83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_3075 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_3075  ribonuclease P protein  100 
 
 
111 aa  217  3.9999999999999997e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.194424  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3704  ribonuclease P protein component  88.29 
 
 
111 aa  166  1e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7325  ribonuclease P protein component  75.7 
 
 
136 aa  135  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0068  ribonuclease P protein component  73.15 
 
 
242 aa  135  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.190277  decreased coverage  0.00398675 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0684  ribonuclease P protein component  74.31 
 
 
113 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.820887  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0637  ribonuclease P protein component  70.91 
 
 
113 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.150092  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0818  ribonuclease P protein component  73.03 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0069  ribonuclease P protein component  47.57 
 
 
137 aa  91.3  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1060  ribonuclease P protein component  47.57 
 
 
137 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.569481  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2721  ribonuclease P protein component  46.6 
 
 
137 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0959795 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0641  ribonuclease P protein component  50.47 
 
 
132 aa  85.9  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116685  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1022  ribonuclease P  42.31 
 
 
145 aa  81.3  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5376  ribonuclease P protein  44.83 
 
 
141 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.827192  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0963  ribonuclease P  42.31 
 
 
145 aa  79.7  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5080  ribonuclease P protein component  44.25 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.479331 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0080  ribonuclease P  44.12 
 
 
132 aa  78.6  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0312  ribonuclease P protein component  41.51 
 
 
145 aa  78.6  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1200  ribonuclease P protein component  42.59 
 
 
150 aa  77.8  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00390619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3615  ribonuclease P protein component  43.81 
 
 
106 aa  76.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.250922 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0006  ribonuclease P protein component  43.4 
 
 
240 aa  75.5  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0503027 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0096  ribonuclease P  40.38 
 
 
133 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0873  ribonuclease P protein component  47.31 
 
 
149 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0576  ribonuclease P protein component  42.2 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0081  ribonuclease P  40 
 
 
133 aa  72  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.284943 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0641  ribonuclease P protein component  42.73 
 
 
148 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244598  normal  0.489939 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0454  ribonuclease P  41.9 
 
 
129 aa  69.7  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0715455  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1047  ribonuclease P  42.16 
 
 
121 aa  68.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.012443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3327  ribonuclease P protein component  34.23 
 
 
227 aa  62.8  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.542591  normal  0.0367737 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3337  ribonuclease P protein  43.33 
 
 
174 aa  62.8  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1362  ribonuclease P  44.23 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0375  ribonuclease P  47.92 
 
 
120 aa  60.5  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.174091  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0356  ribonuclease P protein component  46.6 
 
 
116 aa  60.1  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.274871  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0332  ribonuclease P protein component  47.14 
 
 
129 aa  58.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10124  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0459  ribonuclease P protein component  35.71 
 
 
189 aa  59.3  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.751226 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1922  ribonuclease P protein component  46.67 
 
 
187 aa  57  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.239501  normal  0.549748 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3504  ribonuclease P protein component  43.86 
 
 
206 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2141  ribonuclease P protein component  36.7 
 
 
130 aa  55.8  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.154596 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2151  ribonuclease P protein component  44.78 
 
 
110 aa  55.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0300  ribonuclease P protein component  42.39 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2309  ribonuclease P protein component  46.22 
 
 
169 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.820892  normal  0.100774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2352  ribonuclease P protein component  47.83 
 
 
165 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.125747 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2631  ribonuclease P protein component  46.96 
 
 
165 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.88975  normal  0.0705179 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0857  ribonuclease P protein component  36.62 
 
 
113 aa  50.8  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0439  hypothetical protein  38.03 
 
 
119 aa  49.7  0.00001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00442765  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4151  ribonuclease P  33.03 
 
 
116 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4060  ribonuclease P  33.03 
 
 
116 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175953  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3595  ribonuclease P protein component  38.27 
 
 
124 aa  48.5  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.183825  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0219  ribonuclease P protein component  33.03 
 
 
154 aa  47  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1629  ribonuclease P protein component  31.78 
 
 
131 aa  47  0.00009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.315219  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4137  ribonuclease P protein component  29 
 
 
107 aa  46.6  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0213874  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23600  ribonuclease P protein component  34.33 
 
 
121 aa  46.2  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000731452  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0584  hypothetical protein  33.33 
 
 
119 aa  45.8  0.0002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000000877288  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3561  ribonuclease P  28.16 
 
 
121 aa  45.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4431  ribonuclease P  28.04 
 
 
113 aa  45.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3433  ribonuclease P  38.24 
 
 
116 aa  45.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000000048083  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2139  ribonuclease P protein component  39 
 
 
120 aa  43.9  0.0007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0100  ribonuclease P protein component  30.7 
 
 
121 aa  43.5  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3625  ribonuclease P protein component  33.65 
 
 
135 aa  43.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.284043  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0002  ribonuclease P  39.34 
 
 
115 aa  42.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00006762  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682  ribonuclease P protein component  34.25 
 
 
110 aa  42.7  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3644  ribonuclease P protein component  30.84 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00220014  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1943  ribonuclease P  30.23 
 
 
117 aa  42.4  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0018816  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3378  ribonuclease P protein component  34.18 
 
 
125 aa  42.7  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9055  ribonuclease P protein  37.84 
 
 
109 aa  42  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00175664  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4360  ribonuclease P protein component  39.53 
 
 
116 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13958  ribonuclease P  37.04 
 
 
125 aa  41.6  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1040  ribonuclease P protein component  34.52 
 
 
129 aa  41.6  0.003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000299838  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3215  ribonuclease P protein component  38.46 
 
 
114 aa  42  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31970  ribonuclease P protein component  37.33 
 
 
122 aa  41.2  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1790  ribonuclease P  30.39 
 
 
111 aa  41.6  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000276815  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4516  ribonuclease P protein component  45.1 
 
 
116 aa  41.2  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0890  ribonuclease P protein component  34 
 
 
180 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0029715 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5134  ribonuclease P  35.65 
 
 
119 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130238  normal  0.0222111 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4497  ribonuclease P protein component  46 
 
 
116 aa  41.2  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4027  ribonuclease P  27.88 
 
 
115 aa  41.2  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.246151  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2413  ribonuclease P  22.55 
 
 
116 aa  41.2  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000205817  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4151  ribonuclease P protein component  36.36 
 
 
108 aa  40.8  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747963  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5614  ribonuclease P  27.68 
 
 
115 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.234038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5674  ribonuclease P  26.13 
 
 
115 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0640013  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5321  ribonuclease P  27.03 
 
 
115 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.852432 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3759  ribonuclease P protein component  38.95 
 
 
130 aa  40.4  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0522  ribonuclease P protein  33.82 
 
 
79 aa  40.4  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5280  ribonuclease P  27.43 
 
 
115 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00507948  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>