More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0087 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0087  RecA/RadA recombinase-like protein  100 
 
 		 217 aa  434  1e-121  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.439691 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0430  DNA repair and recombination protein RadA  35.71 
 
 		 324 aa  92.8  4e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33041  predicted protein  27.62 
 
 		 343 aa  91.3  1e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0526282 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0926  DNA repair and recombination protein RadB  27.27 
 
 		 221 aa  87.4  1e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2081  DNA repair and recombination protein RadA  32.14 
 
 		 332 aa  87  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1953  DNA repair and recombination protein RadA  33.33 
 
 		 330 aa  86.3  3e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1039  DNA repair and recombination protein RadB  29.19 
 
 		 243 aa  86.3  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0713  DNA repair and recombination protein RadA  33.33 
 
 		 330 aa  86.3  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.33185 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1226  DNA repair and recombination protein RadA  34.32 
 
 		 324 aa  85.9  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2310  DNA repair and recombination protein RadA  32.74 
 
 		 333 aa  85.1  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.469487  hitchhiker  0.00856648 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2033  DNA repair and recombination protein RadA  30.73 
 
 		 325 aa  85.1  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.507845  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0885  DNA repair and recombination protein RadA  32.4 
 
 		 322 aa  85.1  8e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01237  UvsC protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78579]  31.55 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.523208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1017  DNA repair and recombination protein RadA  34.52 
 
 		 358 aa  81.3  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.103289  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0009  DNA repair and recombination protein RadA  30.77 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.416037  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01780  meiotic recombination-related protein, putative  28.16 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.51774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2338  DNA repair and recombination protein RadA  29.05 
 
 		 325 aa  76.6  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.901889  normal  0.0155582 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_54533  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.98 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.724719  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2940  DNA repair and recombination protein RadA  26.97 
 
 		 407 aa  74.3  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00873973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1118  DNA repair and recombination protein RadA  33.93 
 
 		 358 aa  73.9  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1386  DNA repair and recombination protein RadA  29.17 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2099  DNA repair and recombination protein RadA  28.49 
 
 		 325 aa  71.2  0.00000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2123  DNA repair and recombination protein RadB  30.77 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0637  DNA repair and recombination protein RadA  26.78 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0537  DNA repair and recombination protein RadA  28.49 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0040  DNA repair and recombination protein RadA  27.37 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1918  DNA repair and recombination protein RadA  28.09 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09092  meiotic recombination protein (Dmc1), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G02200)  27.75 
 
 		 658 aa  67  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.515485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_17346  predicted protein  24.62 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908819  normal  0.780808 
 
 
-
 
NC_006670  CNA06990  recombinase, putative  28.49 
 
 		 365 aa  66.2  0.0000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.108784  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0743  Rad51-like  27.57 
 
 		 250 aa  65.1  0.0000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0907  DNA repair and recombination protein RadB  27.33 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0491  DNA repair and recombination protein RadB  28.14 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0368  DNA repair and recombination protein RadA  26.11 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0285  DNA repair and recombination protein RadB  35.04 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.652849  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1273  DNA repair and recombination protein RadA  24.38 
 
 		 348 aa  62  0.000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0982  DNA repair and recombination protein RadA  25.7 
 
 		 322 aa  62  0.000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1450  DNA repair and recombination protein RadA  26.11 
 
 		 322 aa  62  0.000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0942903  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0469  DNA repair and recombination protein RadA  26.11 
 
 		 322 aa  61.6  0.000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2159  DNA repair and recombination protein RadB  27.89 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1831  DNA repair and recombination protein RadA  24.37 
 
 		 343 aa  60.8  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2453  ATPase  28.3 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.695737 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1272  hypothetical protein  31.9 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.998309 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1023  Rad51-like  28.74 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.973197  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2158  DNA repair and recombination protein RadB  24.69 
 
 		 235 aa  60.5  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2624  DNA repair and recombination protein RadA  24.37 
 
 		 343 aa  60.5  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.387482 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17626  predicted protein  23.68 
 
 		 358 aa  60.5  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0870528  hitchhiker  0.00372316 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1786  DNA repair and recombination protein RadB  24.05 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.729381  normal  0.0464986 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0211  DNA repair and recombination protein RadA  23.86 
 
 		 343 aa  58.5  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1396  Fis family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 312 aa  58.5  0.00000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.358472  normal  0.485282 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_50387  predicted protein  22.22 
 
 		 351 aa  58.5  0.00000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142215  normal  0.0213314 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1633  Rad51 domain-containing protein  25.9 
 
 		 307 aa  57.4  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.11008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_40092  Rad51 DNA recombination/repair protein  27.97 
 
 		 456 aa  56.6  0.0000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58642  predicted protein  40.26 
 
 		 541 aa  56.6  0.0000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00988886  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0486  Rad51-like protein  27.27 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.100378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0988  DNA repair and recombination protein RadB  30.32 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0377224  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0226  putative circadian clock protein, KaiC  41.67 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.728159  normal  0.358869 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1328  putative circadian clock protein, KaiC  45 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1490  DNA repair and recombination protein RadB  30.82 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.695224  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1640  DNA repair and recombination protein RadB  28.57 
 
 		 215 aa  55.1  0.0000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.301627  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06728  conserved hypothetical protein  31.43 
 
 		 366 aa  53.9  0.000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0710  hypothetical protein  34.94 
 
 		 277 aa  53.5  0.000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000127893 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2002  recombinase A  28.66 
 
 		 345 aa  53.1  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000177298  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0219  putative circadian clock protein, KaiC  41.67 
 
 		 267 aa  53.1  0.000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0360  recA protein  25 
 
 		 339 aa  53.5  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000245068  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0284  recombinase A  32.2 
 
 		 418 aa  52.8  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0864352  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0274  DNA repair and recombination protein RadB  27.27 
 
 		 215 aa  52  0.000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.944285  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2398  recA protein  29.17 
 
 		 428 aa  51.6  0.000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.38659e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17589  predicted protein  28.21 
 
 		 288 aa  51.2  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0328752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3181  putative circadian clock protein, KaiC  45.45 
 
 		 494 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0530  recA protein  41.94 
 
 		 327 aa  50.8  0.00001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4001  recA protein  29.66 
 
 		 373 aa  50.1  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.627229  normal  0.688491 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  31.36 
 
 		 384 aa  50.4  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0886  recA protein  23.05 
 
 		 356 aa  50.4  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3351  recA protein  29.66 
 
 		 373 aa  50.1  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  35.29 
 
 		 366 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3948  recA protein  30.51 
 
 		 384 aa  50.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1185  DNA repair and recombination protein RadA  22.28 
 
 		 349 aa  50.4  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1162  recA protein  39.68 
 
 		 356 aa  50.8  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.501327  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1525  recA protein  23.4 
 
 		 353 aa  50.8  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245316  unclonable  4.38442e-19 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0355  recA protein  29.66 
 
 		 367 aa  50.1  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1109  recombinase A  45.59 
 
 		 357 aa  49.7  0.00003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3295  recombinase A  35 
 
 		 358 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303399  normal  0.877549 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0260  DNA repair and recombination protein RadB  23.56 
 
 		 224 aa  49.7  0.00003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.92433 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0887  recombinase A  45.59 
 
 		 357 aa  49.3  0.00004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1643  recombinase A  26.38 
 
 		 355 aa  49.3  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.883064  decreased coverage  0.00000000000602005 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0671  recombinase A  35.83 
 
 		 358 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.180955 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0466  recombinase A  35 
 
 		 353 aa  49.7  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54137  Rad51 DNA recombination/repair protein  37.84 
 
 		 363 aa  49.3  0.00005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2429  DNA repair and recombination protein RadB  24.18 
 
 		 226 aa  48.9  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1658  recA protein  41.27 
 
 		 377 aa  49.3  0.00005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000206716  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  27.16 
 
 		 457 aa  48.9  0.00006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  33.61 
 
 		 342 aa  48.9  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2179  recA protein  29.92 
 
 		 347 aa  48.9  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0663  recA protein  26.06 
 
 		 346 aa  48.9  0.00006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1179  DNA repair protein RadA  29.27 
 
 		 457 aa  48.9  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.595072 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0527  recombinase A  34.17 
 
 		 353 aa  48.5  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000554316  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1787  recombinase A  30.77 
 
 		 348 aa  48.5  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.744188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4685  recA protein  30.51 
 
 		 377 aa  48.5  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.0000000254393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0597  recombinase A  31.03 
 
 		 356 aa  48.5  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.408398  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>