More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0880 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3409  murein transglycosylase C  97.59 
 
 
374 aa  761    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.168734  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3028  murein transglycosylase C  85.96 
 
 
360 aa  651    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3208  murein transglycosylase C  85.39 
 
 
360 aa  649    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0880  murein transglycosylase C  100 
 
 
374 aa  776    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4045  murein transglycosylase C  81.23 
 
 
358 aa  619  1e-176  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.171156 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0818  murein transglycosylase C  82.78 
 
 
362 aa  616  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.477613  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0817  murein transglycosylase C  82.91 
 
 
358 aa  610  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0153  murein transglycosylase C  82.91 
 
 
358 aa  610  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000643925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3360  murein transglycosylase C  74.37 
 
 
361 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.0857265 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3286  murein transglycosylase C  74.09 
 
 
361 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.548913  normal  0.0418173 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3352  murein transglycosylase C  74.09 
 
 
361 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3276  murein transglycosylase C  74.09 
 
 
361 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3455  murein transglycosylase C  74.09 
 
 
361 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.941292  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3368  murein transglycosylase C  77.03 
 
 
359 aa  567  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0187243 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02793  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  75.98 
 
 
359 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0751  murein transglycosylase C  75.98 
 
 
360 aa  558  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0147512 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3124  murein transglycosylase C  75.98 
 
 
359 aa  558  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3396  murein transglycosylase C  75.98 
 
 
359 aa  558  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02756  hypothetical protein  75.98 
 
 
359 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.128702  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3309  murein transglycosylase C  75.98 
 
 
359 aa  558  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0732  Lytic transglycosylase catalytic  75.7 
 
 
360 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4267  murein transglycosylase C  75.7 
 
 
359 aa  556  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.59829  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3106  murein transglycosylase C  75.7 
 
 
359 aa  555  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00368993 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1669  murein transglycosylase C  55.99 
 
 
363 aa  399  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0477  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  52.17 
 
 
340 aa  376  1e-103  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0327755  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0001  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  51.98 
 
 
375 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000403894  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0532  membrane-bound lytic murein transglycosylase C precursor  47.33 
 
 
378 aa  336  5e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000712177  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03593  lytic murein transglycosylase  49.7 
 
 
376 aa  332  5e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002444  membrane-bound lytic murein transglycosylase C precursor  48.94 
 
 
372 aa  325  9e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000187183  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03316  lytic murein transglycosylase  49.66 
 
 
296 aa  298  8e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1786  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  41.45 
 
 
388 aa  288  1e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0048651  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1446  membrane-bound lytic murein transglycosylase C  44.79 
 
 
373 aa  280  2e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3344  lytic transglycosylase catalytic  43.25 
 
 
394 aa  267  2.9999999999999995e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.873835 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0080  lytic transglycosylase, catalytic  39.68 
 
 
377 aa  232  1e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3132  lytic transglycosylase catalytic  41.44 
 
 
354 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00437573 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4178  lytic transglycosylase catalytic  39.12 
 
 
349 aa  205  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1463  lytic transglycosylase, catalytic  38.32 
 
 
413 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1816  lytic transglycosylase catalytic  52.17 
 
 
220 aa  180  2.9999999999999997e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1706  transglycosylase slt family protein  52.17 
 
 
212 aa  180  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.190325  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2629  transglycosylase slt family protein  52.17 
 
 
212 aa  180  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00160181  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0177  Lytic transglycosylase catalytic  36.49 
 
 
429 aa  177  2e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00119021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2135  lytic transglycosylase catalytic  53.5 
 
 
233 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.525775 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2359  lytic transglycosylase, catalytic  44.58 
 
 
203 aa  151  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35474  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0297  lytic transglycosylase, catalytic  31.66 
 
 
385 aa  152  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.277763  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01168  lytic murein endotransglycosylase E  42.77 
 
 
203 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.349324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2455  Lytic transglycosylase catalytic  42.77 
 
 
203 aa  151  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00170587  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1295  membrane-bound lytic murein transglycosylase E  42.77 
 
 
241 aa  151  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0532934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2432  lytic transglycosylase catalytic  42.77 
 
 
203 aa  151  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.283102  normal  0.357576 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01178  hypothetical protein  42.77 
 
 
203 aa  151  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1338  membrane-bound lytic murein transglycosylase E  42.77 
 
 
241 aa  151  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.243882  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1955  membrane-bound lytic murein transglycosylase E  42.77 
 
 
203 aa  150  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0826912  normal  0.211884 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1351  membrane-bound lytic murein transglycosylase E  42.77 
 
 
241 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1680  membrane-bound lytic murein transglycosylase E  42.77 
 
 
203 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00128124  normal  0.45988 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1595  lytic transglycosylase, catalytic  37.55 
 
 
378 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2724  lytic transglycosylase catalytic  40.78 
 
 
519 aa  144  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2185  lytic transglycosylase catalytic  34.6 
 
 
427 aa  143  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000212239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4233  lytic transglycosylase catalytic  42.07 
 
 
215 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.461151 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2079  Lytic transglycosylase catalytic  33.05 
 
 
359 aa  126  6e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.929188  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03362  lytic murein transglycosylase  38.95 
 
 
272 aa  117  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  37.17 
 
 
296 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  37.17 
 
 
296 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  36.44 
 
 
260 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0872  lytic transglycosylase, catalytic  40.52 
 
 
258 aa  72.8  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0272824  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4417  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 
251 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1021  Lytic transglycosylase catalytic  37.7 
 
 
197 aa  71.6  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1200  lytic transglycosylase, catalytic  39.13 
 
 
279 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2596  putative transglycosylase  35.29 
 
 
456 aa  71.2  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  36.84 
 
 
196 aa  70.1  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  31.85 
 
 
218 aa  70.1  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0301  lytic murein transglycosylase, putative  39.13 
 
 
196 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  35.4 
 
 
285 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2811  Lytic transglycosylase catalytic  35.51 
 
 
282 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3939  lytic transglycosylase catalytic protein  39.13 
 
 
260 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.126837  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 
191 aa  68.9  0.0000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4023  Lytic transglycosylase catalytic  39.13 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.34117e-17 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3164  lytic transglycosylase, catalytic  36.84 
 
 
284 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.611179  normal  0.205276 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  33.9 
 
 
189 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  36.7 
 
 
263 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  35.09 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  37.82 
 
 
300 aa  67  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  35.96 
 
 
300 aa  67  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2620  lytic transglycosylase, catalytic  34.43 
 
 
262 aa  66.6  0.0000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  35.96 
 
 
292 aa  67  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  30.65 
 
 
256 aa  66.2  0.0000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3262  lytic transglycosylase, catalytic  38.6 
 
 
198 aa  65.5  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.205126  hitchhiker  0.000000000286118 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3191  lytic transglycosylase catalytic  33.87 
 
 
254 aa  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1009  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  33.61 
 
 
209 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0884  lytic transglycosylase, catalytic  30.52 
 
 
188 aa  65.1  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.10912  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0716  soluble lytic murein transglycosylase precursor  36.64 
 
 
649 aa  63.9  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2154  lytic transglycosylase, catalytic  34.48 
 
 
201 aa  64.3  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0579447  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0633  lytic transglycosylase catalytic  36.64 
 
 
649 aa  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.716649  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2520  lytic transglycosylase, catalytic  34.78 
 
 
280 aa  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22403  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0524  periplasmic binding transport protein/transglycosylase  31.62 
 
 
497 aa  63.5  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.60685  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  35.34 
 
 
174 aa  63.5  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3413  Lytic transglycosylase catalytic  38.05 
 
 
661 aa  63.5  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.439727  normal  0.575026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  35.29 
 
 
217 aa  63.2  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3631  Lytic transglycosylase catalytic  32.77 
 
 
209 aa  62.8  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3705  Lytic transglycosylase catalytic  32.77 
 
 
209 aa  62.8  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 
215 aa  62.8  0.000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0976  Lytic transglycosylase catalytic  37.37 
 
 
223 aa  62.8  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>