298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0058 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10740  tRNA-Gly  92.21 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.0089339  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10770  tRNA-Gly  91.89 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.029864  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0044  tRNA-Gly  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0908576 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00031  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000457185  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00081  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000257411  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00082  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000239785  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0084  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  6.413230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t32  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t34  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.286762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t35  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t61  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.58231  normal  0.0299254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0042  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t21  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0024  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000696404  hitchhiker  0.000000493359 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  93.1 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  93.1 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0031  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672665  normal  0.623556 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  93.1 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R50  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R61  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R63  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R65  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0075  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000219757  hitchhiker  0.00000000043748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0045  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0905677 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  93.1 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  93.1 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0023  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000537949 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0055  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00145932  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0048  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0352694  hitchhiker  0.000658137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4723  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.032e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0706  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583224  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0707  tRNA-Gly  93.1 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0600854  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2055  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000108601  hitchhiker  0.000600208 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2337  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0125428  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27610  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0782148  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27620  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0363861  decreased coverage  0.00144796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30680  tRNA-Gly  93.1 
 
 
73 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00819815  hitchhiker  0.00300406 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5109  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5111  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000015095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5110  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0029  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0432235  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0051  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000228053  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0048  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000507488  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0077  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.707613  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0078  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67777  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0022  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0012  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000103528  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0013  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000958382  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>