145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4114 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007959  Nham_4114  hypothetical protein  100 
 
 
277 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0582  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1446  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1496  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1723  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2801  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2900  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3368  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3807  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4006  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4011  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5592  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6732  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6913  integrase catalytic region  57.5 
 
 
466 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2519  integrase catalytic region  57.5 
 
 
481 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352374  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3232  integrase catalytic subunit  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.495092 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0893  integrase catalytic region  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157444  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3406  integrase catalytic region  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4206  integrase catalytic region  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4255  integrase catalytic region  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000703282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4426  integrase catalytic region  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179177  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4468  integrase catalytic region  52.8 
 
 
465 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20930  transpose, IS30 family  51.23 
 
 
480 aa  149  5e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5430  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
414 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.270049 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5603  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
437 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5827  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
437 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382461 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5986  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
437 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996112 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_6004  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
437 aa  149  5e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000366902 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00500  transposase, IS30 family  51.23 
 
 
480 aa  149  5e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0476  IS30 family transposase  52.44 
 
 
300 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.15798 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3475  hypothetical protein  52.44 
 
 
402 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.214234 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4666  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
474 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5505  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
474 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334264  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5906  integrase catalytic subunit  50.93 
 
 
474 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.872405  normal  0.876149 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0065  integrase catalytic subunit  49.69 
 
 
479 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0573  integrase catalytic subunit  49.69 
 
 
479 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2030  integrase catalytic subunit  49.69 
 
 
479 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21080  transposase, IS30 family  49.07 
 
 
453 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.656818  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4467  integrase catalytic region  51.9 
 
 
466 aa  136  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17810  transposase, IS30 family  46.06 
 
 
465 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.749123 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  67.86 
 
 
368 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  67.86 
 
 
367 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  45 
 
 
374 aa  72  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  80 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  60 
 
 
371 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2225  integrase catalytic subunit  35.67 
 
 
370 aa  65.1  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0690  Integrase catalytic region  65.79 
 
 
409 aa  64.3  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0959  hypothetical protein  34.64 
 
 
177 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.498536 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4210  integrase  62.16 
 
 
326 aa  59.7  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1238  integrase catalytic subunit  32.67 
 
 
386 aa  56.6  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3059  integrase catalytic subunit  31.21 
 
 
342 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4334  Fis family transcriptional regulator  33.72 
 
 
386 aa  56.2  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0481  integrase catalytic subunit  33.33 
 
 
401 aa  55.8  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.103123 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2765  integrase catalytic subunit  31.21 
 
 
386 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.936307  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1540  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.790818  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1842  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.112569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2955  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0298669  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2697  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4055  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1134  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34752  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4088  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3459  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00200761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1947  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.666461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3879  Integrase catalytic region  29.59 
 
 
457 aa  55.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0382  integrase catalytic subunit  32.68 
 
 
401 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0329218 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6587  integrase catalytic region  29.02 
 
 
385 aa  54.3  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6641  integrase catalytic region  29.02 
 
 
385 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123291 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22920  transposase, IS30 family  29.75 
 
 
385 aa  53.9  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.200558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15120  transposase, IS30 family  29.75 
 
 
385 aa  53.9  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0851499  normal  0.892726 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  53.33 
 
 
385 aa  53.1  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1754  integrase catalytic region  31.21 
 
 
386 aa  53.1  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4203  integrase  30.64 
 
 
386 aa  52.8  0.000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1433  integrase catalytic subunit  30.85 
 
 
386 aa  51.6  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3959  integrase catalytic subunit  30.85 
 
 
386 aa  51.6  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0255  IS30 family transposase  34.81 
 
 
423 aa  51.6  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455504  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1190  integrase  31.21 
 
 
386 aa  50.8  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.216917  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0741  putative transposase IS30  28.93 
 
 
385 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18405  normal  0.376382 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6282  integrase catalytic subunit  29.38 
 
 
339 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2842  integrase catalytic subunit  29.38 
 
 
339 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4004  transposase for insertion sequence element IS1086  29.38 
 
 
339 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0560  IS30 family transposase  34.81 
 
 
423 aa  51.6  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.404036  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4037  integrase catalytic subunit  50 
 
 
519 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389495  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4295  integrase catalytic subunit  50 
 
 
496 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0160339  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4112  integrase catalytic subunit  50 
 
 
519 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.062727  normal  0.815886 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4381  integrase catalytic subunit  50 
 
 
525 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.570588 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0614  integrase catalytic subunit  50 
 
 
519 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.579787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4673  integrase catalytic subunit  50 
 
 
519 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.546671 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4676  integrase catalytic subunit  50 
 
 
519 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.118167 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0058  IS30 family transposase  34.81 
 
 
423 aa  51.6  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1270  IS30 family transposase  34.81 
 
 
423 aa  51.6  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0508  IS30 family transposase  34.81 
 
 
423 aa  51.6  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0052  putative transposase  30.73 
 
 
340 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  37.74 
 
 
396 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0883  integrase catalytic region  33.78 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1557  integrase catalytic region  33.78 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3004  integrase catalytic region  33.78 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3005  integrase catalytic region  33.78 
 
 
326 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13211  transposase  31.61 
 
 
394 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.562916 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3419  integrase catalytic region  31.85 
 
 
386 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492382  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  35.85 
 
 
388 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>