74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0382 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_29550  L-arabinose isomerase  67 
 
 		 502 aa  647    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2753  L-arabinose isomerase  65.53 
 
 		 502 aa  671    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0767064  decreased coverage  0.00000377093 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0244  L-arabinose isomerase  71.86 
 
 		 501 aa  699    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0381  L-arabinose isomerase  64.79 
 
 		 506 aa  660    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06960  L-arabinose isomerase  66.4 
 
 		 502 aa  684    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4713  L-arabinose isomerase  72.06 
 
 		 497 aa  692    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3272  L-arabinose isomerase  70.65 
 
 		 515 aa  704    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0251873 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0224  L-arabinose isomerase  65.12 
 
 		 511 aa  647    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1863  L-arabinose isomerase  69.23 
 
 		 502 aa  721    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0382  L-arabinose isomerase  100 
 
 		 502 aa  1012    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0498  L-arabinose isomerase  64.37 
 
 		 502 aa  659    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.730829  normal  0.520823 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6217  L-arabinose isomerase  73.94 
 
 		 493 aa  733    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.620258 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2397  L-arabinose isomerase  57.84 
 
 		 496 aa  627  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0873  L-arabinose isomerase  63.87 
 
 		 501 aa  624  1e-177  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0403  L-arabinose isomerase  65.45 
 
 		 503 aa  622  1e-177  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1238  L-arabinose isomerase  57.64 
 
 		 496 aa  623  1e-177  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.112661 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0326  L-arabinose isomerase  60.57 
 
 		 500 aa  618  1e-176  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.562727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3996  L-arabinose isomerase  57.52 
 
 		 501 aa  607  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0451143  normal  0.502282 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3664  L-arabinose isomerase  58.27 
 
 		 501 aa  603  1.0000000000000001e-171  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2897  L-arabinose isomerase  60.25 
 
 		 494 aa  600  1e-170  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.629446  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1382  L-arabinose isomerase  59.27 
 
 		 504 aa  600  1e-170  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.326225  normal  0.788134 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2734  L-arabinose isomerase  57.67 
 
 		 496 aa  593  1e-168  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1154  L-arabinose isomerase  58.47 
 
 		 495 aa  588  1e-167  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.77803  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2243  L-arabinose isomerase  56.01 
 
 		 501 aa  580  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000390243 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2001  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 		 500 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1887  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 		 500 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.45012  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2259  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 		 500 aa  560  1e-158  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1121  L-arabinose isomerase  53.25 
 
 		 502 aa  557  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0113  L-arabinose isomerase  52.42 
 
 		 500 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3537  L-arabinose isomerase  52.44 
 
 		 500 aa  552  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2731  L-arabinose isomerase  53.36 
 
 		 496 aa  554  1e-156  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.746734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0609  L-arabinose isomerase  53.05 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal  0.159934 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2151  L-arabinose isomerase  53.14 
 
 		 503 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00063  hypothetical protein  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1914  L-arabinose isomerase  54.36 
 
 		 502 aa  554  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0066  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0064  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0849875  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0067  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3595  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000176548 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0064  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203815  normal  0.780498 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0109  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.309204 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0108  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0113  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.198158 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0106  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00064  L-arabinose isomerase  52.64 
 
 		 500 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2327  L-arabinose isomerase  51.51 
 
 		 501 aa  548  1e-155  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.305098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0054  L-arabinose isomerase  52.44 
 
 		 500 aa  549  1e-155  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2027  L-arabinose isomerase  51.11 
 
 		 501 aa  543  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.929629  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0648  L-arabinose isomerase  52.24 
 
 		 496 aa  533  1e-150  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0388449  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0672  L-arabinose isomerase  52.04 
 
 		 496 aa  531  1e-150  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2066  L-arabinose isomerase  50.4 
 
 		 500 aa  522  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000205701  hitchhiker  0.000020018 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1995  L-arabinose isomerase  50.4 
 
 		 500 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00575721  unclonable  0.000026783 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1979  L-arabinose isomerase  50.4 
 
 		 500 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173872  normal  0.0652997 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3203  L-arabinose isomerase  51.61 
 
 		 497 aa  520  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1018  L-arabinose isomerase  51.52 
 
 		 505 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2140  L-arabinose isomerase  49.6 
 
 		 500 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.47731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0774  L-arabinose isomerase  48.59 
 
 		 500 aa  513  1e-144  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.031491  normal  0.0818763 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2066  L-arabinose isomerase  49.19 
 
 		 505 aa  514  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000180583  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0852  L-arabinose isomerase  48.08 
 
 		 474 aa  457  1e-127  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0011775  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0482  L-arabinose isomerase  45.42 
 
 		 473 aa  428  1e-118  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0751  L-arabinose isomerase  33.19 
 
 		 478 aa  168  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.148644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1033  L-arabinose isomerase  28.76 
 
 		 465 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000049306  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2888  L-arabinose isomerase  28.51 
 
 		 452 aa  128  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3280  putative L-arabinose isomerase protein  24.94 
 
 		 478 aa  77  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.226314  normal  0.533045 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0430  putative L-arabinose isomerase protein  24.94 
 
 		 475 aa  76.6  0.0000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4382  L-fucose isomerase-like protein  22.22 
 
 		 498 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00643603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2038  putative L-arabinose isomerase protein  23.72 
 
 		 470 aa  70.1  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.787291  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3616  L-arabinose isomerase  25.5 
 
 		 476 aa  62  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.779197  normal  0.435926 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6090  putative L-arabinose isomerase protein  21.15 
 
 		 475 aa  59.7  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0399  putative L-arabinose isomerase  23.74 
 
 		 478 aa  58.9  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.860372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3096  putative L-arabinose isomerase protein  21.88 
 
 		 541 aa  57.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.695467 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2430  putative L-arabinose isomerase protein  21.19 
 
 		 493 aa  50.4  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4813  L-fucose isomerase-like protein  24.26 
 
 		 477 aa  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6560  putative L-arabinose isomerase  21.45 
 
 		 499 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>