69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5016 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5016  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 
64 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2699  excisionase/Xis, DNA-binding  88.89 
 
 
67 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0276  excisionase family DNA binding domain-containing protein  89.66 
 
 
73 aa  105  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.42155  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4424  DNA binding domain protein, excisionase family  89.66 
 
 
68 aa  104  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0819  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  83.05 
 
 
65 aa  102  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0579  hypothetical protein  87.93 
 
 
79 aa  102  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0258  DNA binding domain-containing protein  82.26 
 
 
74 aa  100  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.453374  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4511  DNA binding domain-containing protein  88.89 
 
 
88 aa  99.8  1e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.812065  hitchhiker  0.00570166 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4091  DNA binding domain-containing protein  88.89 
 
 
90 aa  99  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.446784 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6709  DNA binding domain protein, excisionase family  79.31 
 
 
72 aa  94.4  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0931  DNA binding domain protein, excisionase family  86.27 
 
 
68 aa  92.4  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03000  DNA-binding protein, excisionase family  87.76 
 
 
69 aa  90.5  8e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.17033  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4391  DNA binding domain protein, excisionase family  71.19 
 
 
67 aa  89.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2905  DNA binding domain protein, excisionase family  78.18 
 
 
71 aa  88.6  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.616527  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2751  excisionase/Xis, DNA-binding  71.93 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0704152  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8997  hypothetical protein  69.49 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.944138  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0099  excisionase/Xis, DNA-binding  73.21 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.51311 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7205  DNA binding domain-containing protein  73.21 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0300475  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3086  DNA binding domain protein, excisionase family  78.95 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3348  excisionase family DNA binding domain-containing protein  70.18 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.401166 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0294  DNA binding domain protein, excisionase family  70.18 
 
 
67 aa  87.4  6e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0161  DNA binding domain-containing protein  77.36 
 
 
69 aa  87.4  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.177228  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0170  DNA binding domain-containing protein  77.36 
 
 
69 aa  87.4  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.996607  hitchhiker  0.0018108 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2068  DNA binding domain-containing protein  72.73 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0301  DNA binding domain protein, excisionase family  70.18 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2159  DNA binding domain protein, excisionase family  72.22 
 
 
72 aa  85.9  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5979  DNA binding domain-containing protein, excisionase family  78 
 
 
75 aa  85.1  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.553184 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4385  DNA binding domain-containing protein  70.69 
 
 
83 aa  84.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34060  DNA-binding protein, excisionase family  78 
 
 
76 aa  84.3  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.910239  normal  0.267084 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0693  DNA binding domain protein, excisionase family  71.7 
 
 
79 aa  84.3  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0633565  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2349  DNA binding domain protein, excisionase family  72.55 
 
 
79 aa  81.6  0.000000000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1042  DNA binding domain protein, excisionase family  71.15 
 
 
82 aa  80.5  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08990  DNA-binding protein, excisionase family  62.96 
 
 
72 aa  71.2  0.000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.269526  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4676  DNA binding domain protein, excisionase family  62.5 
 
 
80 aa  65.1  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.272297  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2000  DNA binding domain protein, excisionase family  57.41 
 
 
212 aa  64.7  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.27976  normal  0.357405 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9401  hypothetical protein  60.78 
 
 
74 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4926  merR family DNA-binding response regulator  45.45 
 
 
192 aa  58.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1619  DNA-binding response regulator  54 
 
 
185 aa  57  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.208637  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1644  regulatory protein MerR  61.54 
 
 
41 aa  56.6  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.356829  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6401  DNA binding domain protein, excisionase family  49.02 
 
 
279 aa  53.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.566174  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1504  DNA binding domain protein, excisionase family  44.44 
 
 
77 aa  51.2  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3943  DNA binding domain protein, excisionase family  52.27 
 
 
203 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000130893  normal  0.0337021 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3893  DNA binding domain protein, excisionase family  52.27 
 
 
203 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1649  hypothetical protein  42.11 
 
 
71 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0606557  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3366  DNA binding domain protein, excisionase family  39.58 
 
 
71 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5448  hypothetical protein  42.11 
 
 
71 aa  47  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.289379  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1270  Resolvase domain protein  47.37 
 
 
195 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1808  DNA binding domain protein, excisionase family  48 
 
 
219 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1219  DNA binding domain protein, excisionase family  43.64 
 
 
201 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1911  DNA binding domain-containing protein  44 
 
 
216 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1174  DNA binding domain protein, excisionase family  46 
 
 
219 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.122691  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3670  DNA binding domain-containing protein  47.73 
 
 
201 aa  44.3  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.635315  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1938  excisionase family DNA-binding response regulator  37.25 
 
 
190 aa  43.5  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440271  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2771  hypothetical protein  39.29 
 
 
70 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604646  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2583  hypothetical protein  39.29 
 
 
70 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.011334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1872  hypothetical protein  38.18 
 
 
75 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0842  resolvase domain-containing protein  40.74 
 
 
196 aa  42.7  0.001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0658  hypothetical protein  38.6 
 
 
215 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1564  hypothetical protein  38.6 
 
 
215 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.20655  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1000  Resolvase domain protein  40 
 
 
206 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0589477 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2935  Resolvase domain protein  40 
 
 
206 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1220  DNA binding domain protein, excisionase family  44.44 
 
 
201 aa  43.5  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1304  transposon resolvase  43.75 
 
 
209 aa  42.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0311544  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1548  molybdenum-pterin binding protein  41.82 
 
 
137 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207471  normal  0.138773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1537  response regulator receiver protein  38.18 
 
 
272 aa  42  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3543  DNA binding domain-containing protein  35.71 
 
 
207 aa  41.2  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000932058  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0733  response regulator receiver protein  48.94 
 
 
215 aa  40.8  0.006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2705  DNA binding domain protein, excisionase family  34.43 
 
 
75 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2084  regulatory protein MerR  44.19 
 
 
94 aa  40.4  0.009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>