102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1938 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1938  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like  100 
 
 		 593 aa  1174    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.154413  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0010  WD40 domain-containing protein  31.78 
 
 		 560 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348529  normal  0.0411544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1878  hypothetical protein  30.81 
 
 		 635 aa  99.8  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154844  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3116  WD40 domain-containing protein  26.4 
 
 		 544 aa  65.9  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000226644  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  26.94 
 
 		 442 aa  63.2  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3117  WD40 domain-containing protein  28.21 
 
 		 548 aa  63.2  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000028868  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  29.65 
 
 		 442 aa  60.8  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  25 
 
 		 442 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  25 
 
 		 442 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  25 
 
 		 442 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  25.85 
 
 		 442 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  25 
 
 		 442 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0262  translocation protein TolB  28.83 
 
 		 434 aa  59.3  0.0000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000248265  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0659  TolB-like protein  25.56 
 
 		 434 aa  58.5  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.481566  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2019  TolB  26.79 
 
 		 440 aa  58.5  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0175  TolB protein  26.79 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.313268  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2975  TolB protein  30.71 
 
 		 443 aa  57.8  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.508751  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4129  WD40 domain-containing protein  26.2 
 
 		 572 aa  57.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000900599 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  27.76 
 
 		 1042 aa  57  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  24.77 
 
 		 442 aa  56.6  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  25.97 
 
 		 442 aa  57  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0694  TolB domain protein  24.92 
 
 		 434 aa  57  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  24.12 
 
 		 441 aa  56.2  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  23.12 
 
 		 567 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  26.13 
 
 		 440 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0693  TolB domain protein  24.92 
 
 		 434 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.180783  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  29.09 
 
 		 1040 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0747  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  30.6 
 
 		 444 aa  55.5  0.000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000257607  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0614  TolB protein, putative  25.45 
 
 		 449 aa  55.1  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00377452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0068  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  28.78 
 
 		 422 aa  55.1  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0067  tol-pal system beta propeller repeat protein TolB  28.78 
 
 		 422 aa  55.1  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  25.68 
 
 		 442 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  25.68 
 
 		 442 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  25.44 
 
 		 442 aa  54.3  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  27.73 
 
 		 1042 aa  53.9  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1853  translocation protein TolB  34.51 
 
 		 428 aa  53.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2952  peptidase S9 prolyl oligopeptidase  26.34 
 
 		 695 aa  53.5  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.232589 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1857  translocation protein TolB  23.25 
 
 		 442 aa  53.5  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00113428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  27.64 
 
 		 717 aa  52.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  25.47 
 
 		 442 aa  52.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1910  TolB protein, putative  28.02 
 
 		 440 aa  52  0.00003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  26.07 
 
 		 1090 aa  52  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  25.47 
 
 		 442 aa  52  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6131  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  25.93 
 
 		 667 aa  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  25.24 
 
 		 435 aa  51.6  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2161  WD40 domain protein beta Propeller  24.58 
 
 		 440 aa  50.8  0.00006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000041437  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0750  WD40 domain protein beta Propeller  27.27 
 
 		 441 aa  50.8  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000257042  normal  0.0548288 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4589  Periplasmic component of the Tol biopolymer transport system-like protein  25 
 
 		 305 aa  50.8  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.519629  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1133  TolB-like  27.1 
 
 		 430 aa  50.4  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0859  WD40 domain-containing protein  25.4 
 
 		 442 aa  50.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.318178  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1711  WD40 domain protein beta Propeller  25.76 
 
 		 444 aa  50.1  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000750977  decreased coverage  0.0000915698 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1708  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  23.46 
 
 		 652 aa  50.1  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.948007 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02818  conserved hypothetical protein  20.68 
 
 		 679 aa  49.3  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1222  translocation protein TolB  29.23 
 
 		 433 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  32.33 
 
 		 424 aa  49.7  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1312  TolB domain-containing protein  21.85 
 
 		 413 aa  49.7  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1385  hypothetical protein  22.32 
 
 		 656 aa  49.7  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  33.8 
 
 		 434 aa  49.7  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4402  translocation protein TolB  28.03 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1251  translocation protein TolB  29.23 
 
 		 423 aa  49.7  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0936092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4196  translocation protein TolB  28.72 
 
 		 423 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3470  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  26.42 
 
 		 430 aa  49.3  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0247936  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  28.81 
 
 		 450 aa  48.9  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0467  TolB domain-containing protein  28.37 
 
 		 450 aa  48.5  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.84052  normal  0.495381 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2194  translocation protein TolB  27.04 
 
 		 432 aa  48.5  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246481  normal  0.294233 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  24.62 
 
 		 435 aa  48.9  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  24.33 
 
 		 969 aa  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0629  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  24.5 
 
 		 1028 aa  48.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2883  transcriptional regulator domain-containing protein  22.86 
 
 		 716 aa  48.1  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.011265  hitchhiker  0.0000000742237 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  24.81 
 
 		 441 aa  47.8  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4532  serine/threonine protein kinase  24.88 
 
 		 642 aa  48.1  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000271647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1730  WD40 domain protein beta Propeller  29.41 
 
 		 982 aa  48.1  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.16258  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2262  hypothetical protein  32.91 
 
 		 358 aa  47.8  0.0005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000000146725  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  25.36 
 
 		 1082 aa  47.8  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3993  translocation protein TolB  28.21 
 
 		 423 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.213865  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0724  prolyl oligopeptidase family protein  28.03 
 
 		 648 aa  47.4  0.0007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.866947 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0392  WD40-like beta propeller protein  24.37 
 
 		 354 aa  46.6  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  24.56 
 
 		 1014 aa  46.6  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0977  WD40 domain-containing protein  26.87 
 
 		 316 aa  46.6  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3925  WD40 domain protein beta Propeller  23.49 
 
 		 647 aa  46.6  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.329588  normal  0.518781 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0591  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.47 
 
 		 675 aa  46.6  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  25.74 
 
 		 1005 aa  47  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1253  TolB periplasmic receptor  27.4 
 
 		 430 aa  46.2  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0142198  normal  0.831456 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3540  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.5 
 
 		 429 aa  45.8  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000000050948  normal  1 
 
 
 
NC_008340  Mlg_2397  WD40 domain-containing protein  24.51 
 
 		 352 aa  45.8  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000884296 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0703  TolB domain-containing protein  25.3 
 
 		 437 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.408363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  25.53 
 
 		 451 aa  46.2  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.97 
 
 		 428 aa  46.2  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1611  hypothetical protein  21.46 
 
 		 656 aa  45.4  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3933  WD-40-like beta propeller repeat-containing protein  25.35 
 
 		 298 aa  45.1  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.560245 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01564  translocation protein TolB  26.52 
 
 		 439 aa  45.4  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188797  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  30.28 
 
 		 439 aa  45.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36640  translocation protein TolB  27.27 
 
 		 430 aa  45.4  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239695  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1277  translocation protein TolB  28.37 
 
 		 432 aa  45.1  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154906  normal  0.476044 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1429  translocation protein TolB  29.1 
 
 		 450 aa  45.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000134537  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  24.64 
 
 		 430 aa  44.7  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.12 
 
 		 1059 aa  44.7  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2568  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  24.54 
 
 		 766 aa  44.7  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.169893  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  22.09 
 
 		 451 aa  44.3  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1655  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  28.08 
 
 		 692 aa  43.9  0.008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>