89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0087 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0083  ribonuclease  96.73 
 
 		 338 aa  658    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0087  ribonuclease  100 
 
 		 338 aa  683    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4744  putative ribonuclease  74.85 
 
 		 339 aa  507  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4056  ribonuclease BN-like family protein  75.31 
 
 		 361 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0106  ribonuclease  75.62 
 
 		 366 aa  482  1e-135  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4075  hypothetical protein  73.91 
 
 		 357 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.90745  normal  0.0226711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4073  ribonuclease  81.12 
 
 		 328 aa  464  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3919  putative ribonuclease  70.66 
 
 		 341 aa  459  9.999999999999999e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.431008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3886  ribonuclease  76.12 
 
 		 332 aa  459  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0191  ribonuclease  68.79 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3725  putative ribonuclease  68.79 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4010  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0195  ribonuclease  68.79 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3826  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 337 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.135959 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3927  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03370  conserved inner membrane protein  68.79 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4885  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03323  hypothetical protein  68.79 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.1002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3924  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3802  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3815  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3983  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.344715 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3880  putative ribonuclease  68.45 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1295  ribonuclease  40 
 
 		 361 aa  226  3e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6469  ribonuclease  38.93 
 
 		 339 aa  206  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05300  ribonuclease, putative  40.18 
 
 		 366 aa  192  8e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1230  putative ribonuclease  37.25 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1213  hypothetical protein  37.25 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.158916  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4870  putative ribonuclease  34.35 
 
 		 346 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0433032  normal  0.0967189 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1561  putative ribonuclease  36.72 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285533 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1769  ribonuclease BN  30.58 
 
 		 377 aa  159  6e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1240  putative ribonuclease  35.4 
 
 		 343 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35918 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0950  ribonuclease  32.8 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4202  ribonuclease BN  29.81 
 
 		 341 aa  135  9e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3957  ribonuclease BN  35.04 
 
 		 374 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.707734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13368  integral membrane protein  34.32 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0663  ribonuclease BN  32.5 
 
 		 411 aa  112  9e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.362248  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5966  ribonuclease BN  32.14 
 
 		 390 aa  110  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.172061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1264  membrane protein-like protein  28.48 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4405  ribonuclease BN  28.19 
 
 		 343 aa  80.9  0.00000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0671  ribonuclease BN  26.28 
 
 		 315 aa  80.1  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.157242 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0898  ribonuclease BN  27.9 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0551761 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0743  ribonuclease BN  25.82 
 
 		 307 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183226  hitchhiker  0.000468275 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1198  ribonuclease BN  26.01 
 
 		 324 aa  68.9  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000216425 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3921  putative ribonuclease BN  22.66 
 
 		 360 aa  63.2  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00855127  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25840  predicted membrane protein  25.56 
 
 		 375 aa  63.2  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.200788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2530  ribonuclease BN  25.94 
 
 		 337 aa  62  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1124  ribonuclease BN  24.91 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0799  ribonuclease BN  25.54 
 
 		 367 aa  60.8  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3967  ribonuclease BN  22.87 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.565971 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2955  ribonuclease BN  23.17 
 
 		 389 aa  60.1  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00451533  decreased coverage  0.000148448 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1012  ribonuclease BN  25.95 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3408  ribonuclease BN  22.88 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0329161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3473  ribonuclease BN  25 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.950669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5550  membrane protein-like protein  26.69 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.989573  normal  0.0897553 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0143  hypothetical protein  23.57 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.23892  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0967  ribonuclease BN  27.64 
 
 		 300 aa  53.9  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.89911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1876  ribonuclease BN  23.84 
 
 		 306 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6636  ribonuclease BN  23.68 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14240  predicted membrane protein  21.32 
 
 		 352 aa  51.6  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00629012  normal  0.0181744 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4029  ribonuclease BN  23.36 
 
 		 316 aa  51.6  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.394592 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2776  putative ribonuclease BN  25 
 
 		 417 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4548  ribonuclease BN  25.19 
 
 		 349 aa  50.8  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.79228  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0653  ribonuclease BN  23.84 
 
 		 294 aa  49.3  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4719  putative ribonuclease BN  27.04 
 
 		 350 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.196963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4425  putative ribonuclease BN  27.04 
 
 		 350 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.690543  normal  0.619354 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4339  ribonuclease BN, putative  27.04 
 
 		 350 aa  47.4  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.168174  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2533  ribonuclease BN  24.14 
 
 		 311 aa  46.6  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0425  putative ribonuclease BN  24.02 
 
 		 300 aa  46.6  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.250516  normal  0.726297 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2621  ribonuclease BN  21.54 
 
 		 304 aa  46.2  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1669  ribonuclease BN, putative  27.59 
 
 		 326 aa  45.4  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20430  predicted membrane protein  24.19 
 
 		 388 aa  45.4  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0112406  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2446  ribonuclease BN  22.09 
 
 		 263 aa  45.4  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.805614  hitchhiker  0.00565169 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6562  ribonuclease BN  25.33 
 
 		 347 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.357212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4850  YihY family protein  26.86 
 
 		 288 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0474  YihY family protein  26.86 
 
 		 288 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3429  ribonuclease BN  26.89 
 
 		 320 aa  45.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0042  BrkB-like serum-resistance protein  24.19 
 
 		 294 aa  44.7  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.363004  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4776  ribonuclease BN  28.46 
 
 		 367 aa  43.9  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0858939  normal  0.337427 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1654  ribonuclease BN  26.04 
 
 		 345 aa  43.9  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00658785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5809  ribonuclease BN, putative  23.67 
 
 		 321 aa  43.5  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0739  putative ribonuclease BN  23.41 
 
 		 434 aa  43.5  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0412  ribonuclease BN  22.3 
 
 		 317 aa  43.5  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4678  ribonuclease BN  24.09 
 
 		 347 aa  43.1  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0366951  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0341  ribonuclease BN  24.38 
 
 		 387 aa  42.7  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0362  ribonuclease BN  24.38 
 
 		 387 aa  42.7  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.888371 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0352  ribonuclease BN  24.38 
 
 		 387 aa  42.7  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.062974  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02750  YihY family protein  22.56 
 
 		 360 aa  42.4  0.01  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4350  ribonuclease BN  20.4 
 
 		 316 aa  42.4  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>