155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2588 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2588  DSBA oxidoreductase  100 
 
 		 201 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0787884  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2187  DSBA oxidoreductase  89.05 
 
 		 201 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3208  DSBA oxidoreductase  72.55 
 
 		 206 aa  310  9e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3151  DSBA oxidoreductase  73.71 
 
 		 206 aa  309  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5264  hypothetical protein  71.14 
 
 		 200 aa  306  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193912  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2477  DSBA oxidoreductase  70.59 
 
 		 206 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2247  DSBA oxidoreductase  71.78 
 
 		 210 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.281612  normal  0.141895 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2632  DSBA oxidoreductase  65.35 
 
 		 203 aa  274  6e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0465832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2652  DSBA oxidoreductase  55.38 
 
 		 218 aa  215  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.34917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0222  DSBA oxidoreductase  45.23 
 
 		 210 aa  167  7e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01440  hypothetical protein  40.51 
 
 		 195 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0193  hypothetical protein  41.03 
 
 		 195 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2624  DSBA oxidoreductase  34.85 
 
 		 197 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730832 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3908  DSBA oxidoreductase  34.34 
 
 		 196 aa  121  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.439347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2808  DSBA oxidoreductase  35.12 
 
 		 204 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2882  DSBA oxidoreductase  35.12 
 
 		 204 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.47421  normal  0.700762 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4196  DSBA oxidoreductase  33.5 
 
 		 197 aa  119  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4723  DSBA oxidoreductase  34.52 
 
 		 196 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.396107  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0819  DSBA oxidoreductase  35.03 
 
 		 197 aa  114  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0094  DSBA oxidoreductase  35.35 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2900  DSBA oxidoreductase  33.17 
 
 		 204 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2386  DSBA oxidoreductase  34.16 
 
 		 197 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.99345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6054  DSBA oxidoreductase  33.66 
 
 		 200 aa  111  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0141  DSBA oxidoreductase  34.16 
 
 		 219 aa  111  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0273  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  35 
 
 		 201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2347  DSBA oxidoreductase  32.35 
 
 		 205 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000115912  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3711  DSBA oxidoreductase  31.12 
 
 		 195 aa  108  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.0949861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1944  DSBA oxidoreductase  34.72 
 
 		 200 aa  106  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0109  DSBA oxidoreductase  33.66 
 
 		 219 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0131  DSBA oxidoreductase  34 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0123  DSBA oxidoreductase  34 
 
 		 201 aa  105  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.553572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0567  DSBA oxidoreductase  33.33 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1916  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  32.32 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5353  DSBA oxidoreductase  32.49 
 
 		 196 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39652  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2249  DSBA oxidoreductase  32.45 
 
 		 208 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.386975  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7385  DSBA oxidoreductase  33.51 
 
 		 208 aa  98.2  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0020  DSBA oxidoreductase  30.21 
 
 		 200 aa  97.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.901494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2567  DSBA oxidoreductase  31.91 
 
 		 208 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2292  DSBA oxidoreductase  31.91 
 
 		 208 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0852078 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1446  DSBA oxidoreductase  31.75 
 
 		 203 aa  95.9  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1378  DSBA oxidoreductase  32.45 
 
 		 195 aa  94.7  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3650  DSBA oxidoreductase  30.77 
 
 		 200 aa  94.7  9e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111173  hitchhiker  0.000000000000173834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2241  putative 2-hydroxychromene-2- carboxylate isomerase family protein  32.29 
 
 		 212 aa  94  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0608  DSBA oxidoreductase  31.96 
 
 		 208 aa  93.2  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.984338 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2015  DSBA oxidoreductase  29.63 
 
 		 204 aa  93.6  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6640  DSBA oxidoreductase  32.98 
 
 		 208 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0485026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1459  DSBA oxidoreductase  31.5 
 
 		 218 aa  92.4  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5356  DSBA oxidoreductase  30.81 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.615074  normal  0.90574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0023  DSBA oxidoreductase  31.37 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2561  DSBA oxidoreductase  28.72 
 
 		 200 aa  89.4  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0916  DSBA oxidoreductase  26.73 
 
 		 207 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0579  DSBA oxidoreductase  31.22 
 
 		 202 aa  89  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3362  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  31.41 
 
 		 202 aa  88.2  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6061  DSBA oxidoreductase  28.64 
 
 		 207 aa  87.8  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0727  DSBA oxidoreductase  30.1 
 
 		 200 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.422782  normal  0.647229 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5257  DSBA oxidoreductase  29.85 
 
 		 213 aa  87.8  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023333 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6005  DSBA oxidoreductase  31.25 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.440782 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2763  DSBA oxidoreductase  30.11 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2615  DSBA oxidoreductase  29.59 
 
 		 204 aa  86.3  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0315  hypothetical protein  28.87 
 
 		 201 aa  85.9  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126619  normal  0.599326 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0018  DSBA oxidoreductase  27.6 
 
 		 203 aa  84.7  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3621  DSBA oxidoreductase  28.5 
 
 		 198 aa  84.7  9e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0500  DSBA oxidoreductase  30.61 
 
 		 201 aa  84  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2478  DSBA oxidoreductase  28.08 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5151  hypothetical protein  29.08 
 
 		 210 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3375  DSBA oxidoreductase  30.41 
 
 		 210 aa  82.4  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.565009 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4027  DSBA oxidoreductase  27.41 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4139  DSBA oxidoreductase  27.41 
 
 		 211 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2829  DSBA oxidoreductase  25.63 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.497522  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0832  DSBA oxidoreductase  24.75 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.109338 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4223  DSBA oxidoreductase  31.41 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.285896 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0744  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase family protein  28.57 
 
 		 201 aa  79.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481495 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0083  DSBA oxidoreductase  27.55 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0411784 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0240  DSBA oxidoreductase  25.63 
 
 		 201 aa  78.2  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4809  DSBA oxidoreductase  31.18 
 
 		 212 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3869  DSBA oxidoreductase  28.36 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0187  DSBA oxidoreductase  31.89 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.153039 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1390  DSBA oxidoreductase  29.53 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00141956  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5568  DSBA oxidoreductase  27.49 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4569  DSBA oxidoreductase  24.12 
 
 		 207 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3344  DSBA oxidoreductase  26.34 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3649  DSBA oxidoreductase  29.63 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149995  hitchhiker  0.000000000000176719 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0100  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  26 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.243641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4931  DSBA oxidoreductase  28.5 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5282  DSBA oxidoreductase  27.37 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5394  DSBA oxidoreductase  31.18 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.458374  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0019  DSBA oxidoreductase  27.23 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5467  DSBA oxidoreductase  31.18 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0340236  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0848  hypothetical protein  24.64 
 
 		 207 aa  75.1  0.0000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537333  normal  0.685229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5350  DSBA oxidoreductase  31.55 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.527741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0187  DSBA oxidoreductase  26.13 
 
 		 201 aa  74.7  0.0000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2968  DSBA oxidoreductase  26.13 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4802  DSBA oxidoreductase  30.65 
 
 		 212 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1326  DSBA oxidoreductase  29.1 
 
 		 232 aa  74.7  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3669  DSBA oxidoreductase  24.88 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.294685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4964  hypothetical protein  36.56 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4818  DSBA oxidoreductase  22.89 
 
 		 208 aa  70.9  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.228616  normal  0.843256 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3822  DSBA oxidoreductase  25.37 
 
 		 199 aa  70.5  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3351  putative isomerase  25.98 
 
 		 218 aa  70.1  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4348  DSBA oxidoreductase  26.11 
 
 		 198 aa  68.9  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>