112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4265 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4265  antirestriction protein  100 
 
 		 169 aa  356  9e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.963524  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_25  antirestriction protein ArdC  44.19 
 
 		 333 aa  138  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0128  antirestriction protein  41.52 
 
 		 321 aa  127  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0539  hypothetical protein  36.72 
 
 		 322 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5558  domain of unknown function DUF1738  40.11 
 
 		 338 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.476412  normal  0.0470037 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3921  antirestriction protein; ArdC  36.36 
 
 		 316 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3149  hypothetical protein  39.55 
 
 		 318 aa  124  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3814  hypothetical protein  39.55 
 
 		 321 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0877775  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4983  hypothetical protein  40.72 
 
 		 241 aa  124  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4029  peptidase M, neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding site  40 
 
 		 301 aa  123  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9173  antirestriction protein  39.76 
 
 		 310 aa  123  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.12033  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3568  antirestriction protein; ArdC  38.07 
 
 		 316 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.883646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8099  antirestriction protein  41.57 
 
 		 308 aa  122  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1814  hypothetical protein  37.29 
 
 		 311 aa  122  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8295  domain of unknown function DUF1738  38.29 
 
 		 315 aa  122  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0399219  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0806  hypothetical protein  38.42 
 
 		 247 aa  120  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0574  antirestriction protein  38.24 
 
 		 304 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0527  hypothetical protein  40.36 
 
 		 242 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.989296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4483  ArdC gene in pSa(IncW plasmid)-like  39.02 
 
 		 308 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00889579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1473  domain of unknown function DUF1738  39.66 
 
 		 314 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1544  hypothetical protein  37.85 
 
 		 320 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0398449 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2121  antirestriction protein; ArdC  36.72 
 
 		 317 aa  117  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7703  putative ardC antirestriction protein  35.96 
 
 		 317 aa  117  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.166875 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4426  hypothetical protein  38.82 
 
 		 332 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000360955  normal  0.236857 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4610  hypothetical protein  38.82 
 
 		 332 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.939593  normal  0.41393 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4401  domain of unknown function DUF1738  38.82 
 
 		 332 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.505635  normal  0.161946 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4587  hypothetical protein  38.82 
 
 		 434 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9564  antirestriction protein  38.32 
 
 		 308 aa  115  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4757  hypothetical protein  37.65 
 
 		 308 aa  115  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1223  hypothetical protein  37.85 
 
 		 320 aa  114  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.909972  normal  0.983 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3512  hypothetical protein  37.85 
 
 		 320 aa  114  5e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.126742  normal  0.925711 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4973  domain of unknown function DUF1738  37.5 
 
 		 306 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3793  hypothetical protein  38.92 
 
 		 301 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.462521  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3326  putative ardC antirestriction protein  34.66 
 
 		 318 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3038  hypothetical protein  36.52 
 
 		 248 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.502254 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6049  hypothetical protein  36.93 
 
 		 326 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9909  antirestriction protein  41.32 
 
 		 285 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6816  domain of unknown function DUF1738  39.88 
 
 		 306 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.232152  normal  0.435368 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1960  domain of unknown function DUF1738  36.14 
 
 		 299 aa  111  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4545  hypothetical protein  37.13 
 
 		 295 aa  111  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0427  antirestriction protein  37.14 
 
 		 313 aa  111  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.338701 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4322  hypothetical protein  35.76 
 
 		 308 aa  111  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5920  domain of unknown function DUF1738  38.02 
 
 		 311 aa  110  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2005  hypothetical protein  35.54 
 
 		 258 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.146058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1844  protein of unknown function DUF1738  39.05 
 
 		 285 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.900515  normal  0.779395 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4521  domain of unknown function DUF1738  37.65 
 
 		 326 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000111703  normal  0.206085 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4417  domain of unknown function DUF1738  37.65 
 
 		 326 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000308922  normal  0.463356 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0255  antirestriction protein  36.26 
 
 		 299 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0279  putative conjugal transfer antirestriction protein  35.93 
 
 		 308 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5261  hypothetical protein  38.6 
 
 		 311 aa  109  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.798907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2959  hypothetical protein  34.78 
 
 		 312 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.409787  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5543  domain of unknown function DUF1738  38.69 
 
 		 306 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234849  hitchhiker  0.00000802915 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6561  domain of unknown function DUF1738  39.16 
 
 		 306 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3059  protein of unknown function DUF1738  35.2 
 
 		 316 aa  108  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0306  antirestriction protein  36.31 
 
 		 288 aa  107  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7394  putative ardC antirestriction protein  36.16 
 
 		 319 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.615073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3779  hypothetical protein  36.69 
 
 		 294 aa  106  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.694827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0021  antirestriction protein  35.63 
 
 		 319 aa  106  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1162  domain of unknown function DUF1738  34.48 
 
 		 299 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.287336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2282  antirestriction protein; ArdC  34.48 
 
 		 313 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.365104 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_19  putative antirestriction protein  34.68 
 
 		 328 aa  104  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.366429  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0381  putative ArdC antirestriction protein  34.44 
 
 		 312 aa  103  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4123  hypothetical protein  35.79 
 
 		 335 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1648  domain of unknown function DUF1738  35.11 
 
 		 410 aa  103  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3690  antirestriction protein  35.6 
 
 		 323 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3336  hypothetical protein  34.78 
 
 		 312 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0395  hypothetical protein  34.74 
 
 		 344 aa  101  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.877999  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4058  hypothetical protein  34.72 
 
 		 336 aa  100  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5409  hypothetical protein  35.9 
 
 		 260 aa  100  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.861263  normal  0.17576 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3581  hypothetical protein  36.47 
 
 		 284 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1972  domain of unknown function DUF1738  34.34 
 
 		 362 aa  100  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0738445  normal  0.0525568 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2664  replication primases  35.84 
 
 		 300 aa  95.1  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.927231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3034  hypothetical protein  32.95 
 
 		 300 aa  94.4  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4248  hypothetical protein  34.59 
 
 		 1580 aa  93.6  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00909879  normal  0.515927 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0801  hypothetical protein  37.71 
 
 		 308 aa  93.6  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.957883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4749  domain of unknown function DUF1738  35.43 
 
 		 327 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.778127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4138  hypothetical protein  36.57 
 
 		 320 aa  91.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6616  hypothetical protein  34.41 
 
 		 1448 aa  90.9  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0777828  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6521  TOPRIM  34.41 
 
 		 1448 aa  90.1  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3267  hypothetical protein  33.52 
 
 		 341 aa  90.1  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.488667  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0020  DNA primase TraC  31.18 
 
 		 986 aa  90.5  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2244  hypothetical protein  33.67 
 
 		 1495 aa  90.5  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4588  hypothetical protein  31.61 
 
 		 304 aa  89.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4668  hypothetical protein  34.38 
 
 		 1077 aa  89  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1780  antirestriction protein  30.69 
 
 		 322 aa  88.6  4e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.114291  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3508  hypothetical protein  32.95 
 
 		 241 aa  88.6  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1461  domain of unknown function DUF1738  28.98 
 
 		 297 aa  87.8  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3033  DNA primase  31.69 
 
 		 320 aa  87  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828057 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5351  hypothetical protein  32.92 
 
 		 220 aa  84.7  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.666575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3213  antirestriction protein-like  35.29 
 
 		 325 aa  82.4  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3932  hypothetical protein  35.26 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0037  hypothetical protein  33.91 
 
 		 287 aa  81.3  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4018  hypothetical protein  28.74 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.366526  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6843  domain of unknown function DUF1738  31.82 
 
 		 296 aa  78.6  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.896751  normal  0.17936 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2529  hypothetical protein  27.8 
 
 		 384 aa  78.2  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2455  domain of unknown function DUF1738  30.64 
 
 		 280 aa  75.1  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000230581  unclonable  0.000000000352571 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1298  antirestriction protein-like  43.16 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.430791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6336  domain of unknown function DUF1738  28.73 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1266  hypothetical protein  28.98 
 
 		 660 aa  72  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.678844  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3741  hypothetical protein  26.29 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>