190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3409 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3409  ModE family transcriptional regulator  100 
 
 		 116 aa  231  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0426925  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0934  LysR family transcriptional regulator  88.79 
 
 		 134 aa  214  4e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.102124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1642  LysR family transcriptional regulator  76.99 
 
 		 128 aa  175  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.986241 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4319  ModE family transcriptional regulator  74.14 
 
 		 129 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0494502  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4205  putative transcriptional regulator, ModE family  52.83 
 
 		 125 aa  111  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.590179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3855  ModE family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 117 aa  107  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.81779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2824  ModE family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 152 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2293  ModE family transcriptional regulator  59.34 
 
 		 115 aa  107  6e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.11585  normal  0.260705 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3881  putative transcriptional regulator, ModE family  51.35 
 
 		 119 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.180792  normal  0.0155271 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3706  putative transcriptional regulator, ModE family  54.37 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5511  putative transcriptional regulator, ModE family  54.37 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0974  molybdenum-binding transcriptional repressor  52.48 
 
 		 132 aa  102  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2794  ModE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 107 aa  97.1  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3515  ModE family transcriptional regulator  52.75 
 
 		 112 aa  96.3  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000445767  normal  0.258614 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6170  ModE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 141 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.350331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4071  putative transcriptional regulator, ModE family  49.5 
 
 		 115 aa  92  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3767  putative transcriptional regulator, ModE family  59.3 
 
 		 112 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1477  molybdenum-binding protein, N-terminal:molybdenum-pterin binding protein  42.72 
 
 		 272 aa  87  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0871  putative transcriptional regulator, ModE family  47.06 
 
 		 123 aa  86.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.741628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0723  helix-turn-helix domain protein  47.06 
 
 		 123 aa  86.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.523038  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3199  ModE family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 162 aa  84.3  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.213891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1405  putative transcriptional regulator, ModE family  44.83 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.518534  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1343  molybdenum transport protein, putative  51.69 
 
 		 177 aa  82.8  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0460  ModE family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 127 aa  82.8  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000661787  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1869  putative transcriptional regulator, ModE family  48.51 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.214893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4419  ModE family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.675399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2496  ModE family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 115 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2036  ModE family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 276 aa  79.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.646179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0940  transcriptional regulator, ModE family  40.45 
 
 		 263 aa  79  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000762676  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2514  ModE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.217491  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1193  ModE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 107 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.239879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4259  ModE family transcriptional regulator  54.02 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459196  normal  0.100548 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0281  ModE family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3480  transcriptional regulator ModE  49.44 
 
 		 117 aa  75.9  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4134  putative transcriptional regulator, ModE family  33.98 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6143  putative transcriptional regulator, ModE family  44.16 
 
 		 114 aa  73.6  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.144159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2952  ModE family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2664  ModE family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 118 aa  72.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.554277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1950  ModE family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0318025  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1578  putative transcriptional regulator, ModE family  38.83 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.82567 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50680  Mo regulation, Mo processing homeostasis  38.71 
 
 		 270 aa  70.5  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.438349  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5342  putative transcriptional regulator, ModE family  37.62 
 
 		 114 aa  68.6  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0066  ModE family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 108 aa  68.6  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000184024  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3874  transcriptional repressor, ModE  38 
 
 		 262 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0735734  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4166  ModE family transcriptional regulator  38 
 
 		 262 aa  68.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00104797  normal  0.104434 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0976  ModE family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 270 aa  68.6  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0705  ModE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 263 aa  67.4  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1927  ModE family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 129 aa  67  0.00000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33430  Molybdenum-binding ModE protein  37.63 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0962  molybdate transport repressor  37.21 
 
 		 263 aa  64.7  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2247  transcriptional regulator, ModE family  39.02 
 
 		 266 aa  64.3  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1573  putative molybdenum-binding protein  46.34 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163171  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0856  ModE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1989  ModE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 263 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.455542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5199  transcriptional regulator, ModE family  36.05 
 
 		 263 aa  61.6  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2884  DNA-binding transcriptional regulator ModE  45.78 
 
 		 269 aa  61.2  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1701  ModE family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.540153  normal  0.344174 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4329  transcriptional regulator, ModE family  41.58 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653536 
 
 
-
 
NC_003296  RS05434  putative molybdenum-pterin-binding protein  47.44 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4219  transcriptional regulator, ModE family  41.58 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4091  ModE family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.376442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2476  molybdate transport repressor  38.96 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240008  normal  0.243533 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0938  putative transcriptional regulator, ModE family  33.98 
 
 		 132 aa  58.2  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1131  putative transcriptional regulator, ModE family  55.77 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2202  putative transcriptional regulator, ModE family  35.11 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0207  ModE family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2239  ModE family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 278 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.814022  normal  0.101345 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3670  ModE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 278 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.266756 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4507  ModE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 281 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3857  ModE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 281 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.12009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3754  ModE family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 279 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.305631  normal  0.20307 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0662  molybdate uptake regulatory protein, HTH containing  43.04 
 
 		 270 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1086  NUDIX hydrolase  34.62 
 
 		 236 aa  57.8  0.00000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.702437  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06340  putative molybdenum transport regulator  49.33 
 
 		 252 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0099259  normal  0.759448 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1252  DNA-binding transcriptional regulator ModE  40.38 
 
 		 262 aa  57.8  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.627164 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1731  ModE family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 268 aa  57.4  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000816631  normal  0.0463603 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0810  transcriptional regulator, ModE family  41.05 
 
 		 267 aa  57.4  0.00000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0330834  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1986  transcriptional regulator, ModE family  40.82 
 
 		 269 aa  57  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2068  TOBE domain protein  45 
 
 		 257 aa  57  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0360  ModE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 254 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1100  ModE family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 145 aa  57  0.00000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.87335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0386  ModE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 254 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0590  molybdenum transport regulator  49.33 
 
 		 252 aa  57  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0376287  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2041  putative transcriptional regulator, ModE family  34.07 
 
 		 118 aa  56.6  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0390  ModE family transcriptional regulator  45.33 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.920005  normal  0.212591 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0590  transcriptional regulator ModE  46.91 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2059  regulatory protein LysR  31.87 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000246336  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1638  transcriptional regulator, ModE family  46.84 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0731324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2075  molybdenum transport regulator  33.62 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2852  DNA-binding transcriptional regulator ModE  41.3 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4402  ModE family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 276 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.915653  normal  0.0639822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2851  ModE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 278 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0330  putative transcriptional regulator, ModE family  30.77 
 
 		 116 aa  56.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000263512  normal  0.179413 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3225  ModE family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0023  ModE family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6807  transcriptional regulator, ModE family  46.15 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118536 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4888  ModE family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.448887  hitchhiker  0.00360632 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2731  ModE family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.134416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0011  ModE family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2203  molybdenum-pterin binding domain-containing protein  31 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>