182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1935 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1935  hypothetical protein  100 
 
 
272 aa  549  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.774934  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1035  universal stress protein UspA  74.45 
 
 
274 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3434  hypothetical protein  45.26 
 
 
275 aa  249  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2220  UspA domain-containing protein  38.99 
 
 
277 aa  201  8e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3500  UspA domain-containing protein  41.79 
 
 
270 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3807  UspA domain protein  41.43 
 
 
270 aa  193  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6135  UspA domain protein  42.24 
 
 
270 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3883  UspA domain protein  41.07 
 
 
270 aa  191  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29253  normal  0.0935727 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2621  UspA domain-containing protein  43.21 
 
 
268 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55549  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4817  UspA domain protein  39.71 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0427  UspA domain-containing protein  38.27 
 
 
271 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0097  UspA domain protein  39.71 
 
 
271 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2617  UspA domain-containing protein  37.45 
 
 
271 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.213655  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0430  UspA domain-containing protein  39.29 
 
 
269 aa  175  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.495581  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3885  UspA domain protein  37.45 
 
 
271 aa  175  8e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0599221 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2630  UspA domain-containing protein  38.49 
 
 
272 aa  170  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0440  UspA domain-containing protein  36.69 
 
 
272 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.713184  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0489  UspA domain-containing protein  37.18 
 
 
272 aa  160  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2567  UspA domain-containing protein  37.18 
 
 
270 aa  157  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.0044371  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1367  hypothetical protein  35.84 
 
 
276 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4723  UspA domain protein  34.64 
 
 
278 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.973873  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5229  UspA domain protein  37.09 
 
 
271 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000806741  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1555  UspA domain protein  35.27 
 
 
270 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1355  UspA domain-containing protein  35.27 
 
 
313 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.574813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1913  hypothetical protein  33.81 
 
 
278 aa  151  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.082206  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0395  UspA domain-containing protein  35.38 
 
 
270 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.275124  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1346  hypothetical protein  34.18 
 
 
274 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.658073  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2880  UspA domain-containing protein  34.18 
 
 
271 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0194  UspA domain-containing protein  34.91 
 
 
270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1300  UspA domain protein  34.98 
 
 
278 aa  145  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085168  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6131  UspA domain-containing protein  35.27 
 
 
271 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2790  hypothetical protein  32.85 
 
 
277 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4049  hypothetical protein  32.98 
 
 
274 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.36673  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3269  UspA domain-containing protein  35.38 
 
 
271 aa  132  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.17581  normal  0.400144 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0423  UspA domain protein  35.11 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.892038  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1854  hypothetical protein  33.45 
 
 
278 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.796292  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1135  UspA domain-containing protein  36.3 
 
 
277 aa  115  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5579  UspA domain protein  31.1 
 
 
278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.961326 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6312  UspA domain protein  31.71 
 
 
281 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1339  hypothetical protein  30.85 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.305203  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1143  hypothetical protein  35.07 
 
 
276 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1142  hypothetical protein  30.24 
 
 
279 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1345  hypothetical protein  31.54 
 
 
277 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4520  Universal stress protein UspA family UspA14  41.67 
 
 
274 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0108751  decreased coverage  0.00456228 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4438  hypothetical protein  34.33 
 
 
268 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2605  hypothetical protein  29.12 
 
 
279 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.490664  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1133  UspA domain-containing protein  28.87 
 
 
279 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2353  UspA domain-containing protein  32.84 
 
 
276 aa  105  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366598  normal  0.604347 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4050  hypothetical protein  30.43 
 
 
277 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.946948  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5897  UspA domain-containing protein  32.52 
 
 
279 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.793802  normal  0.290079 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5814  UspA domain-containing protein  35.15 
 
 
278 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.128092 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1452  UspA domain protein  38.15 
 
 
282 aa  102  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4744  hypothetical protein  29.21 
 
 
276 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1366  hypothetical protein  31.18 
 
 
277 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1566  universal stress protein family protein  30.82 
 
 
279 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57632  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4282  UspA domain-containing protein  31.67 
 
 
277 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.132109 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6199  UspA domain-containing protein  31.25 
 
 
277 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.320687  normal  0.442079 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3814  UspA domain-containing protein  32.03 
 
 
277 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.360617  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3817  UspA domain-containing protein  31.47 
 
 
279 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16777  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7779  putative UspA  34.29 
 
 
242 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0208146  normal  0.10666 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0952  universal stress protein UspA  34.3 
 
 
264 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.511261  normal  0.862568 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0348  hypothetical protein  29.71 
 
 
274 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00425417 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5815  UspA domain-containing protein  28.11 
 
 
279 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.123141 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0185  hypothetical protein  31.83 
 
 
279 aa  99.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.123321 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2612  hypothetical protein  41.62 
 
 
291 aa  99  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.12045  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0708  hypothetical protein  29.45 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.560113  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2431  universal stress protein family protein  29.45 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0754  universal stress family protein  29.45 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.576046  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4285  UspA domain-containing protein  31.21 
 
 
279 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.870275  normal  0.299211 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1233  universal stress family protein  29.45 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.705496  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1159  universal stress family protein  29.45 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1719  universal stress family protein  29.45 
 
 
279 aa  98.2  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3435  putative UspA stress protein  38.25 
 
 
278 aa  98.2  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.34254  normal  0.52884 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4724  UspA domain protein  30.82 
 
 
277 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1852  hypothetical protein  34.51 
 
 
275 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3114  hypothetical protein  34.3 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.936734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3584  hypothetical protein  29.39 
 
 
278 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1416  UspA domain protein  30.53 
 
 
280 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7291  putative universal stress protein UspA  28.42 
 
 
274 aa  96.3  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.103507  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1926  hypothetical protein  32.59 
 
 
277 aa  95.5  8e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.295242  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1168  hypothetical protein  30.65 
 
 
279 aa  95.5  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0706  hypothetical protein  29.79 
 
 
278 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.566487  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2429  universal stress protein family protein  29.79 
 
 
278 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1529  UspA domain protein  30.82 
 
 
287 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.459492 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1231  universal stress family protein  29.79 
 
 
279 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.709922  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1157  universal stress family protein  29.79 
 
 
279 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0939  UspA domain-containing protein  34.48 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.799371  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1732  hypothetical protein  28.62 
 
 
284 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582534  normal  0.0358146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4566  UspA domain protein  30.66 
 
 
279 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.564371  normal  0.196949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2574  hypothetical protein  29.88 
 
 
267 aa  93.6  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1314  UspA domain-containing protein  35.61 
 
 
292 aa  93.6  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624966  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4433  UspA domain protein  30.66 
 
 
279 aa  93.6  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3504  UspA domain-containing protein  34.87 
 
 
286 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0778665  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1592  UspA domain protein  30.45 
 
 
280 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.757336  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2305  UspA domain-containing protein  39.04 
 
 
308 aa  92.8  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3811  UspA domain protein  36.41 
 
 
286 aa  92.4  7e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.860312 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4709  hypothetical protein  30.69 
 
 
278 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1568  universal stress protein family protein  29.66 
 
 
278 aa  91.7  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.801358  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0381  UspA domain protein  26.1 
 
 
274 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0466978  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0446  hypothetical protein  29.32 
 
 
274 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.179985  normal  0.962231 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>