More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3963 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
242 aa  483  1e-135  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0115742  normal  0.0276223 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.14 
 
 
242 aa  350  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5343  carbonyl reductase  70.83 
 
 
242 aa  347  7e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  56.85 
 
 
245 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2430  short chain dehydrogenase  53.69 
 
 
248 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0505  short chain dehydrogenase  54.96 
 
 
246 aa  241  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00369572 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1913  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
248 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.874214  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0862  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
248 aa  234  7e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140204  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1193  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
248 aa  234  7e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2074  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
248 aa  234  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1926  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 
248 aa  234  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00605891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0299  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
248 aa  234  7e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.71932  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1636  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
248 aa  234  7e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.140639  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4719  short chain dehydrogenase  53.6 
 
 
252 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.358577 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4196  short chain dehydrogenase  53.2 
 
 
252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0339  short chain dehydrogenase  51.04 
 
 
245 aa  216  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5468  short chain dehydrogenase  53.69 
 
 
241 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.107727 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3552  short chain dehydrogenase  53.69 
 
 
241 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4815  short chain dehydrogenase  53.69 
 
 
241 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0889  short chain dehydrogenase  54.8 
 
 
252 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.122847  normal  0.708436 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3788  short chain dehydrogenase  53.25 
 
 
248 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798977 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
241 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
241 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
243 aa  196  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 
247 aa  184  9e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
267 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2155  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 
245 aa  141  8e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0553289  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 
267 aa  138  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.219217  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2964  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  35.74 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.95662  hitchhiker  0.0000180421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2523  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  35.74 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0641  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
249 aa  135  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000170009  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
267 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1400  short chain dehydrogenase  38.11 
 
 
256 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0683679  normal  0.781218 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
258 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3710  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
262 aa  132  6e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.583089  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
258 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
258 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1629  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 
257 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.974158  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1573  short chain dehydrogenase  38.68 
 
 
257 aa  131  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
235 aa  128  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0594638 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11957  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
255 aa  128  7.000000000000001e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0556392  normal  0.717734 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
255 aa  128  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
256 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
252 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
239 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
249 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
254 aa  123  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
253 aa  122  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.2 
 
 
272 aa  122  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
249 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875683  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
272 aa  122  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2043  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
254 aa  122  6e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.681724 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11970  short-chain type dehydrogenase/reductase  38.98 
 
 
256 aa  122  7e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.675496  normal  0.543432 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
257 aa  121  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  38.08 
 
 
259 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70228  normal  0.023925 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2753  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
260 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.53957  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
254 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.368434  normal  0.604753 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  35.63 
 
 
245 aa  118  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
257 aa  118  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
251 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
254 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
261 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.708737  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
254 aa  116  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
248 aa  116  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0423365  hitchhiker  0.00643231 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
280 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
255 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
251 aa  115  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 
254 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
249 aa  115  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
251 aa  115  6e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
253 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6072  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
260 aa  115  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
253 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5524  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>