26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0423 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_0423  transcriptional regulator, CopG family  100 
 
 
96 aa  197  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.416536  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0502  transcriptional regulator, CopG family  95.83 
 
 
96 aa  187  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1797  CopG family transcriptional regulator  53.76 
 
 
94 aa  103  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.50125 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3515  CopG family transcriptional regulator  52.69 
 
 
94 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1769  CopG family transcriptional regulator  51.61 
 
 
94 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1692  CopG family transcriptional regulator  49.46 
 
 
94 aa  93.6  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.542112  normal  0.0225811 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6360  transcriptional regulator, CopG family  50 
 
 
92 aa  92  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1445  CopG family transcriptional regulator  52.27 
 
 
102 aa  91.7  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3354  CopG family transcriptional regulator  46.07 
 
 
90 aa  91.3  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.010277  normal  0.252149 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2499  hypothetical protein  47.13 
 
 
90 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2427  CopG family transcriptional regulator  47.19 
 
 
100 aa  85.5  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4372  CopG family transcriptional regulator  46.59 
 
 
92 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98164  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0926  CopG family transcriptional regulator  45.98 
 
 
92 aa  80.9  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1249  transcriptional regulator-like protein  37.36 
 
 
121 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000553131  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00427  transcriptional regulator, HTH motif containing  54.1 
 
 
61 aa  68.6  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0043  hypothetical protein  33.68 
 
 
96 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2575  CopG family transcriptional regulator  34.83 
 
 
97 aa  63.9  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.888914  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0112  hypothetical protein  33.33 
 
 
89 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0805  hypothetical protein  33.33 
 
 
89 aa  54.3  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.113601  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1216  hypothetical protein  34.48 
 
 
89 aa  54.3  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.676541  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0140  hypothetical protein  31.4 
 
 
118 aa  51.6  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.736337 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0145  hypothetical protein  32.56 
 
 
89 aa  52  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.399898  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0979  hypothetical protein  37.21 
 
 
256 aa  44.3  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.346318  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2904  CopG family transcriptional regulator  26.88 
 
 
94 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000144196  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1962  hypothetical protein  30.34 
 
 
92 aa  44.3  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1117  transcriptional regulator, CopG family  48.94 
 
 
89 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0755433 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>