42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1248 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1248  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  100 
 
 		 395 aa  736    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000169991  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3088  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  96.92 
 
 		 386 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00644238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0661  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  68 
 
 		 395 aa  179  5.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000498099  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2869  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  72.66 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000082663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1396  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  72.66 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000130996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2957  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  72.66 
 
 		 393 aa  153  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0300934  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1237  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  73.48 
 
 		 406 aa  152  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0261791  normal  0.0695422 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1278  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  69.75 
 
 		 412 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000166753  hitchhiker  0.0000389021 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1155  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  78.87 
 
 		 389 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0842  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  62.5 
 
 		 424 aa  143  5e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000389137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0762  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  66.93 
 
 		 426 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000171784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0768  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  66.93 
 
 		 432 aa  139  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263681  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0792  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  66.93 
 
 		 421 aa  139  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000022577  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00699  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  66.93 
 
 		 421 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00012175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2916  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  66.93 
 
 		 423 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000145417  normal  0.52602 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00688  hypothetical protein  66.93 
 
 		 421 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000128446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2896  protein TolA  66.93 
 
 		 421 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000491333  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2903  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  83.78 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2049  colicin uptake-like protein  43.38 
 
 		 146 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0810  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  68.8 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.144537  normal  0.789068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0874  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  68.8 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.214634  normal  0.358467 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0783  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  68.8 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209299  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0843  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  68.8 
 
 		 392 aa  110  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0261  cell envelope integrity inner membrane protein TolA  28.46 
 
 		 351 aa  87.8  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00647443  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1393  hypothetical protein  30.26 
 
 		 328 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536616  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1430  tolA protein  28.79 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000458161  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2940  hypothetical protein  27.76 
 
 		 298 aa  72.8  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000421874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1897  TolA protein, membrane component  27.4 
 
 		 335 aa  72  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2749  tolA protein  34.94 
 
 		 345 aa  66.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02685  TolA-like protein  34.15 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00715679  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1461  TolA family protein  30.94 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00341972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1741  Tol-Pal system TolA  34.39 
 
 		 340 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057982  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1453  hypothetical protein  30.15 
 
 		 332 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2539  protein TolA  34.39 
 
 		 340 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000102859  hitchhiker  0.00000353705 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1784  protein TolA  34.39 
 
 		 341 aa  55.5  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000349437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003914  TolA protein  32.58 
 
 		 354 aa  51.2  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0635795  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2398  accumulation associated protein  26.01 
 
 		 2397 aa  47.4  0.0005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.53067  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1526  TolA family protein  32.04 
 
 		 311 aa  45.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0124316  normal  0.623667 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1530  hypothetical protein  29.1 
 
 		 332 aa  46.2  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1856  TolA family protein  24.61 
 
 		 319 aa  45.8  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0299684  normal  0.827846 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1730  putative tolA protein  28.57 
 
 		 304 aa  44.7  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2087  hypothetical protein  30.41 
 
 		 327 aa  43.5  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000733877  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>