167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4419 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4419  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
232 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.269969  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2235  hypothetical protein  58.2 
 
 
136 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0551  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.66 
 
 
223 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000556643  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15781  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  29.21 
 
 
210 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0899823  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2958  thiol:disulfide interchange protein, putative  33.5 
 
 
228 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0151  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.32 
 
 
228 aa  72.4  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1218  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.18 
 
 
233 aa  71.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0628  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.7 
 
 
243 aa  70.5  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.517911  decreased coverage  0.00174403 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1186  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.64 
 
 
227 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4120  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.91 
 
 
246 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4081  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.91 
 
 
246 aa  69.3  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3823  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.44 
 
 
246 aa  69.3  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.367359  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.44 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3738  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.78 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0812643  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0989  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  29.86 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.23416  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4432  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.91 
 
 
266 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.229211  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3090  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.87 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2546  membrane protein  26.67 
 
 
230 aa  67  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18581  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  29.86 
 
 
246 aa  67.4  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.236803  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.73 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16381  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  25.22 
 
 
218 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0736  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.25 
 
 
222 aa  63.9  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.592681  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2861  membrane protein  27.89 
 
 
230 aa  63.9  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.563665  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0245  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.97 
 
 
246 aa  63.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00020253  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1270  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.5 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.243942  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3250  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.5 
 
 
240 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0077031  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4996  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.76 
 
 
253 aa  63.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1262  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.63 
 
 
235 aa  63.2  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.57281  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3675  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.31 
 
 
249 aa  62.4  0.000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1322  cytochrome c biogenesis protein CcdA  28.12 
 
 
242 aa  62  0.000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3686  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.84 
 
 
244 aa  62  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4337  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.99 
 
 
244 aa  62  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0744461  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04380  cytochrome c biogenesis protein  28.91 
 
 
396 aa  61.6  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1774  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.13 
 
 
244 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.245304  normal  0.604488 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0831  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.83 
 
 
224 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0602188  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3291  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.08 
 
 
251 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.402635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0516  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.34 
 
 
228 aa  60.1  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3473  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.44 
 
 
238 aa  60.1  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.320099 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0473  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  31.91 
 
 
234 aa  59.7  0.00000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1241  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.64 
 
 
227 aa  59.7  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0549817  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3411  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.97 
 
 
238 aa  59.7  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2214  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.27 
 
 
244 aa  59.3  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  28.64 
 
 
735 aa  59.3  0.00000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2616  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.27 
 
 
244 aa  58.9  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4478  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30 
 
 
249 aa  58.5  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4309  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30 
 
 
249 aa  58.5  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.117194  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4209  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30 
 
 
249 aa  58.5  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0323  cytochrome c biogenesis protein-like  28.07 
 
 
252 aa  57.8  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1617  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.51 
 
 
244 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217228  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16491  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  28.3 
 
 
218 aa  57.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1423  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.3 
 
 
247 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0949063  normal  0.0178085 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2162  cytochrome c-type biogenesis protein  30.42 
 
 
248 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20604  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0455  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.39 
 
 
259 aa  57.4  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3785  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.36 
 
 
243 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.289688 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3605  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.36 
 
 
225 aa  56.6  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.467855 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1996  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.26 
 
 
237 aa  55.8  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1879  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.96 
 
 
228 aa  55.8  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2966  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.75 
 
 
247 aa  55.5  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.017508  normal  0.369863 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2275  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.31 
 
 
242 aa  55.5  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1830  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.39 
 
 
227 aa  55.1  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00101258  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0522  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.75 
 
 
258 aa  55.1  0.0000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0219549  hitchhiker  0.00315047 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1037  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30 
 
 
276 aa  55.5  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2451  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.6 
 
 
242 aa  54.7  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0258924  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1434  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.4 
 
 
218 aa  55.1  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.422779  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0584  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  29.29 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  26.22 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.493199  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4999  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.04 
 
 
244 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1247  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.72 
 
 
235 aa  53.9  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.965188  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4485  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.29 
 
 
264 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  31.11 
 
 
630 aa  53.9  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2813  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein  29.24 
 
 
244 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10538  cytochrome C-type biogenesis protein ccdA  28.07 
 
 
259 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000404989  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1904  hypothetical protein  30.1 
 
 
226 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0583219  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1909  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.04 
 
 
234 aa  53.5  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00531601  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2284  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.42 
 
 
223 aa  53.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000156188  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2782  hypothetical protein  24.14 
 
 
235 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.143596  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1457  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.73 
 
 
250 aa  52.8  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00340788  normal  0.584916 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1840  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.62 
 
 
249 aa  52.8  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.508547 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  28.57 
 
 
752 aa  52.4  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0549  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  32.75 
 
 
248 aa  52.4  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000031904  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2317  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.23 
 
 
235 aa  52.4  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000398052  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  27.4 
 
 
586 aa  52.4  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1277  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.51 
 
 
300 aa  52  0.000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  27.4 
 
 
586 aa  51.6  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4210  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.34 
 
 
245 aa  51.6  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0502  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.63 
 
 
253 aa  51.6  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1643  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.91 
 
 
249 aa  51.2  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0649003  normal  0.267262 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4519  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.3 
 
 
249 aa  51.6  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0363531 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2887  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.17 
 
 
236 aa  51.2  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3645  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.16 
 
 
249 aa  51.2  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1525  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.38 
 
 
241 aa  51.2  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2203  putative c-type cytochrome biogenesis protein CcdA  32.98 
 
 
237 aa  50.4  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3768  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  25 
 
 
235 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0366104  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4015  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.65 
 
 
234 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3668  putative transmembrane cytochrome C biogenesis protein, putative SoxV protein  31.54 
 
 
244 aa  50.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.389509  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1548  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  25 
 
 
235 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00245036  hitchhiker  0.0095954 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3695  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  24.78 
 
 
235 aa  49.7  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3455  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  24.78 
 
 
235 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000813514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3417  cytochrome c-type biogenesis protein (holocytochrome-c synthase)  24.78 
 
 
235 aa  49.7  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.297726  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3727  cytochrome c-type biogenesis protein CcdA  24.78 
 
 
235 aa  49.7  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.190517  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>