75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2031 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2031  ATPase-like protein  100 
 
 		 621 aa  1263    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1486  ATPase  41.08 
 
 		 796 aa  265  2e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.616225 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0127  ATPase-like protein  45.57 
 
 		 389 aa  251  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3166  ATPase-like protein  39.53 
 
 		 665 aa  219  7.999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2129  ATPase-like protein  26.13 
 
 		 465 aa  88.2  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3156  hypothetical protein  27.01 
 
 		 640 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1442  DNA repair protein RadA  26.62 
 
 		 467 aa  55.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.798431  normal  0.214735 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  25.98 
 
 		 449 aa  55.8  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5342  DNA repair protein RadA  26.3 
 
 		 462 aa  55.1  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  28.11 
 
 		 478 aa  53.5  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0791  ATPase-like protein  26.97 
 
 		 667 aa  53.1  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9143  DNA repair protein RadA  25.61 
 
 		 466 aa  52.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  26.18 
 
 		 445 aa  52.4  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0157  DNA repair protein RadA  24.17 
 
 		 408 aa  52  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2969  hypothetical protein  30.71 
 
 		 412 aa  52  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.746485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  23.83 
 
 		 448 aa  52  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1760  zinc finger CHC2-family protein  27.48 
 
 		 654 aa  51.6  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004338  putative DNA helicase  27.18 
 
 		 283 aa  51.2  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2070  TOPRIM domain-containing protein  33.66 
 
 		 716 aa  51.6  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0458393 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0158  DNA repair protein RadA  24.31 
 
 		 456 aa  50.8  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00234882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  24.21 
 
 		 507 aa  49.7  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  25.11 
 
 		 457 aa  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0820  ATPase  24.12 
 
 		 743 aa  50.1  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429402 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1825  putative DNA helicase  25 
 
 		 299 aa  49.3  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.315744 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1111  DNA repair protein RadA  25.1 
 
 		 457 aa  49.3  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  23.74 
 
 		 457 aa  49.7  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0493  DNA repair protein RadA  26.74 
 
 		 453 aa  49.3  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.119863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0200  DNA repair protein RadA  27.11 
 
 		 457 aa  47.8  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2711  DNA repair protein RadA  26.58 
 
 		 454 aa  47.8  0.0007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012036  Athe_2776  hypothetical protein  22.1 
 
 		 718 aa  47.4  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4259  putative DNA helicase  29.47 
 
 		 248 aa  47.4  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0566  DNA repair protein RadA  27.07 
 
 		 473 aa  47.4  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00646319 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0023  cpp26  25.67 
 
 		 597 aa  47.4  0.0009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.85156  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1212  DNA repair protein RadA  25.75 
 
 		 449 aa  47  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.563327  normal  0.69556 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  22.17 
 
 		 457 aa  46.6  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  24.57 
 
 		 459 aa  46.6  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  25.69 
 
 		 453 aa  46.6  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0309  DNA repair protein RadA  25.3 
 
 		 465 aa  46.2  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.503927  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  25 
 
 		 415 aa  45.8  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3667  hypothetical protein  28.32 
 
 		 518 aa  46.2  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.333104  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3494  hypothetical protein  35.16 
 
 		 404 aa  45.8  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000189556  normal  0.0221167 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0584  DNA repair protein RadA  23.81 
 
 		 518 aa  46.2  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.50622  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  23.16 
 
 		 514 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  23.16 
 
 		 514 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0023  DNA repair protein RadA  24.9 
 
 		 444 aa  46.2  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0179797  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5128  DNA repair protein RadA  25 
 
 		 466 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.764257 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26521  DNA repair protein RadA  26.27 
 
 		 464 aa  46.6  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2542  replication protein A  28.21 
 
 		 292 aa  45.8  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000605873 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4092  DNA repair protein RadA  28.36 
 
 		 455 aa  45.4  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1239  TOPRIM domain-containing protein  32.69 
 
 		 712 aa  45.4  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0951779 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1304  TOPRIM domain-containing protein  32.69 
 
 		 712 aa  45.4  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.973795  normal  0.159231 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2841  TOPRIM domain-containing protein  32.69 
 
 		 712 aa  45.4  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44654 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2601  TOPRIM domain-containing protein  32.69 
 
 		 712 aa  45.1  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4828  DNA repair protein RadA  25 
 
 		 466 aa  45.4  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.822465 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1479  DNA repair protein RadA  26.02 
 
 		 457 aa  45.4  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0327327  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  25.31 
 
 		 465 aa  45.4  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4742  DNA repair protein RadA  25 
 
 		 466 aa  45.4  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  21 
 
 		 453 aa  45.1  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  22.62 
 
 		 453 aa  45.1  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6725  hypothetical protein  30.62 
 
 		 759 aa  45.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.453988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0360  DNA repair protein RadA  25.08 
 
 		 457 aa  44.7  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4351  hypothetical protein  26.78 
 
 		 395 aa  44.7  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00215694 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  23.98 
 
 		 460 aa  44.7  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2671  hypothetical protein  26.63 
 
 		 352 aa  44.7  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00889108  normal  0.143811 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3304  Primase 2  22.58 
 
 		 741 aa  44.7  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.201835  n/a   
 
 
-
 
NC_008764  Pnap_5005  putative DNA helicase  26.67 
 
 		 279 aa  44.7  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.386119  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0603  DNA repair protein RadA  27.8 
 
 		 462 aa  44.7  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.981961  normal  0.107382 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0366  DNA repair protein RadA  25.46 
 
 		 462 aa  44.3  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18348  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0749  DNA repair protein RadA  24.6 
 
 		 441 aa  44.3  0.007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.925672  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0355  hypothetical protein  25.5 
 
 		 255 aa  44.3  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0426919  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  25.24 
 
 		 458 aa  43.9  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15380  replicative helicase, RepA  27.69 
 
 		 292 aa  43.9  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.83585e-16  unclonable  1.14965e-21 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2766  TOPRIM domain-containing protein  33.75 
 
 		 720 aa  43.9  0.008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172125 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0215  hypothetical protein  24.77 
 
 		 445 aa  43.9  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.203001  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8361  DNA repair protein RadA  25 
 
 		 468 aa  43.9  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>