232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1089 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_04220  predicted inner membrane protein  87.73 
 
 
716 aa  1294    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3028  carbon starvation protein CstA  62.68 
 
 
701 aa  869    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3643  carbon starvation protein CstA  87.73 
 
 
716 aa  1295    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0696  carbon starvation protein A  62.54 
 
 
701 aa  863    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0379562 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4641  carbon starvation protein CstA  69.63 
 
 
688 aa  1008    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91453 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1363  carbon starvation protein CstA  55.4 
 
 
705 aa  724    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0596651 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2607  carbon starvation protein CstA  49.93 
 
 
691 aa  684    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.325051  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0022  carbon starvation A transmembrane protein  64.34 
 
 
686 aa  885    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0699392  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5545  carbon starvation protein A  56.45 
 
 
691 aa  701    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0995  carbon starvation protein A  51.24 
 
 
703 aa  692    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4886  carbon starvation family protein  87.03 
 
 
716 aa  1281    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0618  carbon starvation protein A  62.82 
 
 
701 aa  870    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4638  carbon starvation protein CstA  67.89 
 
 
691 aa  974    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.670584  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1905  carbon starvation protein CstA  55.81 
 
 
688 aa  801    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.599531  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5269  carbon starvation protein A  56.16 
 
 
691 aa  701    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0897  carbon starvation protein A  52.09 
 
 
703 aa  699    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000953526  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5096  carbon starvation protein A  56.16 
 
 
691 aa  701    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0266106  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5113  carbon starvation protein A  56.16 
 
 
691 aa  700    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4273  carbon starvation protein CstA  67.89 
 
 
691 aa  988    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5596  carbon starvation protein A  56.3 
 
 
691 aa  701    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0758  carbon starvation protein A  62.54 
 
 
701 aa  863    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.544793  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5434  carbon starvation protein CstA  63.31 
 
 
692 aa  882    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3417  carbon starvation protein CstA  65.53 
 
 
690 aa  900    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1294  carbon starvation protein A  63.29 
 
 
692 aa  866    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.712641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4883  carbon starvation protein CstA  68.54 
 
 
688 aa  962    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0097  carbon starvation protein CstA  63.6 
 
 
692 aa  887    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.457953 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7759  carbon starvation protein CstA  61.68 
 
 
692 aa  857    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354244  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4859  carbon starvation family protein  87.17 
 
 
716 aa  1282    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5866  carbon starvation family protein  87.73 
 
 
721 aa  1294    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3929  carbon starvation protein CstA  56.3 
 
 
691 aa  714    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4938  carbon starvation family protein  87.17 
 
 
716 aa  1282    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.457223 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5666  carbon starvation protein A  56.16 
 
 
691 aa  701    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.139081  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1263  carbon starvation protein CstA  59.86 
 
 
690 aa  841    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0259  carbon starvation protein CstA  59.71 
 
 
681 aa  798    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0653  carbon starvation protein A  62.54 
 
 
701 aa  863    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4945  carbon starvation family protein  87.17 
 
 
716 aa  1282    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.51042 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2252  carbon starvation protein A  63.71 
 
 
692 aa  869    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1938  carbon starvation protein CstA  51.51 
 
 
738 aa  681    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.121526 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2451  carbon starvation protein CstA  63.05 
 
 
686 aa  891    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.397179  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2987  carbon starvation protein CstA  67.24 
 
 
693 aa  937    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0436073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2942  carbon starvation protein CstA  57.29 
 
 
696 aa  774    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.627155  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0334  carbon starvation protein CstA  50.35 
 
 
689 aa  673    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3046  carbon starvation protein CstA  62.68 
 
 
701 aa  869    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1551  carbon starvation protein CstA  56.94 
 
 
696 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4880  carbon starvation family protein  87.73 
 
 
721 aa  1294    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469021  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1979  carbon starvation protein CstA  62.41 
 
 
685 aa  843    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.55888 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3574  carbon starvation protein CstA  65.25 
 
 
691 aa  898    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3619  carbon starvation protein CstA  50.07 
 
 
681 aa  653    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.186111  normal  0.595383 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5298  carbon starvation protein CstA  63.31 
 
 
692 aa  881    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884841  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5511  carbon starvation protein A  56.3 
 
 
691 aa  701    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0422  carbon starvation protein CstA  50.64 
 
 
707 aa  654    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5210  carbon starvation protein CstA  56.73 
 
 
691 aa  758    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5246  hypothetical protein  69.07 
 
 
688 aa  981    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.526555  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4167  carbon starvation protein CstA  53.16 
 
 
742 aa  672    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.586353  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0649  carbon starvation protein A  62.68 
 
 
701 aa  869    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0582  carbon starvation protein CstA  87.6 
 
 
726 aa  1302    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2639  carbon starvation protein CstA  56.63 
 
 
685 aa  789    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00455809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3245  carbon starvation protein CstA  64.28 
 
 
692 aa  885    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255181  normal  0.357407 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2017  carbon starvation protein CstA  55.81 
 
 
688 aa  801    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.121466  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6471  carbon starvation protein CstA  63.08 
 
 
692 aa  861    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.333661 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2243  carbon starvation protein CstA  55.67 
 
 
688 aa  799    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0770165 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3712  carbon starvation protein CstA  87.59 
 
 
716 aa  1293    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.356115  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4884  carbon starvation protein CstA  63.46 
 
 
692 aa  881    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.393748  normal  0.287345 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60950  hypothetical protein  69.35 
 
 
688 aa  984    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1348  carbon starvation protein A  51.23 
 
 
701 aa  712    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.401846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4191  carbon starvation protein CstA  62.29 
 
 
688 aa  835    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.421404  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0681  carbon starvation protein CstA  51.22 
 
 
766 aa  650    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5561  carbon starvation protein CstA  63.31 
 
 
692 aa  881    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.528361  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0500  carbon starvation protein A  62.25 
 
 
701 aa  850    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0639  carbon starvation protein A  62.54 
 
 
701 aa  863    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0618  carbon starvation protein A  62.68 
 
 
701 aa  869    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0072  carbon starvation protein A  52.85 
 
 
692 aa  725    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.702943  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4785  carbon starvation family protein  87.03 
 
 
716 aa  1281    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.741257  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4894  carbon starvation family protein  88.37 
 
 
704 aa  1277    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5540  carbon starvation protein A  56.02 
 
 
691 aa  697    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.298925  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2294  carbon starvation protein CstA  62.27 
 
 
685 aa  859    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.011541 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02026  carbon starvation protein A  67.5 
 
 
690 aa  909    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.506484  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4710  carbon starvation protein CstA  63.31 
 
 
692 aa  882    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4228  carbon starvation protein CstA  65.39 
 
 
687 aa  902    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.159407 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0924  carbon starvation protein A  51.38 
 
 
703 aa  693    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000573812  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3727  carbon starvation protein CstA  63.77 
 
 
684 aa  867    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1025  putative carbon starvation A transmembrane protein  63.37 
 
 
688 aa  880    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.752168  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0712  carbon starvation protein A  62.54 
 
 
701 aa  863    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0319605  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4534  carbon starvation protein CstA  62.66 
 
 
686 aa  829    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0845129  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3065  carbon starvation protein CstA  63.29 
 
 
692 aa  866    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5411  carbon starvation protein A  56.3 
 
 
692 aa  699    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2939  carbon starvation protein CstA  63.29 
 
 
692 aa  866    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0798  carbon starvation protein CstA  69.63 
 
 
688 aa  1013    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999684  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4574  carbon starvation family protein  87.73 
 
 
721 aa  1294    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0831  carbon starvation protein CstA  51.35 
 
 
765 aa  672    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.464079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2942  carbon starvation protein CstA  62.41 
 
 
687 aa  838    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727344  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0511  carbon starvation protein CstA  86.47 
 
 
717 aa  1283    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0401595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1130  carbon starvation protein CstA  62.02 
 
 
701 aa  854    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.899607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4635  carbon starvation protein CstA  69.92 
 
 
688 aa  1010    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151575  normal  0.995482 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4946  carbon starvation family protein  87.87 
 
 
721 aa  1295    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2017  carbon starvation protein CstA  62.27 
 
 
685 aa  859    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.52784  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0683  carbon starvation protein A  62.68 
 
 
701 aa  871    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.720109  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2627  carbon starvation protein CstA  59.51 
 
 
682 aa  821    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.61212  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4341  carbon starvation protein CstA  61.06 
 
 
684 aa  801    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278499  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4503  carbon starvation protein CstA  69.63 
 
 
688 aa  1008    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818376  normal  0.614972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>