113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_28080 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_28080  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 72 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00426893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2300  putative transcriptional regulatory protein  73.61 
 
 		 74 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2169  hypothetical protein  73.61 
 
 		 74 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0666173  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1665  XRE family transcriptional regulator  80 
 
 		 74 aa  107  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.542106  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5039  XRE family transcriptional regulator  78.46 
 
 		 74 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.927312 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1757  XRE family transcriptional regulator  78.46 
 
 		 74 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2285  Cro/CI family transcription regulator  73.91 
 
 		 74 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0314  XRE family transcriptional regulator  68.06 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.203005  normal  0.441895 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4482  XRE family transcriptional regulator  69.01 
 
 		 82 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.111215  normal  0.686525 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3642  XRE family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 82 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.182949  normal  0.278552 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0100  transcriptional regulator, XRE family  73.13 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3364  transcriptional regulator, XRE family  66.67 
 
 		 106 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71330  putative transcriptional regulator  76.56 
 
 		 68 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6190  putative transcriptional regulator  76.56 
 
 		 68 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.876157  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2718  putative transcriptional regulator  75 
 
 		 78 aa  99  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.973938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4792  XRE family transcriptional regulator  63.38 
 
 		 71 aa  99.4  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0662158  normal  0.716445 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0490  hypothetical protein  72.31 
 
 		 78 aa  98.2  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0466  hypothetical protein  72.31 
 
 		 78 aa  98.2  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0478  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 70 aa  97.1  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3255  transcriptional regulator, XRE family  71.64 
 
 		 69 aa  97.1  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4332  helix-turn-helix type 3  68.66 
 
 		 77 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0484  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 77 aa  95.5  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4481  XRE family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0997  transcriptional regulator, XRE family  68.18 
 
 		 69 aa  93.6  7e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1951  XRE family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 82 aa  90.5  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0335085 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1687  helix-turn-helix type 3  69.23 
 
 		 74 aa  89.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3882  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 63 aa  88.2  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2183  XRE family transcriptional regulator  63.08 
 
 		 71 aa  87  7e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1216  putative HTH-type transcriptional regulator  62.12 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893532  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3417  transcriptional regulator, XRE family  58.82 
 
 		 77 aa  87  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1981  XRE family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 68 aa  85.5  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.287792  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0788  transcriptional regulator, Cro/CI family  61.54 
 
 		 76 aa  85.9  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0375  XRE family transcriptional regulator  66.13 
 
 		 76 aa  85.5  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3005  DNA-binding protein  56.34 
 
 		 71 aa  83.6  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2236  DNA-binding protein  56.34 
 
 		 71 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.972034  hitchhiker  0.0000000327322 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2791  DNA-binding protein  54.93 
 
 		 71 aa  82  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0381729  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2740  Cro/CI family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 71 aa  82  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.29378  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2721  Cro/CI family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 71 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3003  DNA-binding protein  54.93 
 
 		 71 aa  82  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0902628  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3038  DNA-binding protein  54.93 
 
 		 71 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121923  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3001  DNA-binding protein  54.93 
 
 		 71 aa  82  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000935469 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5760  transcriptional regulator, XRE family  63.08 
 
 		 71 aa  81.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205139  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1037  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 74 aa  82  0.000000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3592  XRE family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 68 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3040  DNA-binding protein  54.93 
 
 		 71 aa  81.3  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.119109  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2135  XRE family transcriptional regulator  60.32 
 
 		 82 aa  80.9  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.160527 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2804  XRE family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 75 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425929  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0218  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  60 
 
 		 76 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3131  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 67 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3550  XRE family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 77 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2194  XRE family transcriptional regulator  56.92 
 
 		 72 aa  79  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135264  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2209  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  56.92 
 
 		 72 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4238  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 		 69 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1982  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 		 74 aa  79  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.995083  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2707  transcriptional regulator, XRE family  55.22 
 
 		 78 aa  79.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3870  transcriptional regulator, XRE family protein  56.92 
 
 		 69 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2988  transcriptional regulator, XRE family  55.22 
 
 		 74 aa  78.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.962229 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1695  transcriptional regulator  60.32 
 
 		 70 aa  78.2  0.00000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0597679  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2806  transcriptional regulator, XRE family  47.89 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3598  helix-turn-helix type 3  54.55 
 
 		 77 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3478  transcriptional regulator, XRE family  50.7 
 
 		 76 aa  77  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0540861  normal  0.173042 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5711  transcriptional regulator, XRE family  54.55 
 
 		 75 aa  77  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05360  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  53.85 
 
 		 68 aa  75.9  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1440  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 78 aa  75.5  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0033  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 86 aa  75.5  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.656945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0630  putative transcriptional regulator  53.85 
 
 		 69 aa  75.1  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.054738  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1666  aspartate/glutamate/uridylate kinase-like protein  55.38 
 
 		 67 aa  74.7  0.0000000000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.962131  hitchhiker  0.00000000000435388 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1539  transcriptional regulator, XRE family  52.24 
 
 		 71 aa  74.3  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0419417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0918  DNA-binding protein  50 
 
 		 72 aa  73.9  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4120  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 80 aa  73.9  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.424691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2733  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 70 aa  73.9  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0924  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 77 aa  73.9  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.385099  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4237  putative transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 84 aa  72.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0543061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0168  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 76 aa  72.4  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3957  transcriptional regulator, XRE family  50.77 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.010777  normal  0.26793 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1830  transcriptional regulator, XRE family  60.66 
 
 		 74 aa  72.4  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11560  predicted transcriptional regulator  56.06 
 
 		 70 aa  72  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2262  XRE family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 68 aa  72  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.914675  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0028  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 73 aa  69.3  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230002  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3008  XRE family transcriptional regulator  50.77 
 
 		 76 aa  69.3  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2665  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 74 aa  68.2  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5346  putative transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 79 aa  68.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.413727 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4401  transcriptional regulator, XRE family  46.27 
 
 		 76 aa  66.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0748815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1859  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 75 aa  66.6  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000246644  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2650  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 82 aa  66.6  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.213866  normal  0.098962 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0500  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 75 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00719991  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8816  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 79 aa  65.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0809895  normal  0.786244 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1065  transcriptional regulator, XRE family  48.61 
 
 		 74 aa  63.2  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3116  transcription regulator, Cro/CI family -related protein  56.52 
 
 		 57 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.819469  hitchhiker  0.000000540333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0337  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 83 aa  60.1  0.000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.160189  normal  0.0633386 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0937  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 74 aa  60.5  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.792674  normal  0.0631359 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18370  predicted transcriptional regulator  45.31 
 
 		 78 aa  57.4  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.312817 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2481  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.400931  normal  0.978354 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2212  putative transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 110 aa  54.3  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0086  hypothetical protein  42.42 
 
 		 111 aa  53.9  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.417163  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2888  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.139071  normal  0.202628 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1336  hypothetical protein  44.44 
 
 		 86 aa  51.2  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.94784  normal  0.842689 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1035  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2751  transcriptional regulator-like protein  45.1 
 
 		 53 aa  50.4  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.080776 
 
 
-
 
NC_014000  Ava_D0037  Transcriptional Regulator, XRE family  42.03 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.110571  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>