More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0088 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0088  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 270 aa  543  1e-153  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0856057  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1051  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 252 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.742044  normal  0.270689 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0156  putative transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 261 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0087  transcriptional regulator, GntR family  32.27 
 
 		 241 aa  105  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0530436  normal  0.993095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4520  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2096  putative transcriptional regulator, GntR family  31.97 
 
 		 248 aa  99.8  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.399831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0632  transcriptional regulator, GntR family  32.79 
 
 		 261 aa  99  8e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14010  transcriptional regulator  30.17 
 
 		 253 aa  91.3  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.646916  normal  0.765571 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33520  transcriptional regulator  31.64 
 
 		 263 aa  89.7  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.422261  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0124  transcriptional regulator, GntR family  29.18 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00905495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9128  putative transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 250 aa  82.4  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.783412  normal  0.482238 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0769  transcriptional regulator, GntR family  29.21 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4518  transcriptional regulator, GntR family  29.21 
 
 		 272 aa  79  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2822  transcriptional regulator, GntR family  29.64 
 
 		 259 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9121  putative transcriptional regulator, GntR family  26.02 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0145  GntR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 237 aa  75.9  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0152  GntR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117397 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4270  GntR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000212772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2167  putative transcriptional regulator, GntR family  28.23 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3397  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 250 aa  69.3  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  26.78 
 
 		 242 aa  69.3  0.00000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2941  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.994772  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  26.97 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0157  transcriptional regulator, histidine utilization repressor, GntR family  26.75 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1284  transcriptional regulator, GntR family  25.62 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2717  GntR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 255 aa  67  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3598  transcriptional regulator, GntR family  26.56 
 
 		 251 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1061  phosphonate metabolism transcriptional regulator PhnF  26.12 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1100  GntR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 253 aa  63.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2856  histidine utilization repressor  24.3 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2122  GntR family transcriptional regulator  59.7 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0148  histidine utilization repressor  24.5 
 
 		 262 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.387267 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  26.58 
 
 		 247 aa  60.8  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 249 aa  61.2  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0606  GntR domain-containing protein  48.28 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1044  GntR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal  0.272848 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4811  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4817  GntR domain protein  46.67 
 
 		 252 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.454673  normal  0.999229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03128  histidine utilization repressor  43.48 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0590  transcriptional regulator, GntR family  22.48 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000490216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2323  GntR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 263 aa  59.3  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0617255  hitchhiker  0.000675219 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1728  GntR domain-containing protein  46.15 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1885  GntR domain-containing protein  42.86 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.219739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08770  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 244 aa  58.9  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000139729  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  43.75 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  30.77 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0887  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 253 aa  57.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4879  GntR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  35.34 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 261 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 241 aa  57.4  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2444  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000401833  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0752  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00012009  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0267  GntR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2169  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.61 
 
 		 271 aa  57  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.225688  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3827  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000115432  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3644  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000015219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3534  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000363382  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3552  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000156327  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3840  transcriptional regulator, GntR family  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3928  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000328023  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0995  GntR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.352191  normal  0.964514 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7034  putative transcriptional regulator, GntR family  26.22 
 
 		 280 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.444008 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3805  transcriptional regulator, GntR family  46.67 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78065e-19 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3786  transcriptional regulator, GntR family  24.3 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1020  histidine utilization repressor  39.73 
 
 		 244 aa  56.6  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1408  transcriptional regulator, GntR family  46.67 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000166649  hitchhiker  0.000517226 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3837  transcriptional regulator, GntR family  24.3 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.10255  normal  0.78635 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2619  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 252 aa  56.2  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2254  GntR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.385472  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3484  GntR domain-containing protein  46.67 
 
 		 232 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0607093  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  43.33 
 
 		 245 aa  55.8  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  30.18 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  25.1 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3916  GntR family regulatory protein  41.94 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1778  transcriptional regulator, GntR family  38.1 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00599457  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2005  transcriptional regulator, GntR family  24.52 
 
 		 249 aa  55.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00857221  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3891  transcriptional regulator, GntR family  46.55 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000126178  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3874  GntR family regulatory protein  44.07 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3318  transcriptional regulator, GntR family  27.15 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000065866  hitchhiker  0.00380995 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4767  GntR domain protein  40.23 
 
 		 252 aa  55.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.821835  normal  0.117848 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2408  histidine utilization repressor  39.73 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.067403  normal  0.204125 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1196  GntR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5605  transcriptional regulator, GntR family  25.3 
 
 		 266 aa  55.5  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2570  transcriptional regulator, GntR family  25.82 
 
 		 241 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000448817  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2966  histidine utilization repressor  24.1 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0665384  normal  0.740013 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 244 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4409  GntR domain protein  49.12 
 
 		 230 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  49.21 
 
 		 226 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5996  GntR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 274 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.473556  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  35 
 
 		 242 aa  54.3  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 233 aa  54.7  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  29.86 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  51.56 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1606  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000225231  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3470  regulatory protein GntR HTH  38.71 
 
 		 364 aa  54.3  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000106127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>