180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0877 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0877  hypothetical protein  100 
 
 
185 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.704927  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4695  putative soluble lytic transglycosylase (SLT)  65.28 
 
 
768 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.122855 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1930  lytic transglycosylase  63.89 
 
 
735 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.898731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2890  lytic transglycosylase, catalytic  63.89 
 
 
747 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00446727  normal  0.0355503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2263  lytic transglycosylase, catalytic  63.89 
 
 
749 aa  102  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.501845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3035  lytic transglycosylase, catalytic  62.5 
 
 
747 aa  101  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.155974  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2697  Lytic transglycosylase catalytic  62.5 
 
 
745 aa  101  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0570177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2415  lytic transglycosylase, catalytic  61.97 
 
 
746 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00456435  normal  0.0304891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0698  lytic transglycosylase catalytic  63.38 
 
 
757 aa  94.7  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.385758  normal  0.091894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1889  lytic transglycosylase catalytic  58.33 
 
 
788 aa  92  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00793651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1483  Lytic transglycosylase catalytic  60 
 
 
760 aa  92  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3386  Lytic transglycosylase catalytic  56.94 
 
 
776 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3514  Lytic transglycosylase catalytic  56.94 
 
 
774 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3190  lytic transglycosylase catalytic  56.94 
 
 
774 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0988  Lytic transglycosylase catalytic  57.53 
 
 
691 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311649  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1431  soluble lytic transglycosylase  60.27 
 
 
709 aa  86.3  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0849  Lytic transglycosylase catalytic  64.29 
 
 
747 aa  86.3  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.943706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1584  lytic transglycosylase, catalytic  58.9 
 
 
686 aa  85.5  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0407879  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1871  lytic transglycosylase catalytic  64.29 
 
 
723 aa  84.3  8e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.292946  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1141  Lytic transglycosylase catalytic  56.16 
 
 
691 aa  84  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.486231  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0940  lytic transglycosylase, catalytic  54.79 
 
 
680 aa  83.6  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.48603  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0672  lytic transglycosylase catalytic  56.16 
 
 
685 aa  84  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.380192  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2861  lytic transglycosylase catalytic  54.39 
 
 
804 aa  82.8  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.343372 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0462  transglycosylase  50.68 
 
 
654 aa  81.3  0.000000000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.18202  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0881  putative soluble lytic transglycosylase  57.63 
 
 
653 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2541  lytic transglycosylase, catalytic  57.63 
 
 
677 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00863759  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0643  transglycosylase SLT domain-containing protein  53.62 
 
 
652 aa  80.5  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0149  lytic transglycosylase, catalytic  55.74 
 
 
655 aa  80.5  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0831767  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0125  lytic transglycosylase, catalytic  57.63 
 
 
680 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0638  soluble lytic murein transglycosylase  52.78 
 
 
685 aa  80.1  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.65587  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2642  lytic transglycosylase catalytic  52.17 
 
 
712 aa  79  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0034  lytic transglycosylase, catalytic  52.63 
 
 
649 aa  72.4  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1866  lytic transglycosylase, catalytic  53.33 
 
 
664 aa  71.2  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0705  lytic transglycosylase, catalytic  49.32 
 
 
716 aa  70.9  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451183  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0518  lytic transglycosylase, catalytic  58.82 
 
 
682 aa  70.1  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.936483 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1732  lytic transglycosylase, catalytic  47.46 
 
 
679 aa  69.3  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0596592 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1442  lytic transglycosylase, catalytic  47.46 
 
 
672 aa  68.2  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1909  lytic transglycosylase, catalytic  50.77 
 
 
677 aa  67.4  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.442257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3828  lytic transglycosylase catalytic  61.97 
 
 
772 aa  66.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0450856  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0177  Lytic transglycosylase catalytic  50.82 
 
 
673 aa  66.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0429292  normal  0.082648 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0150  putative lytic transglycosylase catalytic  44.93 
 
 
649 aa  66.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.862262  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3087  lytic transglycosylase catalytic  39.73 
 
 
726 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522258  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  44 
 
 
374 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1473  lytic transglycosylase, catalytic  34.45 
 
 
663 aa  56.6  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.985261  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0924  lytic transglycosylase, catalytic  44.44 
 
 
663 aa  53.1  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1088  lytic transglycosylase, catalytic  28.76 
 
 
653 aa  52  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3877  lytic transglycosylase catalytic  45.65 
 
 
898 aa  52  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2602  lytic transglycosylase catalytic protein  39.68 
 
 
709 aa  52  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.178637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0702  Lytic transglycosylase catalytic  31.91 
 
 
647 aa  51.6  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3295  putative transglycosylase  38.57 
 
 
678 aa  51.6  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.193265  normal  0.142457 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1874  lytic transglycosylase, catalytic  48.15 
 
 
706 aa  51.2  0.000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.331721  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1624  Lytic transglycosylase catalytic  38.1 
 
 
709 aa  50.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2285  Lytic transglycosylase catalytic  37.68 
 
 
641 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014604  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0652  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
707 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2111  lytic transglycosylase, catalytic  43.64 
 
 
641 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.396511  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1863  lytic transglycosylase, catalytic  43.64 
 
 
641 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.646597  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4203  lytic transglycosylase, catalytic  37.14 
 
 
660 aa  50.4  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0509  lytic transglycosylase, catalytic  32.14 
 
 
657 aa  49.7  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558632 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2100  lytic transglycosylase catalytic  37.68 
 
 
641 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.254828  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4559  hypothetical protein  37.68 
 
 
641 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2273  lytic transglycosylase catalytic  37.68 
 
 
641 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2053  lytic transglycosylase catalytic  37.68 
 
 
641 aa  50.1  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00204351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2236  lytic transglycosylase, catalytic  41.82 
 
 
641 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0654901  normal  0.264875 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0525  Lytic transglycosylase catalytic  32.14 
 
 
657 aa  49.3  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1065  Lytic transglycosylase catalytic  39.66 
 
 
698 aa  48.9  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0658  soluble lytic murein transglycosylase precursor  46.3 
 
 
644 aa  48.9  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1262  lytic transglycosylase catalytic  40.32 
 
 
659 aa  48.5  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2040  soluble lytic murein transglycosylase, putative  40 
 
 
641 aa  48.5  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2046  lytic transglycosylase, catalytic  48.15 
 
 
735 aa  48.5  0.00006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.490447  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2700  lytic transglycosylase, catalytic  41.51 
 
 
715 aa  48.1  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.232237  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1765  soluble lytic murein transglycosylase  48.15 
 
 
739 aa  48.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25000  putative soluble lytic transglycosylase  46.15 
 
 
642 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.805924  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2138  putative soluble lytic transglycosylase  46.15 
 
 
642 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2854  Lytic transglycosylase catalytic  46.55 
 
 
724 aa  47  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2131  soluble lytic transglycosylase  41.07 
 
 
690 aa  47.8  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2415  lytic transglycosylase catalytic  34.33 
 
 
643 aa  47.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.853717  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0276  soluble lytic transglycosylase  42.86 
 
 
681 aa  47  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14150  soluble lytic murein transglycosylase  41.67 
 
 
643 aa  46.2  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2105  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
641 aa  46.6  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.828929  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2621  lytic transglycosylase catalytic  36.67 
 
 
650 aa  46.6  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.327163  normal  0.230885 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2410  Lytic transglycosylase catalytic  47.27 
 
 
730 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4132  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
642 aa  46.2  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2362  SLT domain-containing protein  39.66 
 
 
654 aa  46.2  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.292833 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3701  Lytic transglycosylase catalytic  47.27 
 
 
730 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.236251  normal  0.218254 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2092  lytic transglycosylase, catalytic  41.38 
 
 
720 aa  46.2  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.467729 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2529  lytic transglycosylase, catalytic  36.36 
 
 
642 aa  46.2  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1895  soluble lytic murein transglycosylase, putative  36.23 
 
 
638 aa  46.2  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88018  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0527  lytic transglycosylase, catalytic  29.5 
 
 
693 aa  45.8  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.379018 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4220  Lytic transglycosylase catalytic  43.1 
 
 
735 aa  45.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.11012 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0553  lytic murein transglycosylase  44.44 
 
 
645 aa  46.2  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1575  lytic transglycosylase, catalytic  42.03 
 
 
660 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.642421 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4098  lytic transglycosylase, catalytic  39.66 
 
 
590 aa  46.2  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0011  putative soluble lytic murein transglycosylase  41.82 
 
 
643 aa  45.8  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868574  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1979  lytic transglycosylase, catalytic  36.67 
 
 
649 aa  45.8  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.99613 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3605  Lytic transglycosylase catalytic  43.4 
 
 
645 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4940  lytic murein transglycosylase  43.4 
 
 
645 aa  45.4  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.183926  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3664  lytic murein transglycosylase  43.4 
 
 
645 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4991  lytic murein transglycosylase  43.4 
 
 
645 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5907  lytic murein transglycosylase  43.4 
 
 
645 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4943  lytic murein transglycosylase  43.4 
 
 
645 aa  45.1  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.996707 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>