More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1405 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



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Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3058  major facilitator superfamily permease  68.53 
 
 		 527 aa  658    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0549474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1152  major facilitator transporter  81.89 
 
 		 516 aa  727    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0257451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1405  major facilitator transporter  100 
 
 		 519 aa  1006    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1958  major facilitator transporter  64.35 
 
 		 530 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3496  MFS transporter  64.35 
 
 		 531 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2086  major facilitator superfamily MFS_1  67.7 
 
 		 547 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.389714  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1794  major facilitator transporter  71.04 
 
 		 525 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0821089 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2009  major facilitator transporter  46.11 
 
 		 512 aa  376  1e-103  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.192597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1542  major facilitator superfamily MFS_1  43.74 
 
 		 498 aa  332  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1340  major facilitator transporter  43.1 
 
 		 614 aa  330  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.407656  normal  0.251685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3490  major facilitator transporter  43.06 
 
 		 503 aa  307  4.0000000000000004e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.691229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4335  EmrB/QacA family drug resistance transporter  40.26 
 
 		 483 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1388  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.42 
 
 		 483 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4425  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39 
 
 		 483 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146647  normal  0.357206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1028  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.91 
 
 		 483 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.634124  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1314  EmrB/QacA subfamily drug resistance transporter  38.89 
 
 		 535 aa  278  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00952843  normal  0.308238 
 
 
-
 
NC_003296  RS05301  integral membrane transmembrane protein  39.03 
 
 		 520 aa  268  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  35.98 
 
 		 494 aa  268  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0275  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  37.78 
 
 		 539 aa  268  2e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.269312  normal  0.0148555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4300  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  37.87 
 
 		 504 aa  265  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4154  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.68 
 
 		 526 aa  264  3e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4266  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.68 
 
 		 526 aa  264  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.657921 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03040  putative MFS transporter  39.12 
 
 		 501 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.479989  hitchhiker  0.0000743098 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.57 
 
 		 565 aa  263  8e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  36.4 
 
 		 515 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0017  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.46 
 
 		 528 aa  259  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4479  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.68 
 
 		 505 aa  258  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4163  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.81 
 
 		 676 aa  256  7e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.84 
 
 		 569 aa  256  7e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4004  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.82 
 
 		 498 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.074494 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.05 
 
 		 530 aa  251  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05770  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.99 
 
 		 528 aa  249  8e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.148276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3709  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.91 
 
 		 522 aa  248  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.486595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3291  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  40.71 
 
 		 666 aa  244  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.47407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  39.8 
 
 		 535 aa  244  3e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.62 
 
 		 680 aa  243  7e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0763  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.09 
 
 		 641 aa  242  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5244  major facilitator superfamily transporter  34.89 
 
 		 513 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.19 
 
 		 682 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.19 
 
 		 682 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.19 
 
 		 682 aa  239  6.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5185  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  35.63 
 
 		 525 aa  238  1e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.804488  normal  0.490544 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08840  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.48 
 
 		 592 aa  238  2e-61  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3298  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.77 
 
 		 538 aa  237  3e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4672  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.19 
 
 		 593 aa  238  3e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.349364  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5086  major facilitator transporter  37.79 
 
 		 529 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0190759  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.05 
 
 		 504 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2169  EmrB/QacA family drug resistance transporter  37.38 
 
 		 554 aa  236  8e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1424  major facilitator family transporter  36.48 
 
 		 537 aa  236  9e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000410629  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  34.62 
 
 		 491 aa  236  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2747  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.4 
 
 		 500 aa  236  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4090  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.73 
 
 		 523 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.588022  normal  0.0353646 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1299  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.81 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1016  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.19 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.80336  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0550  EmrB/QacA family drug resistance transporter  39.19 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.976745  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0279  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.81 
 
 		 504 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.2584  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3945  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.9 
 
 		 528 aa  234  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00181565  hitchhiker  0.00620132 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3321  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.14 
 
 		 650 aa  233  5e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.157992  normal  0.0742968 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2533  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.81 
 
 		 519 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.65 
 
 		 509 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.65 
 
 		 509 aa  233  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.22 
 
 		 685 aa  233  7.000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0241  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.94 
 
 		 523 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.232516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1356  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.18 
 
 		 504 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.991135  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2339  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.95 
 
 		 918 aa  231  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00297311  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1278  EmrB/QacA family drug resistance transporter  38.56 
 
 		 504 aa  231  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1015  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.33 
 
 		 561 aa  230  6e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.1 
 
 		 504 aa  229  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4024  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.91 
 
 		 509 aa  229  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179138  normal  0.623334 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.44 
 
 		 504 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4512  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.88 
 
 		 504 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2480  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34 
 
 		 504 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0339  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.67 
 
 		 554 aa  227  4e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.12 
 
 		 697 aa  226  7e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3811  major facilitator superfamily MFS_1  36.62 
 
 		 512 aa  226  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2504  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.84 
 
 		 501 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300835 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4140  major facilitator superfamily MFS_1  36.43 
 
 		 512 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.347022  normal  0.239769 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3147  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  32.77 
 
 		 541 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4056  EmrB/QacA family drug resistance transporter  34.88 
 
 		 509 aa  225  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.010273  normal  0.647251 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0043  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33 
 
 		 504 aa  224  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.258133  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1928  major facilitator transporter  33.93 
 
 		 539 aa  224  4e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00178599  normal  0.278275 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1134  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.25 
 
 		 513 aa  223  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000214385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4105  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.25 
 
 		 513 aa  223  6e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00176585  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0717  EmrB/QacA family drug resistance transporter  36.87 
 
 		 558 aa  223  7e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.770491 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0306  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.34 
 
 		 555 aa  223  7e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1250  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.83 
 
 		 567 aa  222  9.999999999999999e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000544425 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3910  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.31 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000020213  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3742  multidrug-efflux transporter  31.31 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000625397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3758  multidrug-efflux transporter  31.31 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000783495  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1199  putative multidrug transporter  31.93 
 
 		 477 aa  222  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.467724  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_4216  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.31 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000209346  n/a   
 
 
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NC_011773  BCAH820_4018  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.31 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_3829  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.31 
 
 		 513 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000236934  n/a   
 
 
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NC_008541  Arth_1179  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.08 
 
 		 538 aa  222  9.999999999999999e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00903391  n/a   
 
 
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NC_013174  Jden_0391  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  33.98 
 
 		 530 aa  222  9.999999999999999e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.979828  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_4051  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.31 
 
 		 513 aa  221  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000130909  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A4122  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  31.31 
 
 		 513 aa  221  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000107671  n/a   
 
 
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NC_009664  Krad_4278  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.87 
 
 		 685 aa  221  3e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00129972  normal  0.114111 
 
 
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NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  36.07 
 
 		 685 aa  220  5e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013205  Aaci_2605  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  34.94 
 
 		 506 aa  220  5e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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