122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3957 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3957  ribonuclease BN  100 
 
 
374 aa  717    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.707734  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4202  ribonuclease BN  47.77 
 
 
341 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1264  membrane protein-like protein  45.8 
 
 
311 aa  206  5e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0663  ribonuclease BN  46.13 
 
 
411 aa  195  1e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.362248  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0671  ribonuclease BN  50 
 
 
315 aa  192  6e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.157242 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5966  ribonuclease BN  44.65 
 
 
390 aa  181  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.172061 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0087  ribonuclease  34.3 
 
 
338 aa  154  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0083  ribonuclease  34.3 
 
 
338 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3919  putative ribonuclease  32.5 
 
 
341 aa  152  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.431008  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3826  putative ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  6e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.135959 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03370  conserved inner membrane protein  32.16 
 
 
337 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0762767  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0191  ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  7e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3725  putative ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0195  ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119003  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03323  hypothetical protein  32.16 
 
 
337 aa  149  7e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.1002  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4010  putative ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3927  putative ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4885  putative ribonuclease  32.16 
 
 
337 aa  149  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4744  putative ribonuclease  32.48 
 
 
339 aa  144  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6469  ribonuclease  36.36 
 
 
339 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4056  ribonuclease BN-like family protein  30.71 
 
 
361 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0106  ribonuclease  30.71 
 
 
366 aa  144  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3886  ribonuclease  33.21 
 
 
332 aa  143  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05300  ribonuclease, putative  39.21 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4870  putative ribonuclease  31.83 
 
 
346 aa  139  6e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0433032  normal  0.0967189 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4075  hypothetical protein  29.64 
 
 
357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.90745  normal  0.0226711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4073  ribonuclease  34.02 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3815  putative ribonuclease  32.49 
 
 
342 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3880  putative ribonuclease  32.49 
 
 
342 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3924  putative ribonuclease  32.49 
 
 
342 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3802  putative ribonuclease  32.49 
 
 
342 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3983  putative ribonuclease  32.49 
 
 
342 aa  132  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.344715 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1295  ribonuclease  31.77 
 
 
361 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.381565 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1213  hypothetical protein  33.22 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.158916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1230  putative ribonuclease  33.22 
 
 
339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1769  ribonuclease BN  28.52 
 
 
377 aa  124  3e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1561  putative ribonuclease  33.33 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.285533 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0950  ribonuclease  29.33 
 
 
332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1240  putative ribonuclease  30.47 
 
 
343 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.35918 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4405  ribonuclease BN  34.35 
 
 
343 aa  104  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14240  predicted membrane protein  33.83 
 
 
352 aa  105  2e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00629012  normal  0.0181744 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1012  ribonuclease BN  31.1 
 
 
344 aa  94.4  3e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5550  membrane protein-like protein  35.47 
 
 
302 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.989573  normal  0.0897553 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0898  ribonuclease BN  32.03 
 
 
307 aa  92  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0551761 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2955  ribonuclease BN  30.74 
 
 
389 aa  87.8  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00451533  decreased coverage  0.000148448 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25840  predicted membrane protein  28.61 
 
 
375 aa  84.3  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.200788  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13368  integral membrane protein  28.83 
 
 
289 aa  83.6  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3429  ribonuclease BN  29.78 
 
 
320 aa  78.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3967  ribonuclease BN  31.46 
 
 
357 aa  73.6  0.000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.565971 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0799  ribonuclease BN  30.71 
 
 
367 aa  73.2  0.000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1198  ribonuclease BN  27.31 
 
 
324 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000216425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0297  ribonuclease BN  23.33 
 
 
291 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.421979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0352  ribonuclease BN  25.97 
 
 
387 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.062974  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0362  ribonuclease BN  25.97 
 
 
387 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.888371 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0341  ribonuclease BN  25.97 
 
 
387 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0743  ribonuclease BN  30.57 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183226  hitchhiker  0.000468275 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2530  ribonuclease BN  24.19 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1124  ribonuclease BN  27.17 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3921  putative ribonuclease BN  21 
 
 
360 aa  63.5  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00855127  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0143  hypothetical protein  25.87 
 
 
266 aa  61.2  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.23892  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0979  putative ribonuclease BN  28.92 
 
 
282 aa  60.1  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0817  ribonuclease BN  27.59 
 
 
315 aa  59.7  0.00000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3922  ribonuclease BN  25.91 
 
 
370 aa  58.9  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.644027  normal  0.211181 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4548  ribonuclease BN  34.56 
 
 
349 aa  59.3  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.79228  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5288  ribonuclease BN  27.15 
 
 
316 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.795849  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2460  ribonuclease BN, putative  28.57 
 
 
397 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  23.94 
 
 
525 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  23.94 
 
 
525 aa  57.8  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0581  ribonuclease BN  26.88 
 
 
446 aa  57.4  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000420999  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1997  ribonuclease BN  23.47 
 
 
350 aa  57.4  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2480  putative ribonuclease BN  25.65 
 
 
546 aa  56.6  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.422158  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0594  ribonuclease BN  26.52 
 
 
446 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000174757 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1654  ribonuclease BN  28.73 
 
 
345 aa  53.9  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00658785  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1876  ribonuclease BN  23.23 
 
 
306 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0630  putative ribonuclease BN  22.74 
 
 
538 aa  53.5  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.883121 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0901  tRNA-processing RNAse BN  23.1 
 
 
433 aa  53.1  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.562692  decreased coverage  0.000000115397 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3408  ribonuclease BN  22.19 
 
 
299 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0329161  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0137  ribonuclease BN  23.7 
 
 
316 aa  52.4  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0958  ribonuclease BN, putative  26.59 
 
 
411 aa  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.107096 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2779  ribonuclease BN  29.96 
 
 
453 aa  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00809939  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0986  ribonuclease BN  25.94 
 
 
288 aa  51.2  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1575  ribonuclease BN  27.74 
 
 
439 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0119  ribonuclease BN  23.7 
 
 
316 aa  50.4  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.605507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1250  tRNA-processing RNAse BN  25.37 
 
 
444 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0014  putative ribonuclease BN  24.05 
 
 
450 aa  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2988  tRNA-processing RNAse BN  26.18 
 
 
405 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0115566 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1616  ribonuclease BN  22.57 
 
 
318 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.119172  normal  0.116701 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0764  ribonuclease BN  26.67 
 
 
452 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4305  ribonuclease BN  24.28 
 
 
290 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.269266  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4351  ribonuclease BN  24.28 
 
 
290 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4238  ribonuclease BN  24.28 
 
 
290 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.89383  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03526  ribonuclease BN  20.91 
 
 
294 aa  48.1  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0234008  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4260  ribonuclease BN  24.28 
 
 
290 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4416  ribonuclease BN  24.28 
 
 
290 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0234  ribonuclease BN  29.48 
 
 
296 aa  47.8  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.33 
 
 
428 aa  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000260717  hitchhiker  0.000176219 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2623  putative ribonuclease BN  26.39 
 
 
278 aa  47  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.870366 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1463  serum resistance locus BrkB-like protein  24.79 
 
 
304 aa  46.6  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01651  serum resistance locus BrkB-like protein  24.79 
 
 
304 aa  46.6  0.0008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.596268  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0702  ribonuclease BN  27.95 
 
 
322 aa  46.2  0.0009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>