More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0949 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00175  hypothetical protein  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000980871  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3426  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480767  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3273  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  49.34 
 
 		 827 aa  813    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000281786  hitchhiker  0.00225371 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3352  outer membrane protein assembly factor YaeT  95.58 
 
 		 815 aa  1580    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0346772  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2627  surface antigen (D15)  49.1 
 
 		 827 aa  811    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0218715  normal  0.613387 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1843  outer membrane protein assembly factor YaeT  56 
 
 		 803 aa  926    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000194278  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1561  OMP85 family outer membrane protein  47.28 
 
 		 817 aa  768    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347163  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1074  outer membrane protein assembly factor YaeT  80.59 
 
 		 795 aa  1344    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000979052  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1637  surface antigen  49.76 
 
 		 826 aa  819    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2968  surface antigen (D15)  47.5 
 
 		 802 aa  773    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.270101  normal  0.279532 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03229  outer membrane protein assembly factor YaeT  57.58 
 
 		 804 aa  941    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0949  outer membrane protein assembly factor YaeT  100 
 
 		 809 aa  1648    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00135315  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3153  surface antigen (D15)  49.94 
 
 		 827 aa  829    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000352533  normal  0.0112151 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0715  outer membrane protein assembly factor YaeT  80.37 
 
 		 805 aa  1339    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000733739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3782  outer membrane protein assembly factor YaeT  82.32 
 
 		 801 aa  1373    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000907033  hitchhiker  0.00340919 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3427  outer membrane protein assembly factor YaeT  80.59 
 
 		 795 aa  1344    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000902719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3157  outer membrane protein assembly factor YaeT  84.32 
 
 		 805 aa  1423    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0017892  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1356  surface antigen (D15)  50.72 
 
 		 826 aa  835    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000205975  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3483  outer membrane protein assembly factor YaeT  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000802072  normal  0.102232 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0170  outer membrane protein assembly factor YaeT  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000513305  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002754  outer membrane protein assembly factor YaeT precursor  57.16 
 
 		 804 aa  941    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0604223  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0188  outer membrane protein assembly factor YaeT  79.31 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000418762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0246  outer membrane protein assembly factor YaeT  79.08 
 
 		 810 aa  1328    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.24449  normal  0.197895 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0262  outer membrane protein assembly factor YaeT  79.61 
 
 		 803 aa  1326    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.642005 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0181  outer membrane protein assembly factor YaeT  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000194171  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1021  outer membrane protein assembly factor YaeT  80.59 
 
 		 795 aa  1344    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000998639  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0187  outer membrane protein assembly factor YaeT  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00010789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0265  outer membrane protein assembly factor YaeT  79.61 
 
 		 803 aa  1326    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000300024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2972  outer membrane protein assembly factor YaeT  84.67 
 
 		 807 aa  1416    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0353111  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1489  surface antigen (D15)  50.72 
 
 		 826 aa  831    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00390259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1562  surface antigen (D15)  48.14 
 
 		 827 aa  796    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000380588  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00174  hypothetical protein  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00018653  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0535  OMP85 family outer membrane protein  45.25 
 
 		 793 aa  764    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1453  surface antigen (D15)  50.72 
 
 		 826 aa  831    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000244779  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2877  surface antigen (D15)  49.58 
 
 		 827 aa  818    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000948  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1257  surface antigen (D15)  44.92 
 
 		 824 aa  743    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00322017  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0179  outer membrane protein assembly factor YaeT  78.95 
 
 		 810 aa  1328    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000266992  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1147  surface antigen  49.94 
 
 		 844 aa  823    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.003885  normal  0.883859 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1458  surface antigen (D15)  50.72 
 
 		 827 aa  825    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000234879  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0980  surface antigen  43.54 
 
 		 802 aa  691    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00787602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2633  surface antigen (D15)  50.6 
 
 		 826 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000445373  normal  0.203506 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2700  surface antigen (D15)  50.6 
 
 		 826 aa  833    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000360043  hitchhiker  0.00504138 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2894  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  50.72 
 
 		 826 aa  831    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0172199  normal  0.36533 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1278  surface antigen (D15)  49.52 
 
 		 827 aa  812    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00357264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01381  outer membrane protein, OMP85 family  46.96 
 
 		 825 aa  761    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0183753  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2419  outer membrane protein assembly factor YaeT  55.5 
 
 		 806 aa  929    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0333898  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2807  surface antigen (D15)  50.48 
 
 		 826 aa  833    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000285002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0250  outer membrane protein assembly factor YaeT  79.08 
 
 		 810 aa  1328    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.609554  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0246  outer membrane protein assembly factor YaeT  79.73 
 
 		 804 aa  1325    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.25845  normal  0.670048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4074  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.8 
 
 		 784 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1522  surface antigen (D15)  38.71 
 
 		 790 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0389707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1491  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.98 
 
 		 797 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17150  putative outer membrane antigen  39.88 
 
 		 794 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2571  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  41 
 
 		 799 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227309 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3373  surface antigen family protein  40.62 
 
 		 787 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2385  surface antigen (D15)  40.62 
 
 		 787 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437807  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1599  surface antigen family outer membrane protein  39.63 
 
 		 786 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1154  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.31 
 
 		 787 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0571  surface antigen (D15)  39.92 
 
 		 790 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4178  surface antigen (D15)  39.75 
 
 		 786 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.39317  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1542  outer membrane protein  39.46 
 
 		 795 aa  561  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0793  surface antigen (D15)  38.95 
 
 		 770 aa  560  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.27416 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2540  surface antigen (D15)  39.44 
 
 		 772 aa  561  1e-158  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1351  surface antigen (D15):surface antigen variable number  38.92 
 
 		 791 aa  554  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3045  surface antigen (D15)  38.26 
 
 		 786 aa  552  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38910  surface antigen  38.75 
 
 		 792 aa  553  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3794  surface antigen (D15):surface antigen variable number  40.03 
 
 		 790 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173749 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1489  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.67 
 
 		 780 aa  548  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1109  surface antigen (D15)  38.92 
 
 		 796 aa  543  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.242384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2170  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  39.55 
 
 		 784 aa  537  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1167  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.88 
 
 		 758 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.190139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2447  OMP85 family outer membrane protein  38.24 
 
 		 796 aa  523  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.019137  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1750  surface antigen (D15):surface antigen variable number  37.64 
 
 		 761 aa  511  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.330816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1913  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.72 
 
 		 768 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.426313 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2484  OMP85 family outer membrane protein  38.29 
 
 		 768 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2428  OMP85 family outer membrane protein  38.08 
 
 		 769 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.195214  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1547  OMP85 family outer membrane protein  38.16 
 
 		 769 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2574  OMP85 family outer membrane protein  38.08 
 
 		 769 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.131452  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0816  Outer membrane protein  37.97 
 
 		 766 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.468447  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5321  surface antigen (D15)  38.01 
 
 		 769 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.202175 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1446  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.14 
 
 		 800 aa  507  9.999999999999999e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6066  surface antigen (D15)  38.13 
 
 		 769 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298817  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2044  surface antigen (D15)  38.01 
 
 		 768 aa  509  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3264  OMP85 family outer membrane protein  38.16 
 
 		 768 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2011  surface antigen (D15)  38.13 
 
 		 769 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1319  OMP85 family outer membrane protein  38.16 
 
 		 768 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2047  OMP85 family outer membrane protein  38.16 
 
 		 768 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.912739  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2031  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.5 
 
 		 769 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.675693  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1412  putative outer membrane signal peptide protein  36.74 
 
 		 765 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.272317 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0322  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.1 
 
 		 784 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2035  OMP85 family outer membrane protein  37.66 
 
 		 768 aa  506  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.139503  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0357  outer membrane antigen  36.1 
 
 		 784 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.433119  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1265  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  37.5 
 
 		 769 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.88133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1257  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.42 
 
 		 787 aa  501  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0901212  normal  0.632332 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1286  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.46 
 
 		 765 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.368496  normal  0.747084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1873  surface antigen (D15):surface antigen variable number  37.27 
 
 		 784 aa  499  1e-140  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.836752  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1350  outer membrane protein assembly complex, YaeT protein  36.52 
 
 		 750 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0760351  normal  0.942125 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1443  surface antigen (D15)  37.3 
 
 		 791 aa  502  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680805  decreased coverage  0.000148941 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01121  outer membrane antigen  36.54 
 
 		 788 aa  498  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.385807  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0665  surface antigen (D15)  37.34 
 
 		 760 aa  496  1e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.381453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>