60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2048 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2048  fec I like protein  100 
 
 
164 aa  334  2.9999999999999997e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1493  TOPRIM  100 
 
 
437 aa  65.1  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.268011  normal  0.0585011 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1963  hypothetical protein  100 
 
 
212 aa  63.9  0.0000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
222 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
222 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
222 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  42.03 
 
 
188 aa  55.1  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
218 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
222 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
222 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  42.35 
 
 
176 aa  54.7  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
223 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
223 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.63 
 
 
215 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
237 aa  53.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  30.61 
 
 
207 aa  52.4  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  33.33 
 
 
171 aa  49.7  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.02 
 
 
174 aa  49.7  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  33.93 
 
 
182 aa  48.5  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  33.7 
 
 
183 aa  48.1  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  36.36 
 
 
172 aa  46.2  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  28.57 
 
 
244 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  36.47 
 
 
169 aa  45.1  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.63 
 
 
201 aa  44.3  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4868  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.29 
 
 
237 aa  43.9  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.988869  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.77 
 
 
170 aa  43.9  0.0009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00872  extracytoplasmic function sigma factor transcription regulator protein  29.81 
 
 
194 aa  43.5  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.037032  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  30.38 
 
 
165 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.35 
 
 
173 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2774  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.14 
 
 
167 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2367  RNA polymerase factor sigma-70  29.73 
 
 
188 aa  42.4  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.29 
 
 
195 aa  42.4  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.74 
 
 
166 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1744  RNA polymerase factor sigma-70  33.9 
 
 
189 aa  42  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4954  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.48 
 
 
182 aa  42  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.35389  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  34.67 
 
 
214 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.41 
 
 
183 aa  42  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.53 
 
 
202 aa  42  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 
171 aa  42  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2245  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.35 
 
 
167 aa  41.6  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.487032  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3113  RNA polymerase factor sigma-70  33.33 
 
 
189 aa  41.6  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0105878  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2316  RNA polymerase factor sigma-70  38.33 
 
 
188 aa  41.6  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1768  RNA polymerase factor sigma-70  28.38 
 
 
188 aa  41.2  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1990  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32 
 
 
178 aa  41.2  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.730289  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1954  RNA polymerase factor sigma-70  28.38 
 
 
188 aa  41.2  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.69 
 
 
181 aa  41.2  0.007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  40 
 
 
189 aa  41.2  0.007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  31.51 
 
 
207 aa  40.8  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  42.86 
 
 
374 aa  40.8  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.57 
 
 
182 aa  40.8  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3321  RNA polymerase factor sigma-70  30.16 
 
 
188 aa  40.8  0.009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.39215  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  42.86 
 
 
374 aa  40.8  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.72 
 
 
176 aa  40.4  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
374 aa  40.4  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>