More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1389 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1389  hypothetical protein  100 
 
 		 379 aa  759    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1787  protein of unknown function DUF214  98.15 
 
 		 379 aa  747    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2247  hypothetical protein  84.14 
 
 		 393 aa  619  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2137  ABC transporter, permease protein  84.14 
 
 		 376 aa  620  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2805  hypothetical protein  47.52 
 
 		 393 aa  343  2e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.201922  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0429  hydrogenase 4 membrane subunit  38.68 
 
 		 380 aa  262  8.999999999999999e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0100883  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0767  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  37.92 
 
 		 380 aa  261  1e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.016013  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1166  ABC transporter, permease protein  35.2 
 
 		 371 aa  225  9e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0446  integral membrane protein-permease component  32 
 
 		 373 aa  212  7.999999999999999e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0528  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  32.45 
 
 		 376 aa  206  5e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.284767  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1834  ABC transporter, permease protein  31.93 
 
 		 372 aa  190  2.9999999999999997e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1653  ABC transporter, permease protein  31.66 
 
 		 372 aa  186  5e-46  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2022  ABC transporter, permease protein  31.4 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0164828  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1515  permease domain protein  26.06 
 
 		 373 aa  160  3e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000964832  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1786  protein of unknown function DUF214  28.5 
 
 		 429 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1388  hypothetical protein  28.27 
 
 		 429 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1869  ABC efflux pump, inner membrane subunit  29.55 
 
 		 418 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.431923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3550  protein of unknown function DUF214  29.9 
 
 		 408 aa  150  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2138  ABC transporter, permease protein  27.97 
 
 		 430 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2248  hypothetical protein  27.97 
 
 		 430 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0430  lipoprotein ABC transporter permease  25.91 
 
 		 430 aa  143  4e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0396093  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1514  permease domain protein  26.33 
 
 		 425 aa  140  3e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00243073  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3549  protein of unknown function DUF214  29.19 
 
 		 386 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1252  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  26.96 
 
 		 434 aa  137  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.888586  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0766  ABC transport permease protein  24.48 
 
 		 430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0486768  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0163  efflux ABC transporter, permease protein  26.92 
 
 		 444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1868  ABC efflux pump, inner membrane subunit  28.42 
 
 		 370 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0527  ABC transport permease protein  24.41 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0117375  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0447  ABC transport permease protein  25.41 
 
 		 426 aa  124  4e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2021  ABC transporter, permease protein  22.69 
 
 		 429 aa  109  9.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1251  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  24.39 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.430375  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1652  ABC transporter, permease protein  21.76 
 
 		 429 aa  106  8e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2168  protein of unknown function DUF214  24.8 
 
 		 386 aa  103  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1833  ABC transporter, permease protein  21.53 
 
 		 429 aa  102  8e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.879571  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1167  ABC transporter, permease protein  22.76 
 
 		 430 aa  101  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2806  hypothetical protein  25.93 
 
 		 429 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.398602  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  24.15 
 
 		 386 aa  93.2  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  25.45 
 
 		 386 aa  90.9  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2054  protein of unknown function DUF214  24.54 
 
 		 386 aa  90.9  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.01978e-17 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3643  hypothetical protein  23.08 
 
 		 386 aa  89  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0082  hypothetical protein  23.31 
 
 		 386 aa  87.4  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0545  protein of unknown function DUF214  25.38 
 
 		 386 aa  86.7  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2135  lipoprotein ABC transporter permease  25.66 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.142253 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0916  hypothetical protein  20.86 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2195  hypothetical protein  24.09 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1371  protein of unknown function DUF214  22.95 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.381039  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0164  efflux ABC transporter, permease protein  30.14 
 
 		 455 aa  77.4  0.0000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3445  hypothetical protein  24.68 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000000235465  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0918  hypothetical protein  22.9 
 
 		 389 aa  72.8  0.000000000009  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0790  putative ABC transporter permease protein  26.19 
 
 		 371 aa  71.2  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.119405 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3715  protein of unknown function DUF214  28.77 
 
 		 852 aa  71.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0697  protein of unknown function DUF214  26.63 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4455  protein of unknown function DUF214  29.84 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2063  protein of unknown function DUF214  25.06 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2994  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  28.03 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1143  ABC transporter related  24.41 
 
 		 653 aa  69.7  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.229831  normal  0.618242 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0677  ABC transporter, permease protein, putative  23 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.297561  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000978  ABC-type transport system involved in lipoprotein release permease component  31.4 
 
 		 422 aa  68.2  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2542  hypothetical protein  27.72 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.429279  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0847  hypothetical protein  25.82 
 
 		 855 aa  68.2  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1372  protein of unknown function DUF214  22.76 
 
 		 378 aa  67.8  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.669142  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1178  hypothetical protein  27.36 
 
 		 847 aa  67.8  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.883962  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07028  efflux ABC transporter ATP-binding/permease  30.27 
 
 		 422 aa  67.4  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3748  hypothetical protein  24.91 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4414  ABC efflux pump, inner membrane subunit  28.01 
 
 		 413 aa  67  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0109  protein of unknown function DUF214  25 
 
 		 419 aa  66.6  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23230  ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component  24.06 
 
 		 419 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000130781  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0692  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit LolE  26.8 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1012  hypothetical protein  28.28 
 
 		 378 aa  66.2  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000000255652 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3228  permease, putative  26.45 
 
 		 794 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.701051  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4210  efflux ABC transporter ATP-binding protein  25.88 
 
 		 654 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.875938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2787  putative ABC transport system permease protein  27.31 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000544033  hitchhiker  0.000418311 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0383  hypothetical protein  30.47 
 
 		 419 aa  65.1  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0421  protein of unknown function DUF214  26.48 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.850184  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0037  export ABC transporter permease protein  28.57 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3938  hypothetical protein  24.7 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.158906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0895  hypothetical protein  24.07 
 
 		 400 aa  65.1  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00465052  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1581  hypothetical protein  29.17 
 
 		 384 aa  64.3  0.000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000122912 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0758  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.18 
 
 		 420 aa  64.3  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00020569  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1449  hypothetical protein  27.05 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0277  protein of unknown function DUF214  23.04 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0081  hypothetical protein  29.73 
 
 		 420 aa  63.9  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.466459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  23.12 
 
 		 870 aa  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2588  protein of unknown function DUF214  31.58 
 
 		 400 aa  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000760178  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0949  hypothetical protein  25.35 
 
 		 825 aa  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0156534  normal  0.194364 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2475  outer membrane-specific lipoprotein transporter subunit LolE  24.71 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0800  protein of unknown function DUF214  30.33 
 
 		 848 aa  62.8  0.000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3218  permease, putative  25.62 
 
 		 850 aa  62.4  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.479064  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0371  putative ABC transporter, integral membrane protein  24.81 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.258896  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  27.43 
 
 		 851 aa  62.4  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1366  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  25.48 
 
 		 408 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.217764  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3239  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  24.16 
 
 		 424 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0892821  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0613  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.81 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000287642  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1894  protein of unknown function DUF214  22.4 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2047  ABC efflux pump, inner membrane subunit  32.37 
 
 		 882 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2497  hypothetical protein  28.5 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.536779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0386  hypothetical protein  24.69 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.574376  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1336  hypothetical protein  20.76 
 
 		 395 aa  61.2  0.00000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1740  ABC transporter membrane spanning protein  22.41 
 
 		 435 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.147499  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1577  protein of unknown function DUF214  25.1 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.340093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>