More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0829 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0829  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 190 aa  387  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2789  transcriptional regulator, TetR family  42.33 
 
 		 192 aa  173  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0069  putative transcriptional regulator  22.58 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.494217  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1591  TetR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 215 aa  66.2  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.194821 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1574  regulatory protein, TetR  23.84 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.979673 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  25.13 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  25.93 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1523  TetR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 200 aa  62.8  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120489 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  25.97 
 
 		 308 aa  62  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2996  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 193 aa  62  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.542374  normal  0.411304 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5473  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.968436  normal  0.0284284 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0951  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3347  regulatory protein, TetR  24.37 
 
 		 205 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.235212  normal  0.0210246 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  21.13 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  22.22 
 
 		 287 aa  58.9  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1780  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 		 200 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  27.06 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 241 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6166  putative transcriptional regulator, TetR family  28.05 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  normal  0.0100509 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  24.2 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  26.55 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0119  TetR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.00000000566826  decreased coverage  0.00000000000241144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4729  TetR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0306  TetR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641939  normal  0.172302 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 200 aa  54.7  0.0000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0402  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.498778  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0684  TetR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 213 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.974708 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3324  TetR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 212 aa  53.1  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.272078  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3759  transcriptional regulator, TetR family  27.51 
 
 		 202 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.341264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4168  TetR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 244 aa  53.5  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0511823  normal  0.17991 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2285  TetR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 211 aa  53.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0118465  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4024  TetR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 207 aa  53.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.563014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3666  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 187 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.356922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 202 aa  52.4  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2055  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 206 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 231 aa  52  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0987  regulatory protein TetR  36.05 
 
 		 192 aa  52  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.383045  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 228 aa  52  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 212 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0520  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 		 197 aa  51.6  0.000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.711752  normal  0.521102 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0319  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 206 aa  51.6  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3471  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2744  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 187 aa  51.2  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.184508  normal  0.510089 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2485  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 193 aa  50.8  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3750  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 236 aa  50.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.178814  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 188 aa  50.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2448  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 188 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2493  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.126348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3756  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 193 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22500  transcriptional regulator, TetR family  22.75 
 
 		 199 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589103  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4482  TetR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 212 aa  49.7  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0445  transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.740524  decreased coverage  0.00376288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3444  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 205 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.349562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 203 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2147  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 193 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.576982  hitchhiker  0.00198138 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3141  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05640  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 223 aa  50.1  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.950785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2007  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 193 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3705  regulatory protein TetR  44.44 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0835  TetR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 201 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.861936  normal  0.897725 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3359  transcriptional regulator, TetR family  35.06 
 
 		 192 aa  50.1  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000478711  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 195 aa  50.1  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1516  transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 203 aa  49.7  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 188 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3548  TetR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 207 aa  49.3  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.842454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2950  TetR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 217 aa  49.3  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000171699 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46570  putative transcriptional regulator  24.61 
 
 		 205 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161907  hitchhiker  0.00000116969 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 324 aa  49.3  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 200 aa  49.3  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3894  regulatory protein TetR  25.54 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4789  transcriptional regulator  23.6 
 
 		 212 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2679  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2194  TetR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 193 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.789913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1297  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.843552  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3937  transcriptional regulatory protein  32.58 
 
 		 210 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6140  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.943652 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04630  transcriptional regulator, tetR family  29.63 
 
 		 216 aa  48.9  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6533  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4802  TetR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 199 aa  48.9  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.386552  normal  0.120275 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1493  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 200 aa  48.9  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 223 aa  48.9  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0167  TetR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 213 aa  48.9  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0265  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 194 aa  48.5  0.00005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  35.06 
 
 		 258 aa  48.5  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6011  transcriptional regulator, TetR family  24.12 
 
 		 203 aa  48.5  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0626  TetR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 199 aa  48.5  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3779  transcriptional regulator, TetR family  46.67 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>