More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2008 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0541  methionyl-tRNA synthetase  62.13 
 
 
519 aa  665    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4187  methionyl-tRNA synthetase  61.61 
 
 
522 aa  662    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0962  methionyl-tRNA synthetase  68.17 
 
 
515 aa  736    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0933149  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0995  methionyl-tRNA synthetase  68.37 
 
 
515 aa  738    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1534  methionyl-tRNA synthetase  61.63 
 
 
530 aa  664    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.410628 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3116  methionyl-tRNA synthetase  81.75 
 
 
514 aa  899    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0588014  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4645  methionyl-tRNA synthetase  62.75 
 
 
515 aa  673    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.975298  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2079  methionyl-tRNA synthetase  69.17 
 
 
515 aa  748    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.87065  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1462  methionyl-tRNA synthetase  90.66 
 
 
544 aa  999    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1514  methionyl-tRNA synthetase  62.08 
 
 
525 aa  661    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1490  methionyl-tRNA synthetase  64.89 
 
 
523 aa  689    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.314343  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6468  methionyl-tRNA synthetase  67.13 
 
 
515 aa  703    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.556327  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1990  methionyl-tRNA synthetase  69.09 
 
 
516 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.950976  hitchhiker  0.0073495 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4703  methionyl-tRNA synthetase  62.01 
 
 
522 aa  653    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.126746  normal  0.0974788 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2681  methionyl-tRNA synthetase  81.17 
 
 
514 aa  894    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.647042 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1930  methionyl-tRNA synthetase  64.03 
 
 
514 aa  695    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.640558  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2705  methionyl-tRNA synthetase  71.71 
 
 
522 aa  784    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6921  methionyl-tRNA synthetase  66.54 
 
 
515 aa  674    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276994  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1290  methionyl-tRNA synthetase  67.51 
 
 
516 aa  730    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.69251  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2717  methionyl-tRNA synthetase  82.46 
 
 
514 aa  901    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2008  methionyl-tRNA synthetase  100 
 
 
659 aa  1356    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0838931  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1802  methionyl-tRNA synthetase  68.9 
 
 
516 aa  733    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10231  normal  0.0193813 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4266  methionyl-tRNA synthetase  62.75 
 
 
515 aa  673    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.345625  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1583  methionyl-tRNA synthetase  70.47 
 
 
517 aa  760    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3113  methionyl-tRNA synthetase  62.04 
 
 
520 aa  659    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.249665  normal  0.181063 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08580  methionyl-tRNA synthetase  58.8 
 
 
541 aa  642    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2158  methionyl-tRNA synthetase  69.09 
 
 
525 aa  736    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.99655  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2533  methionyl-tRNA synthetase  63.99 
 
 
519 aa  684    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0308491  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3236  methionyl-tRNA synthetase  64.24 
 
 
516 aa  698    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4558  methionyl-tRNA synthetase  61.42 
 
 
522 aa  651    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.118201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4327  methionyl-tRNA synthetase  66 
 
 
550 aa  753    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.223881 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11026  methionyl-tRNA synthetase  62.3 
 
 
519 aa  657    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.463568  normal  0.948581 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4352  methionyl-tRNA synthetase  62.75 
 
 
515 aa  673    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0293144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4803  methionyl-tRNA synthetase  63.65 
 
 
511 aa  690    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.688062  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2273  methionyl-tRNA synthetase  63.72 
 
 
519 aa  688    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000444544 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4100  methionyl-tRNA synthetase  75.17 
 
 
722 aa  913    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.631035  normal  0.0384097 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0820  methionyl-tRNA synthetase  60.71 
 
 
519 aa  666    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0770055  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1701  methionyl-tRNA synthetase  58.02 
 
 
519 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0498077  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0486  methionyl-tRNA synthetase  57 
 
 
523 aa  596  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0972  methionyl-tRNA synthetase  54.01 
 
 
511 aa  578  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1259  methionyl-tRNA synthetase  55.62 
 
 
527 aa  579  1e-164  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0649493  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0029  methionyl-tRNA synthetase  52.65 
 
 
512 aa  574  1.0000000000000001e-162  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.743063  normal  0.0950714 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1939  methionyl-tRNA synthetase  55.32 
 
 
521 aa  573  1.0000000000000001e-162  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_29029  predicted protein  49.35 
 
 
574 aa  547  1e-154  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1000  methionyl-tRNA synthetase  46.86 
 
 
506 aa  520  1e-146  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0807  methionyl-tRNA synthetase  46.29 
 
 
506 aa  513  1e-144  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2321  methionyl-tRNA synthetase  48.04 
 
 
509 aa  502  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000064425  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1949  methionyl-tRNA synthetase  48.03 
 
 
508 aa  496  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.110203  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2232  methionyl-tRNA synthetase  47.57 
 
 
510 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.431065  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0066  methionyl-tRNA synthetase  46.27 
 
 
632 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000521971  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0352  methionyl-tRNA synthetase  43.85 
 
 
545 aa  486  1e-136  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.338459  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3207  methionyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 
509 aa  482  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000597609  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1056  methionyl-tRNA synthetase  48.33 
 
 
509 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000270708 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0128  methionyl-tRNA synthetase  47.27 
 
 
650 aa  476  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000783903  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0033  methionyl-tRNA synthetase  45.99 
 
 
648 aa  478  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.984575  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1662  methionyl-tRNA synthetase  47.65 
 
 
506 aa  479  1e-133  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1694  methionyl-tRNA synthetase  46.59 
 
 
511 aa  475  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00103031  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3156  methionyl-tRNA synthetase  46.17 
 
 
509 aa  472  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000108199  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5273  methionyl-tRNA synthetase  44.96 
 
 
660 aa  474  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0036  methionyl-tRNA synthetase  44.32 
 
 
660 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0307  methionyl-tRNA synthetase  45.3 
 
 
653 aa  469  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0034  methionyl-tRNA synthetase  44.57 
 
 
660 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0034  methionyl-tRNA synthetase  44.57 
 
 
660 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0047  methionyl-tRNA synthetase  44.7 
 
 
660 aa  470  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0033  methionyl-tRNA synthetase  44.38 
 
 
660 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0043  methionyl-tRNA synthetase  44.77 
 
 
660 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0043  methionyl-tRNA synthetase  44.57 
 
 
660 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1559  methionyl-tRNA synthetase  46.14 
 
 
628 aa  469  1.0000000000000001e-131  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0981514  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0037  methionyl-tRNA synthetase  44.38 
 
 
660 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0033  methionyl-tRNA synthetase  44.02 
 
 
659 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.89538  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0036  methionyl-tRNA synthetase  44.38 
 
 
660 aa  468  9.999999999999999e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0031  methionyl-tRNA synthetase  45.4 
 
 
650 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2115  methionyl-tRNA synthetase  46.97 
 
 
512 aa  467  9.999999999999999e-131  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000589281  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1187  methionyl-tRNA synthetase  44.55 
 
 
634 aa  468  9.999999999999999e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00127744  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1239  methionyl-tRNA synthetase  46.33 
 
 
645 aa  464  1e-129  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1732  methionyl-tRNA synthetase  45.08 
 
 
629 aa  463  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.210684  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1659  methionyl-tRNA synthetase  45.08 
 
 
629 aa  463  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000413814  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2096  methionyl-tRNA synthetase  46.44 
 
 
654 aa  460  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0048  methionyl-tRNA synthetase  46.89 
 
 
651 aa  460  9.999999999999999e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000300514  hitchhiker  0.00000703201 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0065  methionyl-tRNA synthetase  48.32 
 
 
518 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000885531  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0067  methionyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 
647 aa  456  1e-127  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000025899  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0796  methionyl-tRNA synthetase  45.69 
 
 
650 aa  455  1.0000000000000001e-126  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0524  methionyl-tRNA synthetase  44.29 
 
 
657 aa  449  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0511  methionyl-tRNA synthetase  44.29 
 
 
657 aa  449  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0633503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0043  methionyl-tRNA synthetase  43.44 
 
 
655 aa  451  1e-125  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0256  methionyl-tRNA synthetase  45.65 
 
 
634 aa  449  1e-125  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.744467  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0128  methionyl-tRNA synthetase  43.98 
 
 
656 aa  447  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20300  methionyl-tRNA synthetase  43.66 
 
 
653 aa  446  1.0000000000000001e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000027518  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0049  methionyl-tRNA synthetase  43.88 
 
 
645 aa  447  1.0000000000000001e-124  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000287272  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0205  methionyl-tRNA synthetase  42.59 
 
 
681 aa  446  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.31302  normal  0.0889763 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0210  methionyl-tRNA synthetase  44.66 
 
 
675 aa  446  1.0000000000000001e-124  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1196  methionyl-tRNA synthetase  46.86 
 
 
647 aa  443  1e-123  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2030  methionyl-tRNA synthetase  45.74 
 
 
671 aa  439  9.999999999999999e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0176  methionyl-tRNA synthetase  45.02 
 
 
528 aa  439  9.999999999999999e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0041  methionyl-tRNA synthetase  46.51 
 
 
516 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.367271  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0106  methionyl-tRNA synthetase  47 
 
 
533 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000102629  hitchhiker  0.0000228434 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1557  methionyl-tRNA synthetase  43.55 
 
 
665 aa  437  1e-121  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3171  methionyl-tRNA synthetase  44.01 
 
 
530 aa  435  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0842  methionyl-tRNA synthetase  43.83 
 
 
666 aa  434  1e-120  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0485  methionyl-tRNA synthetase  43.07 
 
 
667 aa  433  1e-120  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>