
 		 317 aa  509  1e-143  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2831  transcriptional regulator Cbl  70.98 
 
 		 316 aa  467  9.999999999999999e-131  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000101541  normal  0.682702 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1658  transcriptional regulator Cbl  70.66 
 
 		 316 aa  463  1e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000765107  normal  0.0208007 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01897  DNA-binding transcriptional activator of cysteine biosynthesis  70.35 
 
 		 316 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000685239  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1668  transcriptional regulator, LysR family  70.35 
 
 		 316 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000112362  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01886  hypothetical protein  70.35 
 
 		 316 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000554591  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2269  transcriptional regulator Cbl  70.66 
 
 		 316 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000889139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1137  transcriptional regulator Cbl  70.66 
 
 		 316 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142733  hitchhiker  0.0000552963 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0971  transcriptional regulator Cbl  70.66 
 
 		 316 aa  457  9.999999999999999e-129  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000168411  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2110  transcriptional regulator Cbl  70.35 
 
 		 316 aa  455  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.3178700000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2563  transcriptional regulator Cbl  71.29 
 
 		 316 aa  444  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00294474  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  56.25 
 
 		 309 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0963  LysR family transcriptional regulator  56.39 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1739  transcriptional regulator CysB-like protein  55.92 
 
 		 314 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000279611  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  55.33 
 
 		 308 aa  358  5e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  55.33 
 
 		 308 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  55.33 
 
 		 308 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  55.33 
 
 		 308 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  54.67 
 
 		 308 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  54.67 
 
 		 308 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  56.15 
 
 		 311 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  0.00000124662 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  54.28 
 
 		 308 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1777  transcriptional regulator CysB-like protein  54 
 
 		 308 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2466  transcriptional regulator CysB-like protein  54 
 
 		 308 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  53.29 
 
 		 308 aa  348  7e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  54.75 
 
 		 354 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1967  transcriptional regulator CysB-like protein  52.4 
 
 		 315 aa  336  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  51.63 
 
 		 319 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  51.63 
 
 		 319 aa  332  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  52.49 
 
 		 316 aa  331  8e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  50.98 
 
 		 327 aa  330  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 311 aa  325  9e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  51.99 
 
 		 312 aa  322  4e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 320 aa  306  3e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 320 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 320 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  46.6 
 
 		 313 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0061  transcriptional regulator, LysR family  53.63 
 
 		 314 aa  297  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  45.63 
 
 		 313 aa  295  6e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3039  LysR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 309 aa  295  6e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.0769631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  46.13 
 
 		 313 aa  294  2e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  45.63 
 
 		 313 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  45.61 
 
 		 313 aa  291  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  47.3 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  45.61 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  45.61 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  45.61 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  45.27 
 
 		 313 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  45.27 
 
 		 313 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  44.93 
 
 		 313 aa  288  7e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  47.64 
 
 		 313 aa  287  1e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2231  transcriptional regulator CysB-like protein  45.02 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  46.55 
 
 		 312 aa  287  2e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2691  transcriptional regulator CysB-like protein  44.69 
 
 		 313 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0071  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 314 aa  286  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  44.37 
 
 		 333 aa  285  5.999999999999999e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  46.44 
 
 		 308 aa  285  9e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  46.51 
 
 		 323 aa  284  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  47.64 
 
 		 306 aa  282  4.0000000000000003e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1663  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1012  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0662  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.631688  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1165  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2936  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2349  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1005  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  44.26 
 
 		 313 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  43.92 
 
 		 313 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  43.92 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  46.18 
 
 		 326 aa  279  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2236  transcriptional regulator CysB-like protein  43.92 
 
 		 313 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3535  transcriptional regulator CysB-like protein  47.02 
 
 		 326 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820033 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  44.27 
 
 		 324 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1946  transcriptional regulator CysB-like protein  45.37 
 
 		 317 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.226921  normal  0.0811949 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  45.31 
 
 		 324 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  44.55 
 
 		 335 aa  272  6e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2599  transcriptional regulator CysB-like protein  46 
 
 		 321 aa  271  8.000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.174943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1583  transcriptional regulator CysB  45.75 
 
 		 325 aa  271  9e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  45.16 
 
 		 324 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2726  transcriptional regulator CysB-like protein  44.16 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2404  transcriptional regulator CysB-like protein  47.3 
 
 		 314 aa  271  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.044463  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3553  transcriptional regulator CysB  43.89 
 
 		 324 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  44.64 
 
 		 324 aa  266  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41870  transcriptional regulator CysB  43.89 
 
 		 324 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4926  transcriptional regulator CysB-like protein  45.97 
 
 		 313 aa  266  2.9999999999999995e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2173  transcriptional regulator CysB-like protein  45.51 
 
 		 314 aa  266  5e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  43.41 
 
 		 324 aa  265  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  42.63 
 
 		 324 aa  266  5e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>