More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2542 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1867  GMP synthase  68.7 
 
 
518 aa  732    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0327  GMP synthase  72.22 
 
 
520 aa  810    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0361  GMP synthase  71.43 
 
 
520 aa  789    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.190367  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0445  GMP synthase  76.58 
 
 
524 aa  824    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.323324  normal  0.382919 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0899  GMP synthase  70.11 
 
 
520 aa  750    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3123  GMP synthase  61.2 
 
 
516 aa  653    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2498  GMP synthase  87.64 
 
 
565 aa  963    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.78922  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2216  GMP synthase  69.56 
 
 
528 aa  738    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.285654 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1778  GMP synthase  59.92 
 
 
514 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2143  GMP synthase  92.51 
 
 
535 aa  989    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188131  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2931  GMP synthase  75.43 
 
 
521 aa  813    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.114397 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1171  GMP synthase  72.41 
 
 
526 aa  782    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0005  GMP synthase  68.7 
 
 
518 aa  731    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4571  GMP synthase  72.8 
 
 
520 aa  809    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.855441  normal  0.321233 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0782  GMP synthase  60.62 
 
 
516 aa  643    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1901  GMP synthase  61.32 
 
 
517 aa  652    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.783209  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0344  GMP synthase  70.06 
 
 
518 aa  776    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0355  GMP synthase  70.86 
 
 
525 aa  761    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3156  GMP synthase  75.24 
 
 
521 aa  811    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0345833  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1635  GMP synthase  68.7 
 
 
518 aa  731    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.90601  normal  0.444029 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3189  GMP synthase  86.97 
 
 
540 aa  949    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0550  GMP synthase  71.29 
 
 
540 aa  783    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0378  GMP synthase, large subunit  75.82 
 
 
534 aa  817    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.246609 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2221  GMP synthase  64.17 
 
 
535 aa  701    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.333577  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3058  GMP synthase  71.95 
 
 
523 aa  798    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4308  GMP synthase  72.03 
 
 
520 aa  806    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25397  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3063  GMP synthase  87.04 
 
 
535 aa  976    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.83003  normal  0.0562453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2269  GMP synthase  87.79 
 
 
556 aa  959    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541083  normal  0.141727 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2542  GMP synthase  100 
 
 
540 aa  1102    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0964  GMP synthase  77.26 
 
 
518 aa  822    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1375  GMP synthase  66.54 
 
 
520 aa  715    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.497878  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0634  GMP synthase  70.43 
 
 
537 aa  785    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.324774 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1294  GMP synthase  78.61 
 
 
518 aa  834    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141337  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0495  GMP synthase  74.13 
 
 
519 aa  814    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0451  GMP synthase  76.69 
 
 
518 aa  825    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.678653  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0765  GMP synthase  60.62 
 
 
516 aa  642    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1587  GMP synthase  68.97 
 
 
520 aa  734    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0923509 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2895  GMP synthase, large subunit  73.26 
 
 
533 aa  805    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.131714 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1454  GMP synthase, large subunit  59.92 
 
 
514 aa  636    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0229211  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1184  GMP synthase  68.46 
 
 
519 aa  733    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.550912  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1321  GMP synthase  71.56 
 
 
530 aa  795    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.485568 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3211  GMP synthase  68.98 
 
 
541 aa  746    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.689429  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3113  GMP synthase  75.05 
 
 
521 aa  813    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3614  GMP synthase  78.7 
 
 
534 aa  880    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0734832 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3696  GMP synthase  68.57 
 
 
519 aa  743    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.383479  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0328  GMP synthase  71.43 
 
 
520 aa  790    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3517  GMP synthase  73.75 
 
 
520 aa  814    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1525  GMP synthase  60.23 
 
 
518 aa  625  1e-178  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1521  GMP synthase  60.42 
 
 
518 aa  622  1e-177  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2348  GMP synthase  60.81 
 
 
518 aa  623  1e-177  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598137  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1616  GMP synthase  60.42 
 
 
518 aa  620  1e-176  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2315  GMP synthase, large subunit  57.14 
 
 
514 aa  611  9.999999999999999e-175  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0677  GMP synthase, large subunit  56.95 
 
 
522 aa  608  1e-173  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2123  GMP synthase  57.34 
 
 
518 aa  608  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.69459  hitchhiker  0.00100541 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1950  GMP synthase  57.5 
 
 
515 aa  608  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0989  GMP synthase  57.66 
 
 
515 aa  604  1.0000000000000001e-171  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000791006  hitchhiker  0.000562363 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2622  GMP synthase  57.14 
 
 
521 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3125  GMP synthase  56.54 
 
 
515 aa  598  1e-170  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0979227 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1139  GMP synthase  56.6 
 
 
526 aa  598  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.137379 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2547  GMP synthase  58.1 
 
 
538 aa  598  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72593  hitchhiker  0.00733595 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1751  GMP synthase  56.11 
 
 
520 aa  595  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.485294  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1199  GMP synthase  55.53 
 
 
522 aa  597  1e-169  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.651967  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1261  GMP synthase  58.1 
 
 
538 aa  597  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1287  GMP synthase  56.91 
 
 
539 aa  592  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0197854  normal  0.456639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2429  GMP synthase  56.12 
 
 
527 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.357264 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1628  GMP synthase  56.15 
 
 
511 aa  592  1e-168  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.948363  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1708  GMP synthase  56.31 
 
 
527 aa  594  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2132  GMP synthase  56.84 
 
 
512 aa  593  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1312  GMP synthase  55.93 
 
 
527 aa  594  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2063  GMP synthase, large subunit  57.06 
 
 
532 aa  591  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0340406 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1739  GMP synthase  57.03 
 
 
512 aa  590  1e-167  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.929225 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1470  GMP synthase  55.77 
 
 
516 aa  589  1e-167  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000562648  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2058  GMP synthase  56.86 
 
 
599 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3367  GMP synthase  57.14 
 
 
541 aa  590  1e-167  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.179953  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1806  GMP synthase  55.71 
 
 
511 aa  587  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.150874  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1635  GMP synthase  54.98 
 
 
513 aa  587  1e-166  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3458  GMP synthase, large subunit  56.9 
 
 
525 aa  585  1e-166  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.160895 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2496  GMP synthase  55.11 
 
 
515 aa  585  1e-166  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.1964  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2194  GMP synthase  57.23 
 
 
520 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2454  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.476735  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3290  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0624455  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1522  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.403543  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1372  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.588127  normal  0.977185 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2021  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.637137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2546  GMP synthase  56.31 
 
 
547 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.222873  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3013  GMP synthase  56.8 
 
 
540 aa  582  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2292  GMP synthase  57.42 
 
 
520 aa  584  1.0000000000000001e-165  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.817555  normal  0.348975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1270  GMP synthase  55.26 
 
 
525 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0196123  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2402  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.630699  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1292  GMP synthase  56.72 
 
 
539 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1431  GMP synthase  55.96 
 
 
547 aa  581  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00571837  normal  0.0960661 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1308  GMP synthase  56.54 
 
 
539 aa  580  1e-164  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00743911  normal  0.913177 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1463  GMP synthase  56.35 
 
 
539 aa  578  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160024  normal  0.413822 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0421  GMP synthase  53.73 
 
 
523 aa  578  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2358  GMP synthase  54.88 
 
 
525 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1161  GMP synthase, large subunit  53.45 
 
 
525 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0469795  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1622  GMP synthase  56.47 
 
 
534 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.661733  normal  0.281485 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1170  GMP synthase  53.45 
 
 
525 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00961955  normal  0.0544013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2441  GMP synthase  55.12 
 
 
539 aa  576  1.0000000000000001e-163  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3014  GMP synthase  55.38 
 
 
533 aa  576  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0686711  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>