249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3996 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3996  major facilitator transporter  100 
 
 
443 aa  850    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.14105  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0388  major facilitator transporter  56.75 
 
 
497 aa  412  1e-114  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.991466  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0459  major facilitator transporter  57.44 
 
 
481 aa  388  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150974 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22670  Na+/melibiose symporter-like transporter  51.72 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3770  major facilitator superfamily MFS_1  57.18 
 
 
420 aa  358  9.999999999999999e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00377745  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8054  Na+/melibiose symporter and related transporter- like protein  42.76 
 
 
460 aa  316  4e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0444125  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2816  major facilitator superfamily protein  43.72 
 
 
459 aa  311  1e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3372  major facilitator superfamily MFS_1  46.24 
 
 
457 aa  310  2e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0546081  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1647  major facilitator superfamily MFS_1  43.75 
 
 
495 aa  308  1.0000000000000001e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.187163  hitchhiker  0.001175 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0272  major facilitator superfamily MFS_1  40.18 
 
 
474 aa  260  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3962  major facilitator superfamily MFS_1  44.82 
 
 
455 aa  247  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3419  Na+/melibiose symporter and related transporter- like protein  43.4 
 
 
456 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.860481 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.61 
 
 
476 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1406  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  28.01 
 
 
471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3858  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.63 
 
 
469 aa  134  3.9999999999999996e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.784369  normal  0.0678057 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3583  galactoside symporter  26.13 
 
 
475 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2095  GPH family sugar transporter  28.01 
 
 
442 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0290  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.1 
 
 
472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000222424  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0576  GPH family sugar transporter  27.97 
 
 
455 aa  127  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3190  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.58 
 
 
460 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.712372 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2906  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.24 
 
 
460 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0571  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.23 
 
 
457 aa  122  9e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.74034  normal  0.0218606 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13771  GPH family sugar transporter  26.35 
 
 
472 aa  120  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.66133  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3387  major facilitator superfamily MFS_1  25.81 
 
 
475 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0724765 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2191  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  25 
 
 
445 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2706  hypothetical protein  27.89 
 
 
625 aa  114  4.0000000000000004e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0353  major facilitator transporter  29.36 
 
 
464 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.939472  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1614  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.23 
 
 
448 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329184  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05681  GPH family sugar transporter  27.41 
 
 
480 aa  106  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1071  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  24.31 
 
 
445 aa  104  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.45 
 
 
460 aa  103  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0269  major facilitator transporter  26.27 
 
 
506 aa  103  8e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41542  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  24.6 
 
 
459 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1619  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  26.8 
 
 
436 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  23.39 
 
 
443 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2505  putative symporter YagG  21.58 
 
 
442 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  23.8 
 
 
442 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3075  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  24.09 
 
 
482 aa  97.1  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.818183  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2697  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  28.09 
 
 
465 aa  96.7  7e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.296513 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0726  major facilitator transporter  27.87 
 
 
468 aa  96.3  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  22.05 
 
 
465 aa  96.3  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.48 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.15 
 
 
471 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  21.54 
 
 
463 aa  95.5  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1070  major facilitator transporter  26.07 
 
 
471 aa  95.5  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  25.73 
 
 
443 aa  92.8  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0894  putative GPH family sugar transporter  23.56 
 
 
451 aa  92  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.351001  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17501  GPH family sugar transporter  23.78 
 
 
467 aa  92  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.276796  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.85 
 
 
465 aa  91.3  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3120  major facilitator transporter  23.26 
 
 
472 aa  90.9  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.448872  normal  0.243798 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.95 
 
 
477 aa  90.1  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2719  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.98 
 
 
443 aa  89.7  9e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0761738  normal  0.0687051 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.49 
 
 
478 aa  89  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0575  major facilitator transporter  26.12 
 
 
461 aa  89.4  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03515  predicted transporter  23.6 
 
 
460 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.371706  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03467  hypothetical protein  23.6 
 
 
460 aa  88.6  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2105  sodium:galactoside symporter family protein  21.92 
 
 
443 aa  89  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.366774  normal  0.477059 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.62 
 
 
472 aa  88.2  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2069  major facilitator superfamily MFS_1  27.48 
 
 
432 aa  89  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.350858  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.35 
 
 
478 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  23.67 
 
 
461 aa  87.8  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.32 
 
 
484 aa  87.8  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.738547  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  23.6 
 
 
479 aa  87.8  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1144  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.74 
 
 
468 aa  87  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5030  putative transporter  23.37 
 
 
460 aa  87  7e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  23.37 
 
 
460 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14841  GPH family sugar transporter  23.68 
 
 
449 aa  86.3  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.38 
 
 
466 aa  86.3  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0048  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.37 
 
 
460 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  23.32 
 
 
479 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0054  putative transporter  23.37 
 
 
460 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  23.32 
 
 
479 aa  85.1  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.39 
 
 
480 aa  85.1  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2614  major facilitator transporter  26.1 
 
 
463 aa  83.6  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.106443  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4221  major facilitator transporter  25.46 
 
 
472 aa  83.6  0.000000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.218171  normal  0.657626 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.2 
 
 
442 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3149  major facilitator superfamily MFS_1  26.79 
 
 
460 aa  83.2  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1387  major facilitator superfamily transport protein  23.74 
 
 
468 aa  83.2  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0294045  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.24 
 
 
475 aa  83.2  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.94 
 
 
441 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3957  putative transporter  22.85 
 
 
460 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0070  putative transporter  22.43 
 
 
464 aa  82  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.602143  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4076  putative transporter  22.85 
 
 
460 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3967  putative transporter  22.85 
 
 
460 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.286007  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4030  putative transporter  22.85 
 
 
460 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2315  hypothetical protein  25.81 
 
 
511 aa  80.5  0.00000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.276879  normal  0.0219591 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.11 
 
 
442 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.72 
 
 
441 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4311  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.52 
 
 
444 aa  80.1  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4463  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.52 
 
 
444 aa  80.1  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15231  GPH family sugar transporter  24.41 
 
 
448 aa  80.1  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4396  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.52 
 
 
444 aa  80.1  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15091  GPH family sugar transporter  24.37 
 
 
448 aa  80.1  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  25.23 
 
 
462 aa  80.1  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4282  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.52 
 
 
444 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.368763  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1019  major facilitator transporter  24.49 
 
 
500 aa  79.3  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.52 
 
 
444 aa  79  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1421  GPH family sugar transporter  24.34 
 
 
448 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.52 
 
 
444 aa  79  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0789  glucuronide transporter  27.17 
 
 
469 aa  79  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>