103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4415 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007960  Nham_4415  hypothetical protein  100 
 
 
459 aa  939    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.247797  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2784  putative OpgC protein  65.4 
 
 
415 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.537319  normal  0.276601 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2806  hypothetical protein  62.02 
 
 
424 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2532  putative OpgC protein  60.93 
 
 
427 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2936  putative OpgC protein  60.66 
 
 
430 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.224445  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4043  hypothetical protein  58.54 
 
 
385 aa  454  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0814624 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1064  putative membrane protein of unknown function  56.32 
 
 
406 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0145  hypothetical protein  52.85 
 
 
415 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7260  putative opgC protein  50.55 
 
 
365 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2302  putative OpgC protein  45.79 
 
 
388 aa  362  9e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2146  putative OpgC protein  46.8 
 
 
377 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.150059 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3339  putative OpgC protein  47.08 
 
 
375 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.523015 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3644  hypothetical protein  48.04 
 
 
379 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0899  putative OpgC protein  46.21 
 
 
484 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5254  hypothetical protein  47.63 
 
 
421 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15377  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0788  putative OpgC protein  47.78 
 
 
421 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.904469  normal  0.107967 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4912  putative OpgC protein  47.47 
 
 
417 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.563767 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0222  acyltransferase 3  43.9 
 
 
411 aa  330  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0765  hypothetical protein  46.56 
 
 
421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.191126  hitchhiker  0.00877498 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0136  acyltransferase 3  42.2 
 
 
415 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.909719 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4163  putative OpgC protein, require for succinylation of osmoregulated periplasmic glucans  42.97 
 
 
418 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334598  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1295  OpgC protein-like protein  43.21 
 
 
416 aa  315  8e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.333454  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4266  OpgC protein, require for succinylation of osmoregulated periplasmic glucans  42.28 
 
 
400 aa  312  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667073  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5813  hypothetical protein  36.26 
 
 
385 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.161405 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1997  hypothetical protein  37.87 
 
 
368 aa  236  7e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4185  hypothetical protein  38.07 
 
 
376 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.534603  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3921  hypothetical protein  38.2 
 
 
376 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0208  hypothetical protein  34.86 
 
 
371 aa  218  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.66956 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1763  hypothetical protein  33.43 
 
 
422 aa  157  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1104  hypothetical protein  32.39 
 
 
392 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1714  hypothetical protein  29.57 
 
 
409 aa  143  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2375  OpgC protein  35.34 
 
 
365 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0332803  decreased coverage  0.00013342 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1137  hypothetical protein  31.69 
 
 
401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0989  OpgC protein  32.89 
 
 
379 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.216393  normal  0.503682 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0952  OpgC protein  32.89 
 
 
379 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.242589  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1533  hypothetical protein  28.8 
 
 
435 aa  128  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.208932 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0930  OpgC protein  31.38 
 
 
381 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.918852  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3041  OpgC protein  29.17 
 
 
388 aa  124  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0128  OpgC protein  29.57 
 
 
399 aa  124  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.253754  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3154  hypothetical protein  28.87 
 
 
385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1765  OpgC protein  29.6 
 
 
399 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.411843  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0154  hypothetical protein  27.88 
 
 
368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4172  putative protein required for succinylation of osmoregulated periplasmic glucans  28.38 
 
 
412 aa  120  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3844  putative protein required for succinylation of osmoregulated periplasmic glucans  28.5 
 
 
412 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2190  OpgC protein  30.97 
 
 
380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.013941  normal  0.776218 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2228  OpgC protein  29.95 
 
 
366 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.297426 
 
 
-
 
NC_004310  BR1706  opgC protein, putative  28.53 
 
 
393 aa  114  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1649  putative opgC protein  28.53 
 
 
393 aa  114  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3465  hypothetical protein  29.01 
 
 
397 aa  114  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.604718  normal  0.972852 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4038  hypothetical protein  27.3 
 
 
384 aa  111  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4726  hypothetical protein  27.54 
 
 
374 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3201  hypothetical protein  29.84 
 
 
429 aa  108  2e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0570955  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4496  hypothetical protein  28.11 
 
 
367 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3760  hypothetical protein  27.81 
 
 
365 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.500718  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4608  hypothetical protein  27.81 
 
 
365 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3260  hypothetical protein  28.53 
 
 
374 aa  108  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.117077 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5696  hypothetical protein  27.81 
 
 
365 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0138728 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5561  OpgC protein  32.34 
 
 
366 aa  108  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4886  hypothetical protein  30.12 
 
 
383 aa  107  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00335271  normal  0.121358 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5314  hypothetical protein  27.27 
 
 
374 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0258075  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5546  hypothetical protein  27.27 
 
 
374 aa  106  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.753322  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1209  OpgC protein  28 
 
 
407 aa  106  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0112  hypothetical protein  27.6 
 
 
374 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1455  opgC protein, putative  29.07 
 
 
431 aa  103  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0928141  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1233  hypothetical protein  28.02 
 
 
365 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.376923  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1277  hypothetical protein  26.65 
 
 
450 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3279  hypothetical protein  26.47 
 
 
418 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2919  hypothetical protein  27.03 
 
 
375 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329153  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1953.1  putative OpgC protein  27.11 
 
 
375 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.584831  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0971  putative OpgC protein  27.11 
 
 
375 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1258  putative OpgC protein  27.11 
 
 
375 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3043  hypothetical protein  27.03 
 
 
375 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2232  putative OpgC protein  27.11 
 
 
375 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2545  hypothetical protein  29.19 
 
 
435 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178169  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1372  hypothetical protein  29.19 
 
 
388 aa  97.4  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1292  hypothetical protein  29.19 
 
 
388 aa  97.8  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.721531  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1288  putative opgC protein  29.19 
 
 
384 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0265  hypothetical protein  29.19 
 
 
384 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0535  hypothetical protein  29.19 
 
 
384 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.306001  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1032  hypothetical protein  29.19 
 
 
384 aa  97.1  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.608592  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2280  hypothetical protein  26.18 
 
 
377 aa  96.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0956808  normal  0.124268 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4038  hypothetical protein  27.81 
 
 
365 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.372209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5409  OpgC protein  32.8 
 
 
366 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0814219  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4947  hypothetical protein  28.36 
 
 
369 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0337117  normal  0.0617497 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6048  hypothetical protein  26.09 
 
 
377 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.983197  normal  0.374141 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5417  hypothetical protein  27.03 
 
 
375 aa  94  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0127  hypothetical protein  25.74 
 
 
369 aa  94  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2238  OpgC protein, putative  25.9 
 
 
366 aa  91.3  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4870  hypothetical protein  26.27 
 
 
374 aa  91.3  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1700  hypothetical protein  28.4 
 
 
369 aa  90.5  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646049  normal  0.417956 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1316  hypothetical protein  30.42 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.893937  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1581  hypothetical protein  30.42 
 
 
377 aa  85.1  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0143  hypothetical protein  26.25 
 
 
395 aa  80.5  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.184746  normal  0.13553 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0389  hypothetical protein  26.93 
 
 
375 aa  77  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187966  normal  0.347328 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1952  acyltransferase family protein  27.19 
 
 
403 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838522 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1356  acyltransferase family protein  26.96 
 
 
380 aa  69.7  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116907  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0354  hypothetical protein  27.33 
 
 
396 aa  65.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0193  hypothetical protein  27.3 
 
 
380 aa  60.1  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1530  hypothetical protein  26 
 
 
431 aa  58.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3730  hypothetical protein  26.05 
 
 
681 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>