50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1140 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3178  lipoprotein  92.17 
 
 		 345 aa  648    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0463443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1140  lipoprotein  100 
 
 		 345 aa  696    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2983  lipoprotein  70.72 
 
 		 346 aa  503  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1073  lipoprotein  69.86 
 
 		 346 aa  498  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3508  lipoprotein  68.59 
 
 		 350 aa  475  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3133  lipoprotein  69.28 
 
 		 352 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1363  lipoprotein  68.99 
 
 		 352 aa  458  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.206221  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1248  lipoprotein  68.99 
 
 		 352 aa  459  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2854  lipoprotein  64.93 
 
 		 344 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2633  lipoprotein  64.64 
 
 		 344 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2747  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1199  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2759  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2609  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2624  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2681  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.284296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2722  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.12688  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02331  hypothetical protein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02369  lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1192  NlpBDapX family lipoprotein  64.35 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3699  lipoprotein  63.77 
 
 		 344 aa  443  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2849  lipoprotein  63.48 
 
 		 344 aa  441  9.999999999999999e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2973  lipoprotein  62.9 
 
 		 344 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.500746 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1737  lipoprotein  32.32 
 
 		 339 aa  189  4e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2378  lipoprotein  32.63 
 
 		 350 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03186  lipoprotein  31.93 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002794  NlpB lipoprotein component of the protein assembly complex  31.4 
 
 		 339 aa  170  4e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1880  lipoprotein-34 NlpB  27.9 
 
 		 365 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1907  lipoprotein-34 NlpB  29.03 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00617793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2339  NlpB/DapX family lipoprotein  26.8 
 
 		 365 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.014226  hitchhiker  0.00000293311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1657  NlpB/DapX family lipoprotein  26.8 
 
 		 365 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00297866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2411  NlpB/DapX family lipoprotein  27.62 
 
 		 365 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00389139  hitchhiker  0.00606094 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1703  NlpB/DapX family lipoprotein  28.92 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000363681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2666  NlpB/DapX family lipoprotein  29.22 
 
 		 365 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000276307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2589  NlpB/DapX family lipoprotein  28.92 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000786749  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1793  NlpBDapX family lipoprotein  28.92 
 
 		 365 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000036858  hitchhiker  0.0000000180087 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2551  NlpB/DapX family lipoprotein  28.92 
 
 		 365 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000648805  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02135  lipoprotein-34 NlpB  25.86 
 
 		 367 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00349153  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1736  NlpBDapX lipoprotein  24.86 
 
 		 372 aa  97.8  3e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000422629  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1849  NlpB/DapX family lipoprotein  26.02 
 
 		 373 aa  96.3  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00809428  normal  0.047859 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1865  NlpB/DapX family lipoprotein  25.98 
 
 		 365 aa  94  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000807402  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2429  NlpB/DapX family lipoprotein  24.73 
 
 		 373 aa  93.2  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000329618  hitchhiker  0.0000381817 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2477  NlpBDapX lipoprotein  23.34 
 
 		 368 aa  92.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.893949  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1981  NlpB/DapX family lipoprotein  25.65 
 
 		 365 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000195989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2178  NlpB/DapX family lipoprotein  24.17 
 
 		 371 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000219579  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1861  NlpB/DapX family lipoprotein  21.92 
 
 		 374 aa  65.1  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127123  normal  0.13379 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3182  putative lipoprotein  20 
 
 		 389 aa  50.8  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0809995  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0923  NlpBDapX family lipoprotein  26.67 
 
 		 362 aa  44.3  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5090  NlpB/DapX family lipoprotein  26.05 
 
 		 385 aa  43.9  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.010697 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1009  NlpB/DapX family lipoprotein  26.67 
 
 		 380 aa  43.9  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>