69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0012 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0012  hypothetical protein  100 
 
 
270 aa  521  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2575  hypothetical protein  40.31 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0752  hypothetical protein  32.96 
 
 
271 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0106956 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28450  hypothetical protein  34.51 
 
 
279 aa  102  7e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.555548 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3046  hypothetical protein  34.86 
 
 
242 aa  97.1  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0127879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1530  hypothetical protein  31.91 
 
 
252 aa  95.5  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0313843  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2578  membrane protein  32.26 
 
 
286 aa  95.1  9e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000244629 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0645  hypothetical protein  31.91 
 
 
311 aa  92.4  8e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.214071  normal  0.230839 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2871  membrane protein  33.33 
 
 
298 aa  91.3  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.156461  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0828  hypothetical protein  31.48 
 
 
265 aa  90.5  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.315818 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2566  membrane spanning protein  31.34 
 
 
304 aa  90.5  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0665826  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0164  hypothetical protein  29.92 
 
 
276 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.309928  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16490  hypothetical protein  34.67 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.888774  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0695  hypothetical protein  34.58 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08780  hypothetical protein  29.74 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3825  hypothetical protein  34.01 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.443917 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3072  hypothetical protein  30.33 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0917783 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3523  hypothetical protein  29.41 
 
 
264 aa  72  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.766097 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5400  hypothetical protein  28.4 
 
 
253 aa  69.3  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5350  hypothetical protein  33.59 
 
 
324 aa  67.8  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.905977  normal  0.275204 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3924  hypothetical protein  29.45 
 
 
272 aa  67.8  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00286071  normal  0.0592694 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11550  hypothetical protein  27.35 
 
 
305 aa  63.5  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.773988  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2280  hypothetical protein  26.34 
 
 
303 aa  63.5  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.142793  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4665  hypothetical protein  29.36 
 
 
256 aa  60.1  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4385  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.15 
 
 
244 aa  59.3  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0148  hypothetical protein  28.11 
 
 
256 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.720241  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2907  hypothetical protein  30.53 
 
 
319 aa  56.6  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.464449 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1161  hypothetical protein  26.34 
 
 
303 aa  55.5  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.799724 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0189  SURF1 family protein  33.63 
 
 
213 aa  55.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0884  putative transmembrane cytochrome oxidase  31.08 
 
 
248 aa  54.3  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0960911  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1251  putative transmembrane cytochrome oxidase  30.38 
 
 
246 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.781859  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2116  hypothetical protein  28.11 
 
 
288 aa  53.5  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.309272  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0244  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  27.09 
 
 
256 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.581984  normal  0.0169307 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4071  hypothetical protein  29.72 
 
 
245 aa  52  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21810  hypothetical protein  28.22 
 
 
314 aa  51.2  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1199  hypothetical protein  32.17 
 
 
246 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.310167  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9301  hypothetical protein  27.24 
 
 
271 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656489  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15930  hypothetical protein  29.05 
 
 
348 aa  50.4  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.126803  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3101  hypothetical protein  29.11 
 
 
327 aa  50.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0177432  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4439  hypothetical protein  25.81 
 
 
302 aa  49.3  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3902  hypothetical protein  29.14 
 
 
283 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00331503  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3005  surfeit locus 1  31.09 
 
 
245 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394184  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4061  Surfeit locus 1 family protein  28.28 
 
 
237 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0914927  normal  0.293936 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2714  putative transmembrane protein  28.68 
 
 
294 aa  48.9  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3549  hypothetical protein  25 
 
 
286 aa  47.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4165  hypothetical protein  29.15 
 
 
238 aa  47.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.99645 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3452  Surfeit locus 1 family protein  27.35 
 
 
256 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.48157  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3176  hypothetical protein  25 
 
 
295 aa  47  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.118302  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3580  Surfeit locus 1 family protein  28.93 
 
 
256 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3530  putative transmembrane cytochrome oxidase  29.41 
 
 
258 aa  45.8  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.163991  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1681  putative transmembrane cytochrome oxidase  27.27 
 
 
257 aa  45.8  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13470  hypothetical protein  27.62 
 
 
272 aa  45.4  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.636015  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1465  Surfeit locus 1  24.66 
 
 
228 aa  45.4  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3555  Surfeit locus 1 family protein  32.1 
 
 
252 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270006  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0369  putative transmembrane cytochrome oxidase complex biogenesis factor transmembrane protein  26.92 
 
 
256 aa  44.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1385  hypothetical protein  38.71 
 
 
311 aa  44.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.319953  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0474  SurF1 family protein  28.66 
 
 
249 aa  44.3  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.901732  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0479  SurF1 family protein  28.66 
 
 
249 aa  44.3  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0332  SURF1 family protein  29.17 
 
 
238 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.847542  normal  0.0106962 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2853  putative transmembrane cytochrome oxidase  28.81 
 
 
258 aa  44.3  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.283903  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0873  putative SURF1 family protein  26.77 
 
 
292 aa  44.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509642  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07660  hypothetical protein  27.08 
 
 
284 aa  44.3  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.66044  normal  0.329792 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1683  hypothetical protein  29.82 
 
 
301 aa  43.9  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2757  SURF1 family protein  25.75 
 
 
243 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.65912  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2897  SURF1 family protein  25.42 
 
 
347 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1686  hypothetical protein  32.56 
 
 
223 aa  43.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.954659  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3256  Surfeit locus 1 family protein  28.46 
 
 
256 aa  42.7  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0933698 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0588  Surfeit locus 1 family protein  28.83 
 
 
264 aa  42.7  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0160113  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0526  Surfeit locus 1 family protein  35.05 
 
 
247 aa  42  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0259384  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>