More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1272 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_1272  SsrA-binding protein  100 
 
 
159 aa  322  2e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352347  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3721  SsrA-binding protein  70.59 
 
 
154 aa  226  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.516097  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0801  SsrA-binding protein  69.62 
 
 
159 aa  225  2e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1728  SsrA-binding protein  69.23 
 
 
159 aa  224  4e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1455  SmpB protein  71.33 
 
 
155 aa  222  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2476  SsrA-binding protein  70.2 
 
 
160 aa  219  9.999999999999999e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1236  SsrA-binding protein  68.59 
 
 
158 aa  219  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114649  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3779  SsrA-binding protein  69.28 
 
 
156 aa  217  5e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.735326 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1247  SsrA-binding protein  70.39 
 
 
158 aa  216  1e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0795  SsrA-binding protein  65.81 
 
 
160 aa  213  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.387755  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0947  SsrA-binding protein  66.67 
 
 
161 aa  213  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4003  SsrA-binding protein  67.74 
 
 
162 aa  212  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0984  SsrA-binding protein  66.04 
 
 
159 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.458725  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0920  SsrA-binding protein  65.41 
 
 
159 aa  211  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624021  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1038  SsrA-binding protein  70.07 
 
 
177 aa  210  4.9999999999999996e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.102132  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5790  SsrA-binding protein  72.44 
 
 
158 aa  209  1e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.84107  normal  0.636421 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1869  SsrA-binding protein  63.52 
 
 
159 aa  206  1e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315571  normal  0.12343 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3451  SsrA-binding protein  61.78 
 
 
157 aa  204  3e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07720  SsrA-binding protein  60.76 
 
 
160 aa  203  9e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2766  SsrA-binding protein  66.9 
 
 
177 aa  202  1e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.277216 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3020  SsrA-binding protein  61.15 
 
 
159 aa  202  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.631512  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25160  SsrA-binding protein  65.99 
 
 
176 aa  202  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0938  SsrA-binding protein  66.23 
 
 
158 aa  199  1.9999999999999998e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0538951  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1409  SsrA-binding protein  66.67 
 
 
161 aa  196  9e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000709702  normal  0.191273 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0867  SsrA-binding protein  66.89 
 
 
176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.609087  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1679  SsrA-binding protein  59.09 
 
 
167 aa  195  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00257797  normal  0.468754 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10450  SsrA-binding protein  65.75 
 
 
167 aa  193  9e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.668094  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1916  SsrA-binding protein  56.77 
 
 
165 aa  189  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0329726  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2397  SsrA-binding protein  63.95 
 
 
158 aa  186  9e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.013671 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1613  SsrA-binding protein  56.41 
 
 
168 aa  184  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1584  SsrA-binding protein  56.41 
 
 
168 aa  184  4e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2662  SsrA-binding protein  59.62 
 
 
156 aa  184  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0252069  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1638  SsrA-binding protein  56.41 
 
 
168 aa  184  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.223466  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1493  SsrA-binding protein  61.22 
 
 
150 aa  183  8e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0661081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4446  SsrA-binding protein  55.13 
 
 
165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13117  SsrA-binding protein  55.92 
 
 
160 aa  181  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1069  SsrA-binding protein  64.34 
 
 
165 aa  180  8.000000000000001e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.439427 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20300  SsrA-binding protein  58.62 
 
 
168 aa  173  7e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.493678  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3124  SsrA-binding protein  56.13 
 
 
155 aa  170  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07630  SsrA-binding protein  61.18 
 
 
171 aa  169  1e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0748  SsrA-binding protein  53.85 
 
 
157 aa  169  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.107528  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0256  SsrA-binding protein  55.33 
 
 
153 aa  165  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00851918  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3929  SsrA-binding protein  54.05 
 
 
152 aa  164  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000169272  normal  0.790907 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2954  SsrA-binding protein  54.19 
 
 
155 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000670079  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1314  SsrA-binding protein  55.86 
 
 
152 aa  163  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00672101  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5277  SsrA-binding protein  54.19 
 
 
155 aa  160  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000417052  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5231  SsrA-binding protein  54.19 
 
 
155 aa  160  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3316  SsrA-binding protein  50.33 
 
 
154 aa  160  5.0000000000000005e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959276  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2748  SsrA-binding protein  52.26 
 
 
154 aa  160  5.0000000000000005e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000119247  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1253  SsrA-binding protein  51.3 
 
 
157 aa  160  6e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0395  SsrA-binding protein  53.38 
 
 
157 aa  160  7e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5242  SsrA-binding protein  54.19 
 
 
155 aa  159  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.275752  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0806  SsrA-binding protein  55.1 
 
 
151 aa  159  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.747303  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0002  SsrA-binding protein  56.55 
 
 
155 aa  158  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.185549  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3008  SsrA-binding protein  51.32 
 
 
159 aa  159  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1646  SsrA-binding protein  52.98 
 
 
172 aa  159  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.281559  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1092  SsrA-binding protein  53.38 
 
 
152 aa  158  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1709  SsrA-binding protein  53.79 
 
 
153 aa  157  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0149731  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15720  SsrA-binding protein  50 
 
 
155 aa  157  5e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000205152  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4955  SsrA-binding protein  52.9 
 
 
155 aa  157  8e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000570818  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4806  SsrA-binding protein  52.9 
 
 
155 aa  157  8e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000144098  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4817  SsrA-binding protein  52.9 
 
 
155 aa  157  8e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561916  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5332  SsrA-binding protein  52.9 
 
 
155 aa  157  8e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000321328  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5212  SsrA-binding protein  52.9 
 
 
155 aa  157  8e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3672  SsrA-binding protein  52.26 
 
 
155 aa  156  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.35402  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4920  SsrA-binding protein  55.17 
 
 
155 aa  156  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00075072  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0691  SsrA-binding protein  51.32 
 
 
161 aa  155  3e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2083  SsrA-binding protein  53.42 
 
 
151 aa  155  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1354  SsrA-binding protein  53.38 
 
 
156 aa  154  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000258997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0275  SsrA-binding protein  51.68 
 
 
155 aa  154  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000343962  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4712  SsrA-binding protein  50.68 
 
 
156 aa  154  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000106723  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2697  SsrA-binding protein  50 
 
 
162 aa  154  6e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2689  SsrA-binding protein  55.8 
 
 
151 aa  153  7e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.322401  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4350  SsrA-binding protein  52.26 
 
 
158 aa  153  8e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08512  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0771  SsrA-binding protein  49.32 
 
 
161 aa  153  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0749395  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1351  SsrA-binding protein  54.68 
 
 
153 aa  152  1e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0189  SsrA-binding protein  52.35 
 
 
158 aa  152  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000399646  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09100  SsrA-binding protein  50.67 
 
 
155 aa  152  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.971292  normal  0.0787138 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1824  SsrA-binding protein  52.05 
 
 
150 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000470623  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2984  SsrA-binding protein  48.37 
 
 
161 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000114855  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2865  SsrA-binding protein  50.68 
 
 
154 aa  151  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000473081  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1883  SsrA-binding protein  48.1 
 
 
155 aa  151  4e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.254908  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0451  SsrA-binding protein  47.74 
 
 
156 aa  149  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1088  SsrA-binding protein  50.67 
 
 
155 aa  150  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.469803  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0647  SsrA-binding protein  53.19 
 
 
158 aa  149  2e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2876  SsrA-binding protein  50.66 
 
 
153 aa  149  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2342  SsrA-binding protein  50.33 
 
 
156 aa  149  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0903697 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1464  SsrA-binding protein  47.95 
 
 
154 aa  148  3e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1272  SsrA-binding protein  49.67 
 
 
161 aa  147  4e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2045  SsrA-binding protein  52.6 
 
 
155 aa  147  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.524843 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1965  SsrA-binding protein  51.02 
 
 
155 aa  147  4e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0641  SsrA-binding protein  53.19 
 
 
158 aa  147  5e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1481  SsrA-binding protein  50 
 
 
155 aa  147  8e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.618224  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0502  SsrA-binding protein  47.71 
 
 
153 aa  146  9e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.237827 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2640  SsrA-binding protein  52.14 
 
 
158 aa  147  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.506414  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0990  SsrA-binding protein  53.24 
 
 
159 aa  146  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.910775  normal  0.605905 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0806  SsrA-binding protein  48.63 
 
 
154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0822  SsrA-binding protein  48.63 
 
 
154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1434  SsrA-binding protein  51.8 
 
 
158 aa  146  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0348  SsrA-binding protein  49.66 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>