More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1388 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1786  protein of unknown function DUF214  97.2 
 
 		 429 aa  832    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1388  hypothetical protein  100 
 
 		 429 aa  855    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2248  hypothetical protein  81.86 
 
 		 430 aa  725    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2138  ABC transporter, permease protein  81.86 
 
 		 430 aa  725    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2135  lipoprotein ABC transporter permease  80.66 
 
 		 314 aa  506  9.999999999999999e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.142253 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2806  hypothetical protein  51.16 
 
 		 429 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.398602  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0766  ABC transport permease protein  40.47 
 
 		 430 aa  339  5e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0486768  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0430  lipoprotein ABC transporter permease  40 
 
 		 430 aa  335  1e-90  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0396093  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1167  ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 		 430 aa  306  4.0000000000000004e-82  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0527  ABC transport permease protein  37.3 
 
 		 414 aa  303  3.0000000000000004e-81  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0117375  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1514  permease domain protein  37.59 
 
 		 425 aa  294  2e-78  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00243073  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1869  ABC efflux pump, inner membrane subunit  41.03 
 
 		 418 aa  293  6e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.431923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0447  ABC transport permease protein  34.73 
 
 		 426 aa  286  5.999999999999999e-76  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2021  ABC transporter, permease protein  34.79 
 
 		 429 aa  282  7.000000000000001e-75  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1652  ABC transporter, permease protein  34.56 
 
 		 429 aa  281  1e-74  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1833  ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 		 429 aa  278  1e-73  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.879571  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1252  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  36.09 
 
 		 434 aa  270  4e-71  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.888586  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3550  protein of unknown function DUF214  36.11 
 
 		 408 aa  256  8e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0163  efflux ABC transporter, permease protein  32.59 
 
 		 444 aa  241  2e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1787  protein of unknown function DUF214  29.14 
 
 		 379 aa  152  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1389  hypothetical protein  28.27 
 
 		 379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0767  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  25.12 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.016013  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1515  permease domain protein  26.33 
 
 		 373 aa  144  3e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000964832  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0429  hydrogenase 4 membrane subunit  24.88 
 
 		 380 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0100883  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2805  hypothetical protein  29.03 
 
 		 393 aa  143  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.201922  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2137  ABC transporter, permease protein  27.1 
 
 		 376 aa  139  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2247  hypothetical protein  27.1 
 
 		 393 aa  139  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3549  protein of unknown function DUF214  29.36 
 
 		 386 aa  139  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1653  ABC transporter, permease protein  27.17 
 
 		 372 aa  138  2e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1834  ABC transporter, permease protein  27.27 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2022  ABC transporter, permease protein  26.57 
 
 		 372 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0164828  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1166  ABC transporter, permease protein  22.62 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0446  integral membrane protein-permease component  22.25 
 
 		 373 aa  105  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0049  hypothetical protein  26.77 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1251  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  22.54 
 
 		 407 aa  104  4e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.430375  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0545  protein of unknown function DUF214  27.83 
 
 		 386 aa  100  6e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2063  protein of unknown function DUF214  27.53 
 
 		 397 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  24.3 
 
 		 386 aa  98.2  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1868  ABC efflux pump, inner membrane subunit  25.89 
 
 		 370 aa  97.1  6e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0528  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  20.96 
 
 		 376 aa  97.1  6e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.284767  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  23.58 
 
 		 386 aa  96.7  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2168  protein of unknown function DUF214  25.53 
 
 		 386 aa  96.7  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0677  ABC transporter, permease protein, putative  25.52 
 
 		 387 aa  92.8  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.297561  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2054  protein of unknown function DUF214  25.87 
 
 		 386 aa  90.5  6e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.01978e-17 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1564  hypothetical protein  30.38 
 
 		 397 aa  89.4  1e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0082  hypothetical protein  24.26 
 
 		 386 aa  86.3  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0394  ABC transporter related  29.78 
 
 		 652 aa  85.9  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1025  protein of unknown function DUF214  31.22 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.347391 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0410  hypothetical protein  25.61 
 
 		 397 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.534862  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2971  hypothetical protein  25.17 
 
 		 412 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0817  ABC-type transport system, permease component  24.11 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1658  hypothetical protein  27.87 
 
 		 397 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1812  hypothetical protein  25.73 
 
 		 401 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3643  hypothetical protein  23.24 
 
 		 386 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1371  protein of unknown function DUF214  23.29 
 
 		 386 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.381039  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1372  protein of unknown function DUF214  24.35 
 
 		 378 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.669142  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0255  hypothetical protein  25.11 
 
 		 397 aa  80.9  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1784  hypothetical protein  25.39 
 
 		 397 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.288295  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1604  hypothetical protein  24.29 
 
 		 443 aa  80.1  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1412  hypothetical protein  24.28 
 
 		 400 aa  79.7  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0367  ABC-type transport system, permease component  24.22 
 
 		 405 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1894  protein of unknown function DUF214  24.11 
 
 		 400 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0975856  normal  0.516393 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1792  hypothetical protein  25.95 
 
 		 397 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0323827  unclonable  0.00000000701935 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0971  hypothetical protein  26.67 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0827102  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1143  ABC transporter related  32.03 
 
 		 653 aa  77.4  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.229831  normal  0.618242 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1135  hypothetical protein  25.56 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.68227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0622  ABC transporter related  32.7 
 
 		 657 aa  77.4  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00774379  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2373  ABC-type transport system, permease component  24.01 
 
 		 407 aa  77  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000351897  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0119  hypothetical protein  25.39 
 
 		 397 aa  76.6  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.395515 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2312  protein of unknown function DUF214  25.32 
 
 		 402 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4414  ABC efflux pump, inner membrane subunit  35.06 
 
 		 413 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2823  hypothetical protein  25.32 
 
 		 402 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.517251  normal  0.306546 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0109  protein of unknown function DUF214  38.46 
 
 		 419 aa  75.5  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1708  protein of unknown function DUF214  24.94 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.490219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1969  ABC transporter  23.7 
 
 		 657 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.598112  normal  0.988518 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1257  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  32.56 
 
 		 642 aa  74.7  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0390  protein of unknown function DUF214  25 
 
 		 406 aa  74.3  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3550  hypothetical protein  27.46 
 
 		 402 aa  74.3  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3198  ABC transporter related  34.15 
 
 		 647 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0833808  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0682  ABC transporter, permease protein  30.32 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.834808  normal  0.683549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0608  ABC transporter related  35.11 
 
 		 648 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0699  hypothetical protein  34.45 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0151116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0636  ABC transporter related  35.11 
 
 		 648 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1870  protein of unknown function DUF214  27.38 
 
 		 398 aa  73.9  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1180  hypothetical protein  26.05 
 
 		 412 aa  73.9  0.000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1336  hypothetical protein  23.81 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1942  protein of unknown function DUF214  30.23 
 
 		 443 aa  73.2  0.000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0164  efflux ABC transporter, permease protein  23.87 
 
 		 455 aa  73.2  0.000000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1085  macrolide export ATP-binding/permease protein MacB  26.13 
 
 		 642 aa  73.2  0.000000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0990  ABC transporter efflux protein  36.07 
 
 		 411 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0048907  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0679  hypothetical protein  25 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1060  protein of unknown function DUF214  25.29 
 
 		 410 aa  73.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2826  cell division protein FtsX  34.81 
 
 		 453 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4227  hypothetical protein  26.74 
 
 		 408 aa  72.8  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.650749 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2148  hypothetical protein  25.12 
 
 		 408 aa  72.8  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327906 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1669  hypothetical protein  35 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1087  hypothetical protein  32.1 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0349  protein of unknown function DUF214  21.84 
 
 		 400 aa  72.8  0.00000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2185  macrolide-specific ABC-type efflux carrier  30.56 
 
 		 653 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2195  hypothetical protein  25.14 
 
 		 389 aa  72  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.264463 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>