More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0461 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0461  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 420 aa  831    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0559  major facilitator superfamily MFS_1  82.35 
 
 		 145 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21230  catecholate siderophore efflux pump, MFS_1 family  34.93 
 
 		 407 aa  159  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000768503  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2452  hypothetical protein  28.85 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.883759 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1277  major facilitator transporter  29.97 
 
 		 410 aa  156  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1550  major facilitator superfamily transporter  31.75 
 
 		 426 aa  137  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1090  major facilitator transporter  29.7 
 
 		 418 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0155468 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3614  major facilitator superfamily MFS_1  29.62 
 
 		 439 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1077  major facilitator transporter  29.65 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5135  major facilitator transporter  27.7 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3292  major facilitator superfamily MFS_1  29.19 
 
 		 439 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3400  tranporter transmembrane protein  28.77 
 
 		 421 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0325  sugar efflux transporter  23.56 
 
 		 403 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5307  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.535267  normal  0.123974 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1175  major facilitator superfamily MFS_1  23.51 
 
 		 419 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0759672  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3965  major facilitator transporter  21.27 
 
 		 413 aa  100  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.748751  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3453  major facilitator superfamily MFS_1  23.71 
 
 		 420 aa  92.8  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  0.0945543 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4255  Arabinose efflux permease-like protein  30.99 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2559  major facilitator superfamily MFS_1  26.76 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3798  major facilitator transporter  27.49 
 
 		 412 aa  61.6  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000146089 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0045  major facilitator transporter  25.16 
 
 		 444 aa  60.8  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0327786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1621  tetracycline-efflux transporter  27.49 
 
 		 418 aa  60.5  0.00000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.651661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0049  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.65 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.414965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1819  putative transporter  27.47 
 
 		 417 aa  60.1  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.143968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4495  major facilitator family transporter  26.39 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000363259  decreased coverage  0.0000000000000205787 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0841  major facilitator family transporter  26.36 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00299381  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1729  major facilitator transporter  26.6 
 
 		 453 aa  59.7  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2463  multidrug resistance protein, putative  25.16 
 
 		 398 aa  57.4  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.190584  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1504  major facilitator transporter  24.66 
 
 		 428 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0043837  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1886  major facilitator family transporter  30.73 
 
 		 474 aa  57  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1672  major facilitator transporter  22.39 
 
 		 389 aa  57  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000335684  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0939  major facilitator transporter  28.78 
 
 		 417 aa  57  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.464819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0932  major facilitator transporter  28.08 
 
 		 426 aa  56.6  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2058  major facilitator family protein  26.78 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0107331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1524  major facilitator transporter  25.53 
 
 		 491 aa  56.2  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400505  normal  0.0396773 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1801  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 474 aa  55.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.193044  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2764  major facilitator superfamily MFS_1  25.93 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1897  major facilitator transporter  26.47 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0948  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 457 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2062  major facilitator transporter  23.69 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.020715 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1391  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 474 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1901  major facilitator superfamily MFS_1  23.15 
 
 		 405 aa  55.8  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.209847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0350  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 474 aa  55.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0213  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 457 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1905  major facilitator transporter  25.47 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0432  major facilitator family transporter  30.17 
 
 		 474 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6043  major facilitator transporter  25.11 
 
 		 415 aa  55.5  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.100748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7149  major facilitator superfamily MFS_1  27.12 
 
 		 434 aa  55.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.321926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4863  d-galactonate transporter  26.71 
 
 		 450 aa  54.7  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0267254 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0841  major facilitator superfamily MFS_1  27.16 
 
 		 395 aa  54.7  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.275018  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5629  major facilitator transporter  26.99 
 
 		 404 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208414  normal  0.0407096 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1938  major facilitator transporter  27.97 
 
 		 443 aa  54.3  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.829808  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0789  major facilitator transporter  26.44 
 
 		 412 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2608  major facilitator transporter  23.71 
 
 		 391 aa  54.3  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1024  major facilitator superfamily MFS_1  26.28 
 
 		 410 aa  54.3  0.000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.204165  normal  0.764355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2744  major facilitator transporter  23.71 
 
 		 391 aa  53.9  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0919  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.92 
 
 		 389 aa  53.5  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.339104  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  26.37 
 
 		 398 aa  53.5  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4993  major facilitator transporter  25.34 
 
 		 406 aa  53.5  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400801  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7578  major facilitator transporter  25.11 
 
 		 415 aa  53.5  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1095  major facilitator family transporter  26.87 
 
 		 435 aa  53.9  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.140636  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  27.24 
 
 		 424 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1023  major facilitator superfamily MFS_1  27.35 
 
 		 432 aa  53.1  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6377  major facilitator transporter  26.11 
 
 		 404 aa  52.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860251  normal  0.451181 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  23.76 
 
 		 428 aa  52.8  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1794  major facilitator transporter  31.5 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3514  major facilitator superfamily transporter  27.78 
 
 		 429 aa  52.4  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.522107  normal  0.962202 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4743  major facilitator transporter  27.2 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.524316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0415  major facilitator transporter  22.51 
 
 		 392 aa  52.4  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.240789 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3004  major facilitator transporter  29.65 
 
 		 421 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  27.35 
 
 		 402 aa  51.6  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0632  major facilitator transporter  28.35 
 
 		 410 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3326  major facilitator superfamily MFS_1  22.51 
 
 		 388 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.139767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1771  major facilitator transporter  26.29 
 
 		 412 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1535  major facilitator transporter  28.93 
 
 		 449 aa  51.2  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3026  major facilitator superfamily transporter  26.74 
 
 		 411 aa  51.6  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2360  major facilitator superfamily MFS_1  25.77 
 
 		 393 aa  51.2  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0118  major facilitator superfamily MFS_1  24.12 
 
 		 433 aa  51.2  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.254663  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3013  major facilitator transporter  25.33 
 
 		 408 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0393248 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2523  major facilitator superfamily aromatic acid/H(+) symporter  30.32 
 
 		 461 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.108392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1694  major facilitator transporter  27.47 
 
 		 409 aa  50.8  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3611  major facilitator superfamily MFS_1  27.84 
 
 		 410 aa  50.8  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0633  major facilitator transporter  22.79 
 
 		 388 aa  50.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0698  major facilitator transporter  25.95 
 
 		 447 aa  50.4  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0607  major facilitator transporter  23.02 
 
 		 391 aa  50.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2249  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  29.17 
 
 		 406 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0638588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0923  major facilitator transporter  29.34 
 
 		 406 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311973  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0950  major facilitator family transporter  25.19 
 
 		 400 aa  50.4  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000143189  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0879  major facilitator family transporter  25.19 
 
 		 400 aa  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000268355  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4444  multidrug resistance protein  21.47 
 
 		 400 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.239413 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2222  multidrug resistance protein  23.32 
 
 		 398 aa  50.4  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000329957  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19440  arabinose efflux permease family protein  26.53 
 
 		 421 aa  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.864683  normal  0.0256457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5114  major facilitator transporter  26.29 
 
 		 399 aa  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958171  normal  0.0993786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2353  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 413 aa  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.41 
 
 		 409 aa  50.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2027  major facilitator transporter  26.85 
 
 		 425 aa  50.1  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.145333 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08030  arabinose efflux permease family protein  25.26 
 
 		 388 aa  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.566013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3472  major facilitator transporter  25.85 
 
 		 403 aa  49.7  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.059656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3731  major facilitator superfamily MFS_1  28.4 
 
 		 444 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3797  major facilitator superfamily MFS_1  28.4 
 
 		 444 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.653013  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>