71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0284 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0284  phage integrase  100 
 
 		 563 aa  1152    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1478  integrase family protein  30.6 
 
 		 529 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5385  integrase family protein  38.94 
 
 		 599 aa  210  4e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.449593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0818  integrase family protein  30.12 
 
 		 529 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7504  integrase family protein  32.37 
 
 		 538 aa  198  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0256  phage integrase family site specific recombinase  27.56 
 
 		 584 aa  190  5.999999999999999e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1486  integrase domain-containing protein  30.53 
 
 		 515 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0243  integrase family protein  34.86 
 
 		 509 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4247  integrase family protein  28.47 
 
 		 567 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0190  hypothetical protein  30.31 
 
 		 558 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1030  integrase family protein  30.55 
 
 		 424 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4209  integrase domain-containing protein  33.02 
 
 		 310 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.50745 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4889  integrase family protein  32.48 
 
 		 441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.467938  normal  0.240701 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0349  integrase family protein  26.4 
 
 		 560 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1802  phage integrase family protein  26.11 
 
 		 538 aa  80.5  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3316  Phage integrase  26.37 
 
 		 566 aa  79  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0888  integrase family protein  27.96 
 
 		 687 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00241878  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4261  hypothetical protein  32.49 
 
 		 564 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.157557  hitchhiker  0.00000000178827 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003902  integrase  29.76 
 
 		 566 aa  76.3  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1072  hypothetical protein  28.57 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.175611  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0674  Phage integrase  26.91 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0438  phage integrase  27.63 
 
 		 533 aa  66.6  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0285557  unclonable  0.0000000000000141533 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3526  Phage integrase  25 
 
 		 559 aa  65.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00532036  hitchhiker  0.00586759 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3997  integrase family protein  27.5 
 
 		 581 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2367  integrase family protein  26.16 
 
 		 602 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.211693  normal  0.0605063 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3007  integrase family protein  23.56 
 
 		 436 aa  62.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2130  phage integrase  30.77 
 
 		 563 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2942  integrase family protein  24 
 
 		 508 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0692889 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2183  integrase family protein  24 
 
 		 508 aa  61.6  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.608923  hitchhiker  0.000529496 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0215  integrase family protein  26.12 
 
 		 550 aa  62  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1749  integrase family protein  28.95 
 
 		 434 aa  60.8  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000110171  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2466  hypothetical protein  23.16 
 
 		 430 aa  60.1  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.150601  normal  0.0506751 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0436  hypothetical protein  37.08 
 
 		 99 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0725  phage integrase  27.82 
 
 		 619 aa  58.9  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0011564  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2470  phage integrase  23.25 
 
 		 564 aa  58.2  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2361  putative integrase/resolvase recombinase protein phage-related integrase  29.52 
 
 		 605 aa  57.4  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0462  integrase family protein  21.18 
 
 		 439 aa  56.6  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.853167  normal  0.68742 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5416  integrase family protein  25.81 
 
 		 588 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.659753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43140  phage integrase-like protein  30.61 
 
 		 602 aa  56.2  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6546  hypothetical protein  31.18 
 
 		 441 aa  54.7  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  hitchhiker  0.00680658 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1333  hypothetical protein  24.26 
 
 		 381 aa  53.9  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0100601  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3590  integrase family protein  25.75 
 
 		 441 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0646  integrase family protein  21.89 
 
 		 456 aa  53.5  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0135958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3951  hypothetical protein  29.41 
 
 		 472 aa  53.5  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0236614 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2100  putative integrase  23.92 
 
 		 529 aa  53.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1730  hypothetical protein  38.14 
 
 		 616 aa  53.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06825  integrase  22.1 
 
 		 386 aa  52.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1796  phage integrase family protein  25 
 
 		 499 aa  51.2  0.00006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4718  integrase family protein  29.86 
 
 		 602 aa  50.8  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.23108 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1653  phage integrase family protein  25.44 
 
 		 482 aa  50.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000510818  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1411  hypothetical protein  22.62 
 
 		 527 aa  50.4  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.576963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2641  phage integrase family protein  30.26 
 
 		 426 aa  49.7  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.466932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6757  lambda integrase-like/ DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core  23.95 
 
 		 618 aa  49.3  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6399  integrase family protein  27.5 
 
 		 509 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.346311 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0882  hypothetical protein  31 
 
 		 692 aa  47.4  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  22.63 
 
 		 298 aa  47.4  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  22.63 
 
 		 298 aa  47.4  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1229  hypothetical protein  21.27 
 
 		 406 aa  47.4  0.0008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.505856  normal  0.279847 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1302  Phage integrase  27.62 
 
 		 565 aa  46.2  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542121 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1505  phage integrase family protein  30.6 
 
 		 582 aa  46.2  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0668751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0954  integrase family protein  28.47 
 
 		 388 aa  47  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1799  integrase family protein  28.67 
 
 		 531 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0370566  normal  0.65053 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5789  site-specific recombinase, phage integrase family  25.14 
 
 		 556 aa  45.8  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0342  integrase family protein  27.04 
 
 		 229 aa  45.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4527  phage integrase family site specific recombinase  25.14 
 
 		 649 aa  45.4  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.259982  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0967  putative phage-related integrase  24.27 
 
 		 412 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.158008  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0808  phage integrase family site specific recombinase  24.27 
 
 		 452 aa  44.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1321  hypothetical protein  26.38 
 
 		 588 aa  44.3  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4249  phage integrase  24.64 
 
 		 587 aa  44.3  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.184605  hitchhiker  0.00000000381529 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4098  integrase family protein  27.33 
 
 		 589 aa  43.9  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.535062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1447  integrase family protein  25.5 
 
 		 430 aa  43.9  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>