More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1772 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1772  peptidase M23B  100 
 
 
453 aa  899    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306427  decreased coverage  0.00457712 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1795  peptidase M23B  80.04 
 
 
449 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.792228  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2781  peptidase M23B  58.69 
 
 
478 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.705886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2522  peptidase M23B  58.93 
 
 
464 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158439  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2736  peptidase M23B  58.88 
 
 
474 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3178  Peptidase M23  57.23 
 
 
471 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130239  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4409  putative peptidoglycan-binding LysM  54.55 
 
 
484 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.35842 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1171  peptidase M23B  36.34 
 
 
509 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.816034  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4412  peptidase M23B  43.69 
 
 
447 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276526  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1691  Peptidase M23  36.27 
 
 
534 aa  200  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1493  Peptidase M23  36.64 
 
 
530 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.323244 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2662  lipoprotein  37.5 
 
 
538 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0792091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1800  peptidase M23B  41.47 
 
 
412 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0541473  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3033  peptidase M23B  36.66 
 
 
328 aa  189  9e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0884  M24/M37 family peptidase  41.87 
 
 
427 aa  187  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0888  M24/M37 family peptidase  41.87 
 
 
427 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1341  Peptidase M23  66.15 
 
 
417 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.734958 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2699  peptidase M23  63.38 
 
 
500 aa  183  5.0000000000000004e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.349979  normal  0.95229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6574  peptidase M23B  68.33 
 
 
501 aa  179  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189098  normal  0.018456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7396  Peptidase M23  68.33 
 
 
537 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128641  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4231  peptidase M23B  65.85 
 
 
451 aa  176  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4601  Peptidase M23  65.85 
 
 
455 aa  176  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0813649  normal  0.686442 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2270  peptidase M23  67.44 
 
 
494 aa  176  9e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0701101  normal  0.561142 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4750  Peptidase M23  65.85 
 
 
446 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.282212 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2339  peptidase M23B  41.77 
 
 
438 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1901  peptidase M23B  34.94 
 
 
323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.312919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0639  peptidase M23B  35.53 
 
 
394 aa  171  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00338923  normal  0.454095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  55.07 
 
 
465 aa  169  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3112  peptidase M23B  31.83 
 
 
633 aa  157  5.0000000000000005e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.233689 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0521  LysM/M23 peptidase  36.92 
 
 
397 aa  155  2e-36  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.939953  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2998  M23B family peptidase  34.96 
 
 
250 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.310031 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02698  Tetratricopeptide repeat transcriptional regulator  35.68 
 
 
251 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0827  Peptidase M23  35.68 
 
 
251 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3025  M23B family peptidase  35.68 
 
 
251 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00328229  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  38.93 
 
 
296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02660  hypothetical protein  35.68 
 
 
251 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0843  peptidase M23B  35.68 
 
 
251 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.325004  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  39.08 
 
 
295 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4155  peptidase, M23B family  35.83 
 
 
251 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0947828 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  39 
 
 
293 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3304  peptidase, M23B family  35.83 
 
 
251 aa  138  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  38.27 
 
 
297 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3190  M23B family peptidase  35.83 
 
 
251 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  38.82 
 
 
295 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0799  Peptidase M23  38.06 
 
 
294 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00788388  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  39 
 
 
284 aa  137  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3193  LysM domain/M23 peptidase domain protein  36.21 
 
 
250 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.561609  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  36.43 
 
 
285 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  32.09 
 
 
274 aa  134  5e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3206  YgeR  36.63 
 
 
250 aa  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.317836 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  35.82 
 
 
360 aa  133  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3272  hypothetical protein  36.63 
 
 
250 aa  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3373  hypothetical protein  36.63 
 
 
250 aa  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0752  peptidoglycan-binding peptidase M23B  36.3 
 
 
291 aa  133  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.897589  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  33.33 
 
 
249 aa  133  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0803  Peptidase M23  38.06 
 
 
292 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3268  hypothetical protein  35.8 
 
 
250 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  34.39 
 
 
310 aa  130  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  33.7 
 
 
270 aa  129  8.000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  35.27 
 
 
315 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  37.04 
 
 
311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  36.97 
 
 
261 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1429  putative lipoprotein  34.15 
 
 
279 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000184738  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  49.59 
 
 
298 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  49.59 
 
 
296 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  49.59 
 
 
296 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  49.59 
 
 
296 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  49.59 
 
 
296 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  46.32 
 
 
292 aa  127  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  49.59 
 
 
296 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  30.68 
 
 
377 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  49.59 
 
 
292 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  35.56 
 
 
312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  38.93 
 
 
296 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  38.93 
 
 
296 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  35.8 
 
 
262 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  30.12 
 
 
285 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  33.46 
 
 
374 aa  125  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  32.57 
 
 
328 aa  125  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  49.17 
 
 
292 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2345  peptidase M23B  29.85 
 
 
452 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000378681  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  35.41 
 
 
262 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1826  peptidase M23B  33.07 
 
 
264 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3306  peptidase M23B  33.33 
 
 
248 aa  124  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  31.32 
 
 
377 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  33.58 
 
 
379 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  31.32 
 
 
377 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  33.58 
 
 
379 aa  124  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  31.32 
 
 
377 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  31.32 
 
 
377 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  33.58 
 
 
363 aa  124  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  33.58 
 
 
379 aa  124  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  33.58 
 
 
379 aa  124  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  33.58 
 
 
379 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  47.93 
 
 
294 aa  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1123  peptidase M23B  32.27 
 
 
298 aa  123  6e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  34.73 
 
 
288 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1448  Peptidase M23  29.81 
 
 
509 aa  123  7e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000360423  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1059  peptidase M23B  33.33 
 
 
309 aa  123  8e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  33.2 
 
 
344 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>