152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3445 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3445  nitrate reductase, gamma subunit  100 
 
 
225 aa  446  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.409428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0778  nitrate reductase gamma subunit  90.67 
 
 
225 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.379399  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1705  Nitrate reductase gamma subunit  46.26 
 
 
224 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.998147  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1022  respiratory nitrate reductase gamma subunit  50.45 
 
 
260 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00965412 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1776  Nitrate reductase gamma subunit  45.09 
 
 
227 aa  179  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.239361  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0332  respiratory nitrate reductase gamma subunit  41.43 
 
 
231 aa  174  7e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000138371 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0206  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  42.45 
 
 
222 aa  171  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2173  respiratory nitrate reductase gamma subunit  47.2 
 
 
232 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.338009  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3598  nitrite transporter  44.39 
 
 
699 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0417643 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2655  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  38.21 
 
 
227 aa  145  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0247  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  38.84 
 
 
248 aa  142  6e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.373624  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2418  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  36.89 
 
 
225 aa  138  7.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2466  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  36.89 
 
 
225 aa  138  7.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2638  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  37.12 
 
 
234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5444  Nitrate reductase  36.74 
 
 
242 aa  128  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.187128  normal  0.153247 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3702  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  36.57 
 
 
248 aa  126  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3141  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  34.26 
 
 
253 aa  125  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.172601  hitchhiker  0.0025253 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1984  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.3 
 
 
225 aa  124  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1349  respiratory nitrate reductase gamma subunit  36.07 
 
 
242 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1827  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.94 
 
 
246 aa  122  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.259695  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1238  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  34.22 
 
 
238 aa  122  4e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.361113 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4475  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35.65 
 
 
241 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.323862 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2159  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35.02 
 
 
243 aa  122  6e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817555 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1260  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35.48 
 
 
243 aa  121  8e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.259966  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1277  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35.48 
 
 
243 aa  121  8e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.255092 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4543  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35.02 
 
 
243 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.290259 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1286  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35.48 
 
 
243 aa  120  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.65257  normal  0.0385137 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2806  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  34.4 
 
 
248 aa  121  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.460402  normal  0.0323748 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1980  respiratory nitrate reductase subunit gamma  32.47 
 
 
229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.689777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2128  respiratory nitrate reductase subunit gamma  32.47 
 
 
229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.833335  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0180  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  38.28 
 
 
247 aa  119  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.363972  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1957  nitrate reductase, gamma subunit  32.31 
 
 
228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0223608  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1935  nitrate reductase, gamma subunit  32.47 
 
 
229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.840407  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0506  respiratory nitrate reductase gamma subunit  35.91 
 
 
250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.273339 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3177  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.9 
 
 
229 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2161  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.03 
 
 
229 aa  118  7e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2037  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  36.11 
 
 
233 aa  118  7.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1974  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.9 
 
 
229 aa  118  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2278  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.03 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.339538  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1208  respiratory nitrate reductase gamma subunit  34.78 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.787753  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2138  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.62 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1921  Nitrate reductase  33.18 
 
 
240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3402  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.18 
 
 
229 aa  115  5e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0903  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.18 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3672  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.18 
 
 
243 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.167763  normal  0.110852 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11754  nitrate reductase narX  33.18 
 
 
652 aa  112  3e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0308508 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0195  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  39.62 
 
 
247 aa  113  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.345435  normal  0.026405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1760  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.49 
 
 
251 aa  112  3e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0325969  hitchhiker  0.00630244 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0272  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.31 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0296  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.31 
 
 
241 aa  112  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0317  respiratory nitrate reductase gamma subunit  32.41 
 
 
260 aa  112  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1528  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  30.57 
 
 
234 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000209931  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6187  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  34.25 
 
 
242 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0410952  hitchhiker  0.00730194 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18690  respiratory nitrate reductase gamma subunit  31.65 
 
 
243 aa  111  8.000000000000001e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.073165  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0608  respiratory nitrate reductase gamma subunit  31.67 
 
 
241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0669  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.9 
 
 
241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0113371  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4426  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  35 
 
 
250 aa  108  5e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.325203  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4233  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.33 
 
 
233 aa  108  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0298613  normal  0.327714 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11189  respiratory nitrate reductase gamma subunit narI  30.94 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2632  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.87 
 
 
230 aa  108  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1957  nitrate reductase  32.88 
 
 
225 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.39248 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2894  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.6 
 
 
240 aa  105  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2233  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  30.49 
 
 
235 aa  102  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1705  respiratory nitrate reductase gamma subunit  33.33 
 
 
239 aa  102  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.06964  normal  0.118882 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2703  respiratory nitrate reductase gamma subunit  34.67 
 
 
234 aa  102  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.304029  normal  0.077943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3083  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.05 
 
 
226 aa  100  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.49935  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03844  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.82 
 
 
227 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1333  respiratory nitrate reductase gamma subunit  32.42 
 
 
225 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13830  respiratory nitrate reductase gamma chain  30.41 
 
 
227 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.792747  normal  0.19596 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1237  respiratory nitrate reductase gamma chain  30.41 
 
 
227 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1774  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.98 
 
 
225 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.079326  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5210  respiratory nitrate reductase subunit gamma  33.78 
 
 
244 aa  99  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.592899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1584  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  33.64 
 
 
238 aa  98.6  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000863008  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2880  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.74 
 
 
225 aa  98.6  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2229  respiratory nitrate reductase gamma subunit  30.94 
 
 
227 aa  98.2  9e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.125271  normal  0.0229196 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5386  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.72 
 
 
227 aa  98.2  9e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.338397  normal  0.0191932 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4592  respiratory nitrate reductase gamma subunit  33.18 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2517  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  30.56 
 
 
227 aa  95.5  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.189452  normal  0.673257 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1507  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.4 
 
 
233 aa  95.5  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2312  respiratory nitrate reductase gamma subunit  30.28 
 
 
225 aa  95.5  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2305  respiratory nitrate reductase gamma subunit  30.49 
 
 
227 aa  95.1  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.369875  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2125  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.6 
 
 
254 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1762  respiratory nitrate reductase 2 gamma subunit  30.28 
 
 
226 aa  94  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1856  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  30.63 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1695  respiratory nitrate reductase 2 subunit gamma  30.28 
 
 
226 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.953876 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2589  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.84 
 
 
255 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1758  respiratory nitrate reductase 2 subunit gamma  29.82 
 
 
226 aa  93.2  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351215  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1581  respiratory nitrate reductase 2, gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.214627  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1697  respiratory nitrate reductase 2 subunit gamma  29.82 
 
 
226 aa  92.8  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.230507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2631  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  29.28 
 
 
225 aa  93.2  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997723  normal  0.0188377 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5681  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  32.08 
 
 
254 aa  93.2  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.365468  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2256  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  31.08 
 
 
234 aa  92.4  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0442548  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2561  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  30.94 
 
 
229 aa  92  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.40821  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01423  nitrate reductase 2 (NRZ), gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2182  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.292963  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01435  hypothetical protein  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2075  respiratory nitrate reductase 2, gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1549  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1646  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2191  respiratory nitrate reductase, gamma subunit  29.82 
 
 
226 aa  92  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>