202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0984 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3326  protein serine/threonine phosphatase  95.41 
 
 
414 aa  837    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0984  protein serine/threonine phosphatase  100 
 
 
414 aa  869    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3125  protein serine/threonine phosphatase  65.61 
 
 
411 aa  571  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2934  protein serine/threonine phosphatase  62.35 
 
 
410 aa  529  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2259  serine phosphatase  49.14 
 
 
415 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.913112  normal  0.299146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3040  protein serine/threonine phosphatase  48.5 
 
 
410 aa  389  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.298703  normal  0.49584 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5579  protein serine/threonine phosphatase  47.63 
 
 
413 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.79883  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2929  serine phosphatase  45.61 
 
 
410 aa  365  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.237417  normal  0.195412 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1432  protein serine/threonine phosphatase  43.75 
 
 
403 aa  339  5e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1587  protein serine/threonine phosphatase  37.74 
 
 
459 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.661001  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3047  serine phosphatase  38.95 
 
 
397 aa  176  5e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1841  stage II sporulation E family protein  36.4 
 
 
616 aa  170  4e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4266  protein serine/threonine phosphatase  33.33 
 
 
614 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1551  signal domain-containing protein  32.47 
 
 
661 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0252  hypothetical protein  34.75 
 
 
663 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02150  hypothetical protein  34.75 
 
 
663 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.308967 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2356  protein serine/threonine phosphatase  34.51 
 
 
679 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1013  serine phosphatase  33.46 
 
 
556 aa  145  9e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2114  protein serine/threonine phosphatase  33.85 
 
 
666 aa  136  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1473  protein serine/threonine phosphatase  34.83 
 
 
558 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1786  protein serine/threonine phosphatase  31.69 
 
 
557 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0195468 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4586  protein serine/threonine phosphatase  32.84 
 
 
604 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.42006  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.39 
 
 
611 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.92 
 
 
610 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.92 
 
 
587 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1472  serine phosphatase  22.73 
 
 
404 aa  104  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
613 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
613 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
612 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.43 
 
 
612 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
615 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.43 
 
 
612 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
613 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.92 
 
 
606 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
594 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
594 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.8 
 
 
613 aa  97.1  6e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.09 
 
 
676 aa  95.1  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.6 
 
 
616 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.28 
 
 
616 aa  92.8  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
627 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.5 
 
 
637 aa  91.3  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
610 aa  87.4  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.97 
 
 
633 aa  86.7  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1513  stage II sporulation E family protein  24.94 
 
 
397 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0461  CBS/GGDEF/EAL domain-containing protein  38.18 
 
 
594 aa  84.3  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  31.5 
 
 
553 aa  84  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.87 
 
 
710 aa  83.6  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.405196  hitchhiker  0.000791154 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.46 
 
 
598 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.08 
 
 
592 aa  80.9  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1860  protein serine/threonine phosphatase  24.28 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2422  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.37 
 
 
617 aa  79  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.411965  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.07 
 
 
590 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.28 
 
 
590 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0083  serine phosphatase  23.84 
 
 
559 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 
596 aa  73.2  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2931  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.24 
 
 
563 aa  72.8  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0258566  normal  0.261187 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.6 
 
 
584 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0739  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.24 
 
 
735 aa  68.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 
766 aa  67.8  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  22.92 
 
 
395 aa  67  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0171  putative PAS/PAC sensor protein  25.65 
 
 
385 aa  67  0.0000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.66 
 
 
581 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  35.24 
 
 
409 aa  66.6  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2115  putative PAS/PAC sensor protein  25.7 
 
 
536 aa  66.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 
590 aa  66.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2502  response regulator receiver modulated serine phosphatase  21.74 
 
 
384 aa  65.5  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149084  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0721  serine phosphatase  24.83 
 
 
885 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3533  putative PAS/PAC sensor protein  23.55 
 
 
410 aa  64.7  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1931  protein serine/threonine phosphatase  27.88 
 
 
451 aa  64.3  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.307044 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2750  HAMP domain-containing protein  22.7 
 
 
543 aa  63.9  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.362683  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1596  serine phosphatase RsbU  24.37 
 
 
521 aa  63.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.242086  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  25.76 
 
 
601 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0468  protein serine/threonine phosphatase  25.35 
 
 
445 aa  62.8  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.58 
 
 
599 aa  62.4  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  22.73 
 
 
384 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1522  response regulator receiver modulated serine phosphatase  24.5 
 
 
378 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1584  protein serine/threonine phosphatase  24.12 
 
 
649 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.63374 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3680  stage II sporulation E family protein  25.68 
 
 
786 aa  62.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0105855 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0924  protein serine/threonine phosphatase  24.33 
 
 
705 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0206766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  27.64 
 
 
582 aa  62  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1448  serine phosphatase  24.9 
 
 
472 aa  61.6  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0285  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  23.63 
 
 
590 aa  61.6  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4657  serine phosphatase  26.29 
 
 
467 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.767582  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3158  Stage II sporulation E family protein  23.74 
 
 
443 aa  58.2  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.9 
 
 
753 aa  58.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2204  serine phosphatase  22.26 
 
 
644 aa  58.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.206885  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  28.28 
 
 
353 aa  57.8  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1539  protein serine/threonine phosphatase  23.48 
 
 
363 aa  57.8  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0968  protein serine/threonine phosphatase  22.9 
 
 
630 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570146  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 
584 aa  57.4  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0971  protein serine/threonine phosphatase  22.9 
 
 
630 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0917  serine phosphatase  22.01 
 
 
630 aa  57  0.0000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0020  stage II sporulation E family protein  23.84 
 
 
464 aa  56.6  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329951  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  23.08 
 
 
840 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0959  stage II sporulation E family protein  23.16 
 
 
633 aa  56.6  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.613148  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1690  putative PAS/PAC sensor protein  27.19 
 
 
377 aa  56.2  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.074722  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1524  putative PAS/PAC sensor protein  21.43 
 
 
409 aa  55.8  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.43 
 
 
632 aa  55.8  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0643  stage II sporulation E family protein  24.31 
 
 
708 aa  56.2  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.948489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>