More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2084 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_2084  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
230 aa  452  1.0000000000000001e-126  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11692  transcriptional regulator  46.05 
 
 
244 aa  196  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.476097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
226 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
227 aa  71.2  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 
226 aa  71.6  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09560  cAMP-binding protein  31.71 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.348668  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.37 
 
 
234 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
245 aa  68.9  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1838  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.02 
 
 
225 aa  68.6  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0983527  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
229 aa  67.8  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  27.72 
 
 
226 aa  67  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.97 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5062  cyclic nucleotide-binding  28.06 
 
 
254 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.319018  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.12 
 
 
224 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.63 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.63 
 
 
243 aa  65.9  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20120  cAMP-binding protein  27.06 
 
 
223 aa  65.5  0.0000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00290987  normal  0.0142715 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2638  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.09 
 
 
222 aa  65.1  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
218 aa  65.1  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0916  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.79 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  27.88 
 
 
266 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 
225 aa  64.3  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.58 
 
 
219 aa  62.4  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.08 
 
 
225 aa  62.8  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.14 
 
 
226 aa  62.4  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
225 aa  62  0.000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
225 aa  62  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
235 aa  62  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.87 
 
 
236 aa  61.6  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0394  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.39 
 
 
237 aa  61.6  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25.93 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 
226 aa  60.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 
260 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25.93 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.19 
 
 
226 aa  60.8  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25.93 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4243  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.11 
 
 
305 aa  60.5  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.286118 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 
225 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
222 aa  60.8  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  28.19 
 
 
228 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1045  Crp-like transcriptional regulator  27 
 
 
229 aa  60.5  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000241394  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25.93 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  23.15 
 
 
243 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  27.66 
 
 
228 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  25.12 
 
 
224 aa  59.7  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
235 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
224 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0691  cyclic nucleotide-binding protein  24.19 
 
 
212 aa  59.7  0.00000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.19 
 
 
228 aa  59.7  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.47 
 
 
218 aa  59.7  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1550  protein YieJ  25.4 
 
 
212 aa  59.7  0.00000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.95 
 
 
223 aa  59.7  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
220 aa  59.3  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1232  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
235 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
235 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.9 
 
 
229 aa  59.7  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.17 
 
 
242 aa  59.3  0.00000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0060  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.72 
 
 
384 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A06  Crp-like transcriptional regulator  24.23 
 
 
230 aa  59.3  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.42 
 
 
230 aa  58.9  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 
225 aa  58.5  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.4 
 
 
224 aa  58.5  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3385  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.23 
 
 
384 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  26.87 
 
 
231 aa  58.5  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
223 aa  58.2  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.47 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.47 
 
 
236 aa  58.2  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.05 
 
 
239 aa  58.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
227 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.33 
 
 
225 aa  57  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.42 
 
 
225 aa  57  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.82 
 
 
222 aa  57.4  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3150  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
252 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.57 
 
 
225 aa  56.6  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.65 
 
 
225 aa  56.6  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  25.26 
 
 
221 aa  56.2  0.0000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4309  cyclic nucleotide-binding  29.32 
 
 
232 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.84 
 
 
236 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  23.32 
 
 
236 aa  55.8  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0236133  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
231 aa  55.5  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  24.74 
 
 
229 aa  55.1  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3141  cyclic nucleotide-binding protein  25.13 
 
 
249 aa  55.1  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0400922  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.56 
 
 
228 aa  54.7  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.34 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.57 
 
 
231 aa  54.7  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  26.27 
 
 
222 aa  54.3  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  25.13 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
240 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  20.57 
 
 
231 aa  54.7  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0859  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
234 aa  54.7  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0477074 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.96 
 
 
226 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
235 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.01 
 
 
253 aa  53.9  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0436  transcription regulator  23.12 
 
 
214 aa  53.9  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0316636  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0528  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
244 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>